+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v78 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3a) | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | RIBOSOME / cryo-EM refinement / tRNA / translocation intermediate | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20 Å | ||||||||||||
![]() | Blau, C. / Bock, L.V. / Schroder, G.F. / Davydov, I. / Fischer, N. / Stark, H. / Rodnina, M.V. / Vaiana, A.C. / Grubmuller, H. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Energy barriers and driving forces in tRNA translocation through the ribosome. 著者: Lars V Bock / Christian Blau / Gunnar F Schröder / Iakov I Davydov / Niels Fischer / Holger Stark / Marina V Rodnina / Andrea C Vaiana / Helmut Grubmüller / ![]() 要旨: During protein synthesis, tRNAs move from the ribosome's aminoacyl to peptidyl to exit sites. Here we investigate conformational motions during spontaneous translocation, using molecular dynamics ...During protein synthesis, tRNAs move from the ribosome's aminoacyl to peptidyl to exit sites. Here we investigate conformational motions during spontaneous translocation, using molecular dynamics simulations of 13 intermediate-translocation-state models obtained by combining Escherichia coli ribosome crystal structures with cryo-EM data. Resolving fast transitions between states, we find that tRNA motions govern the transition rates within the pre- and post-translocation states. Intersubunit rotations and L1-stalk motion exhibit fast intrinsic submicrosecond dynamics. The L1 stalk drives the tRNA from the peptidyl site and links intersubunit rotation to translocation. Displacement of tRNAs is controlled by 'sliding' and 'stepping' mechanisms involving conserved L16, L5 and L1 residues, thus ensuring binding to the ribosome despite large-scale tRNA movement. Our results complement structural data with a time axis, intrinsic transition rates and molecular forces, revealing correlated functional motions inaccessible by other means. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 264.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 454.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2475MC ![]() 2472C ![]() 2473C ![]() 2474C ![]() 4v6yC ![]() 4v6zC ![]() 4v70C ![]() 4v71C ![]() 4v72C ![]() 4v73C ![]() 4v74C ![]() 4v75C ![]() 4v76C ![]() 4v77C ![]() 4v79C ![]() 4v7aC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU
#1: タンパク質 | 分子量: 24277.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 23207.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 15828.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 11667.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 16788.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 14580.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 11221.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 12513.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 12657.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 9063.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 9287.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 6490.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 9081.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 9532.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 6091.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 6種, 6分子 AAA1A2A3BABB
#21: RNA鎖 | 分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#22: RNA鎖 | 分子量: 24617.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: RNA鎖 | 分子量: 4693.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mRNA |
#24: RNA鎖 | 分子量: 24848.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#54: RNA鎖 | 分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#55: RNA鎖 | 分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZB0B1B2B3B4B5
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/VAL.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
![](data/chem/img/FME.gif)
#57: 化合物 | ChemComp-VAL / |
---|---|
#58: 化合物 | ChemComp-FME / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex / タイプ: RIBOSOME |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG / 日付: 2008年5月11日 |
---|---|
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 161000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 20 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 5371 / ピクセルサイズ(公称値): 3.74 Å / ピクセルサイズ(実測値): 3.74 Å / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--Cross-correlation gradient based REFINEMENT PROTOCOL--flexible fitting, dynamic elastic network | |||||||||||||||
原子モデル構築 |
|