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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5144 | |||||||||
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タイトル | Ab initio reconstruction of a poliovirus-receptor complex via the asymmetric random-model method | |||||||||
マップデータ | Poliovirus-receptor complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | random-model method / ab initio reconstruction / poliovirus-receptor complex. | |||||||||
生物種 | Human enterovirus C (エンテロウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sanz E / Stewart AB / Belnap DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2010 タイトル: The random-model method enables ab initio 3D reconstruction of asymmetric particles and determination of particle symmetry. 著者: Eduardo Sanz-García / Aaron B Stewart / David M Belnap / 要旨: Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models ...Model-based, 3D reconstruction techniques depend on reliable starting models. We present an extension of the random-model method (RMM) that allows the ab initio generation of suitable starting models directly from un-averaged, experimental images of asymmetric or symmetric particles. Therefore, the asymmetric RMM can also be used to determine point-group symmetry. The procedure is facilitated by the use of (a) variable angular step-sizes during iterative origin and orientation searches, (b) high numbers of particle images, and (c) highly defocused images. The method is inhibited by mixed-handedness orientation assignments and by particles with inconspicuous features. For symmetric particles, symmetric RMMs can overcome these deficiencies. #1: ジャーナル: PROC.NAT.ACAD.SCI.USA / 年: 2000 タイトル: Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus 著者: Belnap DM / McDermott BM Jr / Filman DJ / Cheng N / Trus BL / Zuccola HJ / Racaniello VR / Hogle JM / Steven AC | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5144.map.gz | 44.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5144-v30.xml emd-5144.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5144.gif 80_5144.gif emd_5144_1.tif | 63.5 KB 5.7 KB 489.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5144 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5144_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5144_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5144_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5144 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 88.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Poliovirus-receptor complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Poliovirus-receptor complex
全体 | 名称: Poliovirus-receptor complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Poliovirus-receptor complex
超分子 | 名称: Poliovirus-receptor complex / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to ...詳細: D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (2000) 73-78. 集合状態: 1 virus binds 60 receptors / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Human enterovirus C
超分子 | 名称: Human enterovirus C / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Poliovirus 詳細: D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to ...詳細: D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (2000) 73-78. NCBI-ID: 138950 / 生物種: Human enterovirus C / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Poliovirus |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP1 VP2 VP3 / 直径: 242 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200FEG |
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詳細 | D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (2000) 73-78. |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM 詳細: D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to ...詳細: D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (2000) 73-78. |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 38000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | D.M. Belnap, B.M. McDermott, Jr., D.J. Filman, N. Cheng, B.L. Trus, H.J. Zuccola, V.R. Racaniello, J.M. Hogle, A.C. Steven, Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 (2000) 73-78. |
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CTF補正 | 詳細: Phase-flipped |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT3DR, Bsoft 詳細: Random-model method. Angular step-size was initially set to 20 deg. in the first iteration and gradually decreased by 0.19 deg. in each successive iteration, until a lower limit of 1 deg. was reached. 使用した粒子像数: 5626 |