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- PDB-4ya8: structure of plasmepsin II from Plasmodium Falciparum complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ya8
タイトルstructure of plasmepsin II from Plasmodium Falciparum complexed with inhibitor PG394
要素Plasmepsin-2
キーワードHYDROLASE / plasmepsin II / malaria / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-49W / Plasmepsin II
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Recacha, R. / Leitans, J. / Tars, K. / Jaudzems, K.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
著者: Recacha, R. / Leitans, J. / Akopjana, I. / Aprupe, L. / Trapencieris, P. / Jaudzems, K. / Jirgensons, A. / Tars, K.
#1: ジャーナル: Nat. Struct. Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the novel aspartic proteinase zymogen proplasmepsin II from plasmodium falciparum.
著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Loetscher, H. / Ridley, R.G. / James, M.N.
#2: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural insights into the activation of P. vivax plasmepsin.
著者: Bernstein, N.K. / Cherney, M.M. / Yowell, C.A. / Dame, J.B. / James, M.N.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin-2
B: Plasmepsin-2
C: Plasmepsin-2
D: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,35411
ポリマ－147,6384
非ポリマー2,7157
水543
1
A: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5192
ポリマ－36,9101
非ポリマー6101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6123
ポリマ－36,9101
非ポリマー7022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7044
ポリマ－36,9101
非ポリマー7943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Plasmepsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5192
ポリマ－36,9101
非ポリマー6101
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.770, 177.770, 177.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid A
31chain C and segid A
41chain D and segid A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid AB0
311chain C and segid AC0
411chain D and segid AD0

-
要素

#1: タンパク質
Plasmepsin-2 / Aspartic hemoglobinase II / PFAPD


分子量: 36909.617 Da / 分子数: 4 / 変異: M205S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II
#2: 化合物
ChemComp-49W / N'-[(2S,3S)-3-hydroxy-1-phenyl-4-{[2-(pyridin-2-yl)propan-2-yl]amino}butan-2-yl]-N,N-dipropyl-5-(pyridin-1(2H)-yl)benzene-1,3-dicarboxamide


分子量: 609.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H47N5O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 80 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.301→177.77 Å / Num. all: 27601 / Num. obs: 27601 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.136 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 5.011 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 99396
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.483.60.6881.11440340530.4090.6881.899.1
3.48-3.693.60.4261.71370638460.250.4262.898.9
3.69-3.943.60.2861.61290236070.170.2864.198.9
3.94-4.263.60.1684.51203933430.0980.1686.498.1
4.26-4.673.60.1017.21109630710.0590.1019.497.8
4.67-5.223.60.0858.21007427650.0480.0851196.9
5.22-6.023.60.16.9877224100.0560.11196.4
6.02-7.383.70.0867.7753720450.0480.08612.794.8
7.38-10.443.70.03715.4575615720.0210.03716.294.2
10.44-59.2573.50.03511.231118890.0210.03518.492.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BJU

2bju


解像度: 3.301→56.216 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 1408 5.11 %
Rwork0.1881 26138 -
obs0.1893 27546 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.13 Å2 / Biso mean: 84.6093 Å2 / Biso min: 36.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.301→56.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10414 0 198 3 10615
Biso mean--82.15 50.53 -
残基数----1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80114879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4213872
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6276X-RAY DIFFRACTION7.273TORSIONAL
12B6276X-RAY DIFFRACTION7.273TORSIONAL
13C6276X-RAY DIFFRACTION7.273TORSIONAL
14D6276X-RAY DIFFRACTION7.273TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3005-3.41850.31321480.27882652280099
3.4185-3.55530.29611520.25562630278299
3.5553-3.71710.2541470.24262602274998
3.7171-3.9130.25371600.22762618277898
3.913-4.15810.25451490.19782604275398
4.1581-4.47910.17341280.16112623275197
4.4791-4.92960.16631350.14642636277197
4.9296-5.64230.18651150.16422603271896
5.6423-7.10650.22071260.19322609273595
7.1065-56.22390.17051480.1682561270992
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4089-5.15421.03828.19655.40727.8132-0.1508-0.46280.0010.11220.5997-0.8570.5299-0.0156-0.37690.7721-0.12720.1450.82930.03590.7814-49.1721-15.5242-19.3312
24.3824-0.08870.57054.48961.19922.33620.2169-0.07580.2499-0.0573-0.14360.2339-0.2828-0.0194-0.11850.6358-0.13620.07480.68380.1430.4893-63.1779-6.6061-19.1468
37.5015-3.65963.05327.6371-4.5099.2032-0.36610.3191-0.0667-0.16020.04-1.05010.2523-0.32740.27380.7634-0.1850.17610.70830.12360.5644-48.3705-16.1862-29.8171
44.5910.19430.38812.6033-1.48840.7995-0.00140.3544-0.2863-0.36080.0757-0.12720.4024-0.0156-0.05310.8457-0.01830.10540.5908-0.0410.5587-61.0015-34.0579-29.1844
53.86660.4414-2.53255.2911-3.78658.251-0.2672-0.77610.17950.10140.10710.60860.34290.32510.00970.8023-0.07990.12960.609-0.0250.9434-58.8016-42.5605-15.9219
61.95020.6819-1.43475.4546-3.62345.22580.13850.2134-0.0202-0.3258-0.1867-0.07020.16460.47310.08180.7078-0.10960.10310.64570.01180.5422-54.2611-31.8726-22.4595
74.8602-3.72390.27933.8229-0.58193.78780.2981-0.27910.03070.0559-0.14150.72240.8041-0.7424-0.17570.7908-0.465-0.04771.08890.0430.7516-96.7722-34.4888-19.5763
82.2388-0.5394-0.02574.5257-1.46572.27470.03780.2506-0.252-0.37020.05060.41220.3038-0.4874-0.09090.679-0.2336-0.08160.80090.00220.5733-91.0442-33.8095-24.2096
95.25320.8449-0.20868.33395.15333.39810.43121.02390.90640.32830.0669-0.32430.0892-0.7093-0.47540.7111-0.1009-0.05750.82590.26780.6916-86.3332-8.8538-25.5182
104.41082.5793.26253.34790.82576.0310.41380.42140.2116-0.5752-0.00260.0727-0.00930.3949-0.420.93070.05740.32220.7169-0.14040.9328-90.948-2.2852-12.0896
112.88911.42680.23894.56642.33444.45620.02880.1490.466-0.3425-0.03230.56480.0035-0.5549-0.01480.622-0.1562-0.0720.84250.19550.8005-95.5817-14.2999-25.0506
122.52670.1911-0.51953.0253-0.01434.2542-0.1488-0.1026-0.30160.07290.07410.21630.3177-0.29360.08730.50860.03290.01060.60470.14660.6987-64.25894.547-53.0516
132.1211.538-1.01395.6138-1.50893.5222-0.0002-0.23960.03270.6023-0.0680.6982-0.4333-0.23210.03940.62910.25150.06410.9436-0.09450.676-70.814426.5572-48.5201
142.76093.6887-1.81555.9651-0.64593.9044-0.0331-0.455-0.47220.9036-0.0439-0.07480.09180.51020.17720.93790.1839-0.12160.5769-0.04550.8165-58.360937.9732-48.2717
156.73292.2387-2.33384.2203-1.67813.02970.2379-0.70690.03450.2907-0.2140.464-0.8173-0.2557-0.19070.73170.2169-0.00170.78-0.00160.6258-65.764227.0152-45.8151
167.28486.8321-1.64167.0308-2.65432.47550.4815-0.13551.1443-1.2537-0.3331.01170.1774-0.36820.39590.86150.10920.09510.8968-0.10170.7212-33.6698-29.8648-1.9383
174.32641.3085-1.89116.4478-0.19725.613-0.08050.019-0.30260.14760.0502-0.18950.3326-0.08860.00780.6160.14640.16070.63010.00620.6377-32.4389-37.791112.3165
182.10111.2817-1.63294.3943-1.50692.81850.25850.43470.4626-2.0554-0.1605-1.49350.319-0.2474-0.03021.14650.24450.40680.8367-0.0580.7802-22.9789-30.8312-4.4679
193.0306-1.4364-1.72846.17722.10725.29290.3033-0.44490.0291-0.6249-0.2465-0.4328-0.41990.54320.08360.67550.03140.25860.61990.10380.7794-19.9738-12.08186.1602
202.3450.1650.98712.279-3.03214.92290.18560.18370.49640.96290.6986-0.17450.1304-0.7542-0.62390.90170.18810.19980.7202-0.00260.8587-37.5709-0.33946.0351
211.9463-1.3078-2.44732.25621.68533.10160.95471.62770.306-1.1955-0.6887-0.4151-1.2825-0.7918-0.13281.14350.36590.25171.09890.08610.8081-21.7592-8.3982-1.67
222.4495-3.23612.45388.1955-2.59292.61431.4617-0.08620.5553-1.8257-0.87741.34141.1708-0.6468-0.1711.08410.0647-0.0740.71350.0261.0827-41.3757-7.0391.3596
233.3405-0.8999-1.8724.80973.62876.7999-0.05050.1837-0.6808-0.9048-0.0275-0.7641-0.10920.56290.03580.73390.05970.25480.5108-0.01850.664-21.8931-18.57411.1696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 138 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 177 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 178 through 231 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 232 through 264 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 265 through 329 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 43 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 44 through 201 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 202 through 231 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 232 through 256 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 257 through 329 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 157 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 158 through 231 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 232 through 264 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 265 through 329 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 22 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 23 through 138 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 139 through 177 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 178 through 231 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 232 through 256 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 257 through 273 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 274 through 291 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 292 through 329 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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