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- PDB-4qj1: Co-crystal structure of the catalytic domain of the inosine monop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qj1
タイトルCo-crystal structure of the catalytic domain of the inosine monophosphate dehydrogenase from Cryptosporidium parvum with inhibitor N109
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / TIM barrel / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / INOSINIC ACID / Chem-N09 / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.415 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-crystal structure of the catalytic domain of the inosine monophosphate dehydrogenase from Cryptosporidium parvum with inhibitor N109
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,24617
ポリマ－154,0264
非ポリマー3,22013
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24050 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area45340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.412, 92.337, 91.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 38506.426 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: delta 93-134, 90-92 are mutated to SGG / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: 56k.02, cgd6_20 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q8T6T2, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 146分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID


分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-N09 / N-(4-chloro-3-methoxyphenyl)-2-(4-oxochromeno[4,3-c]pyrazol-1(4H)-yl)acetamide


分子量: 383.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14ClN3O4
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細UNP RESIDUES 90-131 ARE DELETED.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 5% v/v Tacsimate, pH 7.0, 10% w/v PEG5000 MME, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 55500 / Num. obs: 55500 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2649 / Rsym value: 0.664 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1593)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FFS

3ffs


解像度: 2.415→39.587 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: MIXED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2554 5.11 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.205 49972 --
obs0.205 49972 88.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.415→39.587 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10209 0 219 133 10561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44514302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5143969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061783
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.415-2.46160.3820.21721489157151
2.4616-2.51180.29781110.24091842195362
2.5118-2.56640.30541060.23942019212569
2.5664-2.62610.36061160.2462228234475
2.6261-2.69170.28581220.24112382250481
2.6917-2.76450.3541060.25222580268687
2.7645-2.84580.26951440.23442723286792
2.8458-2.93770.26961540.24432868302296
2.9377-3.04260.28841430.23812941308499
3.0426-3.16440.30781260.22862983310999
3.1644-3.30830.30261740.23482932310699
3.3083-3.48270.29031740.20952915308999
3.4827-3.70070.25941620.19482932309499
3.7007-3.98620.23551680.18512917308598
3.9862-4.38690.22621670.16932937310498
4.3869-5.02060.19781590.15752921308098
5.0206-6.32130.26771770.19622903308098
6.3213-39.59210.20651630.18252906306995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36470.2348-0.17551.3897-0.39382.2080.08580.1619-0.3285-0.5206-0.19680.12790.81780.1440.03270.51720.1019-0.06350.2797-0.01990.335914.6087-18.9690.5631
21.71820.5248-0.59121.0785-0.14590.7309-0.05320.2348-0.5155-0.41780.1376-0.67030.45570.52560.14760.55070.6520.39980.7915-0.17480.567334.365-18.5953-9.2255
31.313-0.0779-0.16010.52440.97731.85920.18820.41770.1121-0.95730.0124-0.60150.26530.684-0.13940.76160.1520.24150.6767-0.04070.431327.8336-12.7977-21.4213
41.35740.2404-0.08022.38540.12662.31420.08930.2197-0.0049-0.4327-0.0137-0.0750.34430.1911-0.06510.38690.12150.04180.2919-0.01630.272516.3647-9.3909-7.4956
51.97-0.01950.24782.06850.38341.49760.07740.36920.03690.06040.3641-0.74510.43120.9143-0.27770.54010.28470.08220.7279-0.14750.580935.3577-12.075-0.1896
62.110.27851.53543.5898-0.07944.61070.13680.0099-0.4851-0.01480.1189-0.80820.27540.6572-0.22860.32730.09540.02540.34030.02150.397318.5637-16.729712.1249
71.59090.43841.09613.39072.4934.07550.12280.08520.13410.30250.05360.21650.35680.5704-0.12940.1916-0.0548-0.04770.36020.04520.29355.1746-6.263825.4912
81.74910.06680.34341.602-1.4181.33410.2281-0.109-0.43020.5591-0.2551-0.43351.00510.14730.00080.92280.0569-0.22120.31950.15570.541314.0537-33.385334.2246
91.5844-0.404-0.51592.8503-0.32391.87090.0864-0.0602-0.34360.2113-0.0740.12620.4736-0.0774-0.00470.4545-0.028-0.10420.22760.02080.32527.9486-21.958125.435
103.0388-0.21331.11911.7633-1.5978.09170.08550.0121-0.30260.2573-0.4602-1.0899-0.31810.88530.39030.54540.0965-0.23950.54290.21110.805331.2418-22.437729.2924
113.6553-1.1406-0.65732.6249-0.27210.22830.1348-0.9084-0.3251.2241-0.1863-0.4190.31360.034-0.02990.7351-0.1312-0.20670.44530.04740.292814.1164-12.140643.401
122.30040.8359-0.23793.3054-0.21193.75040.0761-0.3189-0.0370.57090.0181-0.26970.06090.6135-0.11920.43390.0555-0.10150.2997-0.00770.283912.8824-3.364834.3032
132.3110.9925-0.33362.6571-2.26222.65030.16590.1238-0.15670.0454-0.1713-0.2194-0.1913-0.0139-0.07710.15690.0078-0.00120.2906-0.02530.31145.949112.995521.644
141.56730.03840.43481.32420.39841.56010.2563-0.67040.43150.99930.0877-0.0524-0.72720.4359-0.08290.8421-0.192-0.0570.5331-0.20430.334514.088823.492847.2009
152.46330.41780.09675.15530.34550.0427-0.099-0.93510.39231.0520.30060.3853-0.48670.2984-0.30021.0952-0.1083-0.03380.579-0.14960.29858.547817.687257.3128
160.9608-0.7-0.60572.13430.08182.14310.0791-0.35680.11240.7494-0.00910.0978-0.02240.0019-0.06270.4393-0.11970.03370.3743-0.0710.2564.070711.636241.2097
175.18880.885-0.79571.5597-0.70720.4975-0.4024-0.2469-0.16360.22270.8659-0.7740.16951.142-0.42030.6768-0.111-0.17610.949-0.33430.525531.062614.629542.2317
182.49520.54670.19042.1990.57341.39060.3117-0.49080.05221.0443-0.1335-0.1979-0.30980.7854-0.0520.5519-0.1625-0.05380.5997-0.12860.315521.441314.43739.2041
192.8118-0.909-1.00213.10180.05692.4578-0.1088-0.52360.27580.13190.1255-0.5564-0.3070.63720.01810.346-0.1287-0.05230.37160.05010.319216.280819.465121.3416
201.9304-0.4505-0.54463.44181.75342.85320.1957-0.2287-0.0173-0.2537-0.04410.0923-0.11950.49210.06880.16010.0724-0.0490.22280.04950.311810.06138.7323.8461
211.73440.1305-0.01281.5922-0.45720.95260.11890.23040.6575-0.6877-0.1384-0.8212-0.8430.30580.09830.7305-0.21960.23730.35940.14250.686326.59932.8777-3.1045
222.17191.1211-0.8641.1836-0.97720.8496-0.0347-0.02450.3886-0.2089-0.2441-0.427-0.640.27090.26030.7939-0.15960.0110.35180.1090.666718.887340.96814.3149
231.5722-0.75250.27473.0157-0.60532.45460.05730.02720.3417-0.053-0.16210.1944-0.5575-0.04470.11420.3941-0.04180.06060.21850.0080.384510.765630.05176.7746
241.78480.05760.51362.0679-0.31332.2890.1065-0.13540.208-0.0472-0.3015-0.8662-0.25520.60640.10120.3139-0.10960.07880.44810.11640.576329.543221.68135.305
252.0745-0.7845-0.35262.417-0.40873.36950.04990.14680.1086-0.2089-0.0882-0.57890.06780.880.04710.2972-0.0020.03930.3603-0.03440.421821.88145.957-0.7269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 65 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 66 through 182 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 274 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 275 through 358 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 359 through 399 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 182 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 183 through 274 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 275 through 340 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 341 through 358 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 359 through 399 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 0 through 25 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 26 through 89 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 90 through 154 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 155 through 275 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 276 through 300 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 301 through 358 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 359 through 399 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid -1 through 25 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 26 through 145 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 146 through 169 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 170 through 245 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 246 through 358 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 359 through 399 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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