PDB-4wz4: Crystal structure of P. aeruginosa AmpC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wz4

タイトル

Crystal structure of P. aeruginosa AmpC

要素

Beta-lactamase

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / beta lactamase / inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Ferguson, A.D.

引用

ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2015
タイトル: 4,5-Disubstituted 6-Aryloxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaboroles Are Broad-Spectrum Serine beta-Lactamase Inhibitors.
著者: McKinney, D.C. / Zhou, F. / Eyermann, C.J. / Ferguson, A.D. / Prince, D.B. / Breen, J. / Giacobbe, R.A. / Lahiri, S. / Verheijen, J.C.

履歴

登録	2014年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wz4.cif.gz	155.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wz4.ent.gz	125.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wz4_validation.pdf.gz	722.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wz4_full_validation.pdf.gz	722.6 KB	表示
XML形式データ	4wz4_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	4wz4_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/4wz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wyyC 4wz5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lv0-1 1xgj-1 4kg5-4 2hds-1 4kz7-1 6ka5-d 1iem-1 1iel-2 1kds-2 4e3k-1 4kzb-2 3grj-2 5chj-1 6yeo-2 2r9x-2 1ke0-2 6tzj-3 4kg5-3 6dpy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.730, 71.270, 107.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39499.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: ampC, PA4110 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 参照: UniProt: P24735, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-3VU / {(3R)-6-[(3-amino-1,2,4-thiadiazol-5-yl)oxy]-1-hydroxy-4,5-dimethyl-1,3-dihydro-2,1-benzoxaborol-3-yl}acetic acid 分子量: 335.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄BN₃O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 148389 / B_iso Wilson estimate: 6.69 Å²
反射シェル	解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 66.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9101 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9403 / SU R Cruickshank DPI: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.033 / SU R_free Blow DPI: 0.033 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.032

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1994	7454	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1866	-	-	-
obs	0.1872	148389	92.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4878 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6268 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.139 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.123 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2863	0	29	432	3324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2977	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	4073	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1033	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		74	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		453	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2977	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	5.04
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.07
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		368	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3912	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.05→1.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	267	5.13 %
R_work	0.2846	4937	-
all	0.284	5204	-
obs	-	-	92.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.3023 Å / Origin y: -3.0693 Å / Origin z: 17.9207 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.041 Å²	-0.0004 Å²	0.0003 Å²	-	-0.0277 Å²	-0.0001 Å²	-	-	-0.0271 Å²
L	0.1417 °²	0.0137 °²	-0.0888 °²	-	0.2323 °²	-0.0697 °²	-	-	0.426 °²
S	-0.009 Å °	-0.0218 Å °	-0.0092 Å °	-0.0038 Å °	-0.0016 Å °	-0.0023 Å °	-0.001 Å °	-0.0076 Å °	0.0107 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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