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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u50 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / translation / 40S / 60S / 80S / eukaryote / RNA-protein complex / inhibitor / antibiotic | |||||||||
機能・相同性 | ![]() triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / regulation of cellular amino acid metabolic process / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / TOR signaling / positive regulation of protein kinase activity / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / translation regulator activity / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translational termination / translation repressor activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 90S preribosome / telomere maintenance / cellular response to amino acid starvation / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Garreau de Loubresse, N. / Prokhorova, I. / Yusupova, G. / Yusupov, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inhibition of the eukaryotic ribosome. 著者: Garreau de Loubresse, N. / Prokhorova, I. / Holtkamp, W. / Rodnina, M.V. / Yusupova, G. / Yusupov, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4u3mC ![]() 4u3nC ![]() 4u3uC ![]() 4u4nC ![]() 4u4oC ![]() 4u4qC ![]() 4u4rC ![]() 4u4uC ![]() 4u4yC ![]() 4u4zC ![]() 4u51C ![]() 4u52C ![]() 4u53C ![]() 4u55C ![]() 4u56C ![]() 4u6fC ![]() 3u5b ![]() 3u5c ![]() 3u5d ![]() 3u5e ![]() 3u5f ![]() 3u5g ![]() 3u5h ![]() 3u5i S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | there are 2 biological units in the asymetric unit (segid *A and segid *B) |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 8分子 26153748
#1: RNA鎖 | 分子量: 579761.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1262303 #36: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: TPG: 329138943 #37: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: TPG: 329138943 #38: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 618731124 |
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+40S ribosomal protein ... , 32種, 62分子 S0s0S1s1S2s2S3s3S4s4S5s5S6s6S7s7S8s8S9s9C0c0C1c1C2c2C3c3C4c4...
-タンパク質 , 5種, 9分子 E1e1SRsRSMsMQ0q0p0
#33: タンパク質 | 分子量: 8717.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05759 #34: タンパク質 | 分子量: 34710.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38011 #35: タンパク質 | 分子量: 30048.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P39015 #76: タンパク質 | 分子量: 6032.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0CH08 #81: タンパク質 | | 分子量: 33617.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05317 |
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+60S ribosomal protein ... , 40種, 80分子 L2l2L3l3L4l4L5l5L6l6L7l7L8l8L9l9M0m0M1m1M3m3M4m4M5m5M6m6M7m7...
-UNKNOWN PROTEIN ... , 3種, 3分子 m2p1p2
#82: タンパク質 | 分子量: 13634.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#83: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#84: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 2560分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/OHX.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3L2.gif)
![](data/chem/img/OHX.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3L2.gif)
#85: 化合物 | ChemComp-MG / #86: 化合物 | ChemComp-OHX / #87: 化合物 | ChemComp-ZN / #88: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→49.88 Å / Num. obs: 1195096 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.11 % / Biso Wilson estimate: 72.42 Å2 / Rmerge F obs: 0.967 / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rrim(I) all: 0.395 / Χ2: 0.925 / Net I/σ(I): 5.59 / Num. measured all: 4861213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3U5B, 3U5C, 3U5D, 3U5E, 3U5F, 3U5G, 3U5H, 3U5I3u5bPDB 未公開エントリ3u5cPDB 未公開エントリ3u5dPDB 未公開エントリ3u5ePDB 未公開エントリ3u5fPDB ...開始モデル: 3U5B, 3U5C, 3U5D, 3U5E, 3U5F, 3U5G, 3U5H, 3U5I 解像度: 3.2→49.88 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 273.29 Å2 / Biso mean: 65.147 Å2 / Biso min: 10.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.2→49.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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