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- PDB-4y6m: Structure of plasmepsin II from Plasmodium falciparum complexed w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4y6m | ||||||
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Title | Structure of plasmepsin II from Plasmodium falciparum complexed with inhibitor PG418 | ||||||
![]() | Plasmepsin-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / plasmepsin II Hydroxyethylamine-basd Inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Recacha, R. / Akopjana, I. / Tars, K. / Jaudzems, K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors. Authors: Recacha, R. / Leitans, J. / Akopjana, I. / Aprupe, L. / Trapencieris, P. / Jaudzems, K. / Jirgensons, A. / Tars, K. #1: ![]() Title: Plasmepsin inhibitory activity and structure-guided optimization of a potent hydroxyethylamine-based antimalarial hit. Authors: Jaudzems, K. / Tars, K. / Maurops, G. / Ivdra, N. / Otikovs, M. / Leitans, J. / Kanepe-Lapsa, I. / Domraceva, I. / Mutule, I. / Trapencieris, P. / Blackman, M.J. / Jirgensons, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 337.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ya8C ![]() 2bjuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 36953.734 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 125-453 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 4.6 / Details: 0.1 M Sodium citrate, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.27→77.218 Å / Num. all: 45010 / Num. obs: 45010 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.148 / Net I/av σ(I): 4.929 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 320286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2BJU Resolution: 2.27→64.152 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.02 Å2 / Biso mean: 31.681 Å2 / Biso min: 8.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.27→64.152 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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