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- EMDB-5141: Ab initio reconstruction of the E. coli 70S ribosome complex (70S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5141
タイトルAb initio reconstruction of the E. coli 70S ribosome complex (70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin) via the asymmetric random-model method.
マップデータThis is a ab initio starting model for the E. coli 70S ribosome complex (70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin)
試料
  • 試料: E. coli 70S ribosome complex, 70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin
  • 複合体: 70S ribosome complex
キーワードRandom-model method / ab initio reconstruction / E. coli 70S ribosome
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Sanz E / Stewart AB / Belnap DM
引用ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2003
タイトル: Incorporation of aminoacyl-tRNA into the ribosome as seen by cryo-electron microscopy.
著者: Mikel Valle / Andrey Zavialov / Wen Li / Scott M Stagg / Jayati Sengupta / Rikke C Nielsen / Poul Nissen / Stephen C Harvey / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
要旨: Aminoacyl-tRNAs (aa-tRNAs) are delivered to the ribosome as part of the ternary complex of aa-tRNA, elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study, ...Aminoacyl-tRNAs (aa-tRNAs) are delivered to the ribosome as part of the ternary complex of aa-tRNA, elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study, at a resolution of approximately 9 A, showing that during the incorporation of the aa-tRNA into the 70S ribosome of Escherichia coli, the flexibility of aa-tRNA allows the initial codon recognition and its accommodation into the ribosomal A site. In addition, a conformational change observed in the GTPase-associated center (GAC) of the ribosomal 50S subunit may provide the mechanism by which the ribosome promotes a relative movement of the aa-tRNA with respect to EF-Tu. This relative rearrangement seems to facilitate codon recognition by the incoming aa-tRNA, and to provide the codon-anticodon recognition-dependent signal for the GTPase activity of EF-Tu. From these new findings we propose a mechanism that can explain the sequence of events during the decoding of mRNA on the ribosome.
履歴
登録2009年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月26日-
マップ公開2010年4月26日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.00141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5141_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a ab initio starting model for the E. coli 70S ribosome complex (70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.82 Å/pix.
x 129 pix.
= 363.78 Å		2.82 Å/pix.
x 129 pix.
= 363.78 Å		2.82 Å/pix.
x 129 pix.
= 363.78 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00141 / ムービー #1: 0.00141
最小 - 最大-0.00699515 - 0.00788587
平均 (標準偏差)0.00002563 (±0.00085812)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ129129129
Spacing129129129
セルA=B=C: 363.78 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z129129129
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.780363.780363.780
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS129129129
D min/max/mean-0.0070.0080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome complex, 70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu...

全体名称: E. coli 70S ribosome complex, 70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin
要素
  • 試料: E. coli 70S ribosome complex, 70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin
  • 複合体: 70S ribosome complex

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超分子 #1000: E. coli 70S ribosome complex, 70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu...

超分子名称: E. coli 70S ribosome complex, 70S-fMet-tRNAfMet-Phe-tRNAPhe-EF-Tu-GDP-kirromycin
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One ribosome binds two tRNA and one EF-Tu / Number unique components: 6

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超分子 #1: 70S ribosome complex

超分子名称: 70S ribosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase-flipped per micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT3DR, Bsoft
詳細: Random-model method. Angular step-size was initially set to 20 deg. in the first iteration and gradually decreased by 0.19 deg. in each successive iteration, until a lower limit of 1 deg. was reached.
使用した粒子像数: 10000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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