PDB-5hct: Endothiapepsin in complex with biacylhydrazone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hct

タイトル

Endothiapepsin in complex with biacylhydrazone

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Radeva, N. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Fragment Linking and Optimization of Inhibitors of the Aspartic Protease Endothiapepsin: Fragment-Based Drug Design Facilitated by Dynamic Combinatorial Chemistry.
著者: Mondal, M. / Radeva, N. / Fanlo-Virgos, H. / Otto, S. / Klebe, G. / Hirsch, A.K.

履歴

登録	2016年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hct.cif.gz	202.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hct.ent.gz	162.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/5hct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pgi
類似構造データ	5r2u-d 5qb5-d 5p7h-d 1epo-d 4y3q-d 5r32-d 4y3r-d 5p1w-d 4y3w-d 5r2l-d 5r2x-d 5r2t-d 4yck-d 5p61-d 5r21-d 5p7n-d 5rd7-d 5rcy-d 5p42-d 1gkt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.234, 72.822, 52.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 7種, 242分子

#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-61P / 2-amino-N'-{3-[(E)-{2-[(2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)propanoyl]hydrazinylidene}methyl]benzylidene}-3-(1H-indol-2-yl)propanehydrazide (non-preferred name) 分子量: 534.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₀N₈O₂
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.18 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.36→42.79 Å / Num. obs: 69237 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.77 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.27
反射シェル	解像度: 1.36→1.44 Å / 冗長度: 3.63 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.36→42.79 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.15	3462	5 %
R_work	0.121	-	-
obs	0.1225	69233	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→42.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2372	0	67	234	2673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.176	3628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.569	889
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3591-1.3777	0.2186	132	0.177	2508	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3777-1.3974	0.209	139	0.169	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3974-1.4183	0.2254	137	0.1656	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4183-1.4404	0.1869	137	0.1556	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4404-1.4641	0.207	140	0.1441	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4641-1.4893	0.1701	137	0.1368	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4893-1.5164	0.1703	139	0.1272	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5164-1.5456	0.1844	140	0.1146	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5456-1.5771	0.1427	136	0.1081	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5771-1.6114	0.1387	139	0.0985	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6114-1.6489	0.1328	139	0.0985	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6489-1.6901	0.1469	138	0.0987	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6901-1.7358	0.1266	139	0.0949	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7358-1.7869	0.1374	138	0.0955	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7869-1.8446	0.1262	137	0.0954	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8446-1.9105	0.1477	140	0.0926	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9105-1.987	0.1255	138	0.0919	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.987-2.0774	0.112	138	0.0911	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0774-2.1869	0.1225	140	0.0922	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1869-2.324	0.1249	138	0.0998	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.324-2.5034	0.1291	141	0.1093	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5034-2.7553	0.1477	138	0.1174	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7553-3.1538	0.1508	139	0.1268	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1538-3.9731	0.1578	140	0.1383	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9731-42.8152	0.1774	143	0.1621	2704	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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