PDB-4my9: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4my9

タイトル

Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor C91

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5893 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase with an Internal Deletion of the CBS Domain from Bacillus anthracis str. Ames complexed with inhibitor C91
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4my9.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4my9.ent.gz	858.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4my9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4my9_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4my9_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	4my9_validation.xml.gz	98.9 KB	表示
CIF形式データ	4my9_validation.cif.gz	130.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3stdS 3stb 3sub 4mjm 4my1 4my8 4qm1 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5uuv-d 5uuz-2 4myx-2 5urr-1 4my1-2 5uxe-d 5urs-2 5urr-2 4mya-2 5urs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01178

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

332 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.930, 89.883, 104.621
Angle α, β, γ (deg.)	98.70, 90.32, 96.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 40709.574 Da / 分子数: 8 / 断片: IMPDH-delt-L-CBS / 変異: replaced residues 92-220 with GG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: guaB, BA_0008, BAS0011, GBAA_0008 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q81W29, UniProt: A0A6L8P2U9*PLUS, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-C91 / N-(naphthalen-2-yl)-2-[2-(pyridin-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]acetamide 分子量: 378.426 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₈N₄O
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5 % w/v Tacsimate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEGMME 5000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.589→50 Å / Num. all: 91462 / Num. obs: 91462 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.8 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.589→2.64 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4515 / R_sym value: 0.407 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID ENTRY 3STD

3std

解像度: 2.5893→38.748 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	4583	5.02 %	random
R_work	0.17	-	-	-
all	0.172	91344	-	-
obs	0.172	91344	96.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5893→38.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20464	0	479	310	21253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	21280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.74	28803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.982	7796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	3327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3700

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.5893-2.6188	0.3478	78	0.3124	1613	1691	54
2.6188-2.6496	0.3385	168	0.2676	2962	3130	97
2.6496-2.6819	0.3072	147	0.2571	2855	3002	98
2.6819-2.7158	0.301	177	0.2518	2929	3106	98
2.7158-2.7515	0.298	172	0.2467	2890	3062	98
2.7515-2.7892	0.332	156	0.2487	2905	3061	98
2.7892-2.829	0.3116	156	0.2373	2996	3152	97
2.829-2.8713	0.2911	134	0.2311	2884	3018	98
2.8713-2.9161	0.3122	179	0.2234	2894	3073	98
2.9161-2.9639	0.2932	144	0.2264	2924	3064	98
2.9639-3.015	0.282	147	0.2229	2955	3102	98
3.015-3.0698	0.2767	145	0.2233	2977	3122	98
3.0698-3.1288	0.294	154	0.2114	2897	3051	98
3.1288-3.1926	0.2662	165	0.2039	2931	3096	98
3.1926-3.262	0.2311	149	0.1931	2958	3107	98
3.262-3.3379	0.2728	153	0.1862	2912	3065	98
3.3379-3.4213	0.2304	169	0.1919	2908	3077	98
3.4213-3.5137	0.2078	153	0.1729	2965	3118	98
3.5137-3.6171	0.2543	161	0.1791	2927	3088	98
3.6171-3.7337	0.2172	153	0.1624	2950	3103	98
3.7337-3.8671	0.199	151	0.1621	2972	3123	99
3.8671-4.0217	0.2073	138	0.1519	2920	3058	98
4.0217-4.2046	0.2029	165	0.139	2957	3122	99
4.2046-4.4259	0.1595	135	0.1336	2938	307	98
4.4259-4.7028	0.1577	169	0.1282	2986	3155	99
4.7028-5.0652	0.1613	144	0.1198	2948	3092	99
5.0652-5.5736	0.1743	172	0.1386	2934	3106	99
5.5736-6.377	0.1909	158	0.1501	2977	3135	99
6.377-8.0226	0.1502	135	0.1423	2971	3106	99
8.0226-38.7521	0.1546	156	0.1406	2926	3082	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5651	-0.1538	0.1652	1.0937	0.1212	0.8138	-0.0517	0.0405	0.0248	-0.1594	0.0382	0.1821	-0.0385	-0.1597	0.0213	0.3459	-0.0225	-0.0335	0.3246	0.0358	0.2268	1.9446	5.4019	-2.0165
2	0.9503	-0.1502	0.1869	1.0122	-0.2762	1.2164	0.0234	0.045	-0.2071	-0.2065	-0.064	0.172	0.1078	-0.2119	0.0136	0.3593	-0.0486	-0.0396	0.3407	-0.0321	0.2978	0.7559	-4.4139	-4.5226
3	4.8518	-1.5904	0.1019	1.2852	0.0783	1.3796	-0.4799	-0.5997	-0.3083	0.499	0.3546	0.237	0.0003	-0.0901	0.1986	0.358	0.0048	0.0731	0.3875	0.0661	0.2928	-0.1524	-3.3184	17.1511
4	0.7434	0.3662	-0.0253	1.3663	-0.0683	1.3039	0.0365	0.0143	-0.1079	-0.184	-0.0298	0.1239	-0.1707	-0.138	0.0118	0.3668	0.0485	-0.0328	0.2706	-0.0101	0.252	5.197	18.5611	3.8158
5	1.7427	1.186	1.0398	1.8471	0.8392	1.2071	-0.1761	0.0768	-0.0817	-0.3968	0.0917	-0.3062	-0.2748	0.2183	0.1252	0.4113	-0.0332	0.0901	0.2875	0.058	0.2933	25.9015	24.8597	-1.082
6	2.5854	0.483	-0.5004	1.3748	-0.112	1.2553	0.0035	-0.0475	0.5353	-0.1983	0.0079	0.1775	-0.253	0.174	0.0235	0.4888	0.0371	0.0835	0.303	0.0136	0.3908	19.2313	46.2658	10.9014
7	1.7356	-0.4694	-0.0507	1.7729	-0.2764	1.8043	0.2624	-0.0007	0.0066	0.0775	0.0153	0.4237	-0.6463	-0.4176	-0.2597	0.6758	0.1615	0.0486	0.3236	0.0382	0.4729	3.3947	48.9968	12.3261
8	0.5581	-0.4324	0.0718	1.5102	0.418	0.2117	-0.0458	0.1415	0.1541	-0.404	0.1441	0.3777	-0.3122	-0.19	-0.0989	0.6987	0.0802	-0.037	0.3376	0.0798	0.3536	6.1831	42.2679	-3.3948
9	0.7222	0.2065	-0.1478	0.8397	-0.1499	0.5379	-0.044	0.0795	0.092	-0.1174	0.1022	-0.0173	-0.3992	-0.1427	-0.0747	0.4523	0.0097	0.0221	0.263	0.0321	0.2835	17.6921	33.3938	3.4854
10	1.7381	0.5491	-0.3075	1.9059	0.2514	1.5788	0.1887	-0.0265	-0.0316	0.2765	-0.1269	0.1376	-0.1917	-0.1706	0.0082	0.4145	0.0238	0.0599	0.2843	0.018	0.2718	6.9629	32.9509	23.6048
11	1.5915	0.7877	-0.3708	1.4478	1.1984	1.6289	0.1566	-0.2588	0.2692	0.0198	-0.1454	0.1951	-0.1574	0.0297	0.0198	0.4272	0.0393	-0.0228	0.1887	0.0667	0.3069	17.4564	35.3358	17.8504
12	1.371	0.3439	0.5123	1.3885	0.3928	1.1167	-0.0737	0.1179	0.0154	-0.0126	0.0948	-0.0297	-0.1782	-0.0172	-0.0409	0.3052	-0.0288	0.0502	0.2549	0.0463	0.2876	31.3086	29.4566	13.8752
13	1.6916	0.7587	-0.0519	0.6707	-0.1205	0.3986	-0.0345	0.0867	-0.198	-0.165	0.0222	-0.291	-0.0764	0.1068	0.0047	0.3186	0.0232	0.0324	0.2434	0.015	0.2203	32.2092	0.5808	-0.2493
14	0.9323	0.0132	0.2402	1.3258	0.0498	1.5172	0.0598	-0.068	-0.1988	0.3225	0.0682	-0.2846	0.3952	0.2011	-0.1372	0.5315	0.0926	-0.0272	0.285	0.0093	0.4069	38.381	-24.6834	16.9596
15	0.1872	0.6988	-0.0596	2.6023	-0.2174	0.1102	-0.112	-0.0474	-0.0455	0.2266	0.2003	-0.5448	0.0351	0.1639	-0.0925	0.3975	0.1021	0.0295	0.3935	-0.0363	0.6027	51.2159	-17.0544	11.4406
16	0.3294	0.4334	0.2574	0.903	-0.0312	0.6638	-0.0613	-0.0703	-0.1506	-0.0899	0.0642	-0.138	0.041	0.1795	-0.0185	0.3623	0.0462	0.0509	0.3064	-0.0428	0.3454	40.4571	-10.3002	6.6834
17	1.0718	0.5449	0.3366	1.6944	-0.0943	1.133	0.1591	-0.2133	-0.0625	0.384	-0.0803	0.0073	0.2802	-0.0046	-0.0177	0.3805	0.0071	0.0221	0.2304	0.012	0.2744	28.6125	-12.5617	21.6897
18	1.3428	-0.1071	0.325	0.8838	-0.3133	1.5831	-0.0571	-0.0078	0.0307	0.2203	0.0924	-0.0882	-0.0468	-0.152	-0.0078	0.3538	-0.0215	-0.0141	0.257	-0.0134	0.2492	19.1976	-5.4576	6.1399
19	0.8387	-0.0695	0.0027	0.6952	0.1417	0.7891	-0.0537	0.0157	0.0396	0.0983	0.0441	-0.2707	-0.1387	0.2102	-0.0246	0.2694	-0.0299	-0.0224	0.323	0.0125	0.3843	50.2027	18.8307	18.4363
20	1.1918	-0.2038	0.2788	1.2725	0.3067	0.0996	-0.0143	0.0203	0.1252	0.1284	0.0542	-0.399	-0.2276	0.247	-0.0164	0.3649	-0.1115	-0.0207	0.3656	-0.0078	0.4318	52.3069	29.9542	18.4516
21	1.8439	-0.9559	0.3381	1.2163	-0.2793	0.9654	-0.3181	-0.3343	-0.1553	0.4534	0.1724	0.0135	-0.1108	0.0154	0.175	0.4746	-0.0746	-0.0226	0.3415	-0.0232	0.3714	42.1932	18.8633	32.8535
22	1.242	-0.0934	0.5494	0.9119	-0.3997	1.6868	-0.0665	-0.3041	0.0715	0.3515	0.0888	-0.166	-0.2611	0.1432	0.0511	0.3775	-0.0672	-0.0436	0.297	-0.0028	0.3807	43.6302	18.0341	27.441
23	1.3286	-0.349	0.2343	1.8679	0.4844	1.4213	0.0845	0.1065	0.152	0.005	-0.0581	-0.2569	-0.1154	0.0193	-0.0402	0.2758	0.0152	0.018	0.2296	-0.0067	0.2877	41.6928	5.0238	15.863
24	0.8438	0.0031	0.048	0.2532	0.178	0.8298	-0.0623	0.1974	0.0872	-0.1568	0.0189	-0.103	0.1608	-0.0326	0.0306	0.4244	0.0557	0.0537	0.3571	0.0767	0.2397	4.9101	13.4625	49.6864
25	1.1946	-0.369	0.0666	2.6612	0.8199	1.6641	-0.041	-0.1699	0.2426	0.4071	0.0237	-0.5049	0.1438	0.5811	0.058	0.3051	0.0125	0.0014	0.4272	0.0071	0.449	24.1071	23.7985	61.0387
26	1.1883	-0.1413	-0.3455	0.2039	0.0007	0.8394	0.0701	0.1406	0.3001	-0.0906	-0.1245	-0.1977	-0.1011	0.159	0.05	0.4325	0.0469	0.0457	0.4055	0.1053	0.3752	8.6471	24.9714	52.0512
27	3.0296	-0.2089	-0.2561	1.4247	0.0865	2.3318	-0.2266	-0.4085	0.0513	0.8006	0.0757	-0.2245	0.4046	0.2313	0.1006	0.5122	0.0432	-0.019	0.4557	0.0422	0.3653	11.601	17.3299	73.3783
28	1.3129	-0.1571	0.3848	1.1464	0.3938	0.8701	0.0574	0.0274	0.0306	-0.0988	-0.0132	-0.1301	0.0639	0.0026	-0.0279	0.4111	0.088	0.0685	0.3484	0.0118	0.2686	5.6524	0.8806	54.1248
29	1.4403	0.6246	-0.0477	1.31	-0.0317	0.5346	-0.1518	0.2036	0.1726	-0.2834	0.0692	0.1803	0.0581	-0.079	0.0422	0.4295	0.0559	0.0037	0.3501	0.0862	0.307	-21.8273	19.2093	55.2671
30	1.488	0.0307	0.0281	1.3982	-0.117	1.1679	-0.0561	-0.1931	0.2536	0.2605	0.0025	0.2172	-0.224	-0.187	0.007	0.5139	0.1116	0.0794	0.3576	-0.0205	0.4215	-25.0212	38.5789	79.0744
31	0.4264	0.4538	-0.181	1.2272	0.3608	0.3432	0.0036	0.0328	0.1402	0.0363	-0.0309	0.2911	-0.1846	-0.2544	0.0135	0.3972	0.1587	0.0606	0.3771	0.0641	0.3987	-31.9001	30.4139	68.1307
32	1.3954	0.0703	0.6815	2.2886	1.1052	1.3405	0.0958	-0.1592	0.044	0.5525	0.1543	-0.2426	0.1646	-0.2987	-0.1365	0.4528	0.0705	0.0007	0.4339	0.0068	0.3588	-18.8493	22.6755	87.1401
33	1.0004	0.018	-0.0153	0.944	0.241	1.8001	0.0763	-0.1919	-0.0384	0.1054	-0.2185	0.0772	-0.2571	0.141	0.054	0.3291	0.0689	0.0083	0.1861	-0.016	0.2964	-14.8815	27.4224	76.2438
34	1.4056	0.381	-0.0103	0.9237	0.2081	1.1122	-0.0666	0.0349	0.0134	0.1584	0.0074	0.1551	0.0605	0.1402	0.0888	0.3401	0.0766	0.0453	0.2984	0.0671	0.2688	-7.9627	23.3851	63.4032
35	1.8271	1.0673	0.0829	1.77	-0.2748	0.3728	-0.0546	0.0471	-0.025	-0.22	-0.0434	-0.0756	0.0092	-0.0387	0.0439	0.4355	0.1186	-0.0394	0.3183	-0.0344	0.2515	-14.5763	-3.04	47.1342
36	1.4678	-0.3125	-0.1377	1.0238	-0.3059	1.5778	-0.174	-0.0915	-0.3402	-0.2838	0.0725	-0.2426	0.4314	0.2198	0.0531	0.5296	0.0785	0.0271	0.2907	-0.0387	0.3811	-0.3072	-29.7793	54.2756
37	0.0877	-0.1354	0.2176	1.4789	-0.4383	0.6821	0.0915	0.1831	-0.0982	-0.2585	-0.1131	-0.2178	0.4243	0.2952	-0.0186	0.6485	0.1553	0.1261	0.5496	-0.0495	0.4328	9.4918	-24.509	45.3367
38	0.3388	-0.1179	0.1946	1.8516	0.1401	0.4161	0.0365	0.1613	-0.1208	-0.3549	-0.0269	-0.0234	0.2189	0.0651	0.0025	0.5597	0.0499	0.0261	0.4229	-0.0327	0.2851	-3.1155	-15.4149	46.1997
39	0.622	0.366	-0.3231	3.3037	-1.3759	2.4717	-0.0119	-0.244	-0.1827	0.2382	-0.2286	-0.4473	0.0162	0.2746	0.2759	0.3784	0.0892	-0.0059	0.3537	-0.0161	0.3305	5.075	-17.0561	67.9572
40	1.5272	-0.0035	-0.1961	1.587	-0.2327	0.3656	-0.0929	0.0461	-0.0572	-0.0184	0.1064	0.1685	0.2263	0.039	-0.0557	0.375	-0.0043	-0.0095	0.3101	0.0069	0.2667	-19.7911	-15.8183	60.4686
41	1.0348	-0.2133	-0.1719	0.8594	0.2077	0.4154	0.1268	0.174	0.051	-0.182	-0.181	0.1317	-0.2195	-0.3573	0.0641	0.3739	0.1148	-0.0063	0.4827	0.0699	0.4911	-36.0977	3.6786	59.581
42	1.1578	-0.1911	0.2775	1.1379	0.3481	1.0222	0.022	-0.1511	-0.1532	0.2565	0.0452	0.3085	0.2821	-0.3059	-0.0237	0.457	-0.0904	0.0856	0.4866	0.033	0.4864	-45.553	-16.6551	76.5404
43	0.6265	-0.1147	-0.6664	0.2014	-0.0788	0.9174	-0.0151	0.1442	-0.2354	0.0536	-0.0993	0.154	0.2069	0.024	0.1428	0.4832	-0.1027	-0.0269	0.5761	-0.0776	0.6323	-44.3269	-20.549	61.3362
44	0.51	-0.0806	0.1498	0.9093	-0.057	0.8612	-0.0259	0.1564	0.1314	-0.0599	-0.0788	0.2858	0.2692	-0.2719	0.1183	0.3098	-0.0364	-0.0016	0.4542	0.0047	0.3468	-37.5328	-7.5075	60.7807
45	2.1955	-0.6314	-1.6883	1.9345	0.4327	1.5104	-0.2112	-0.5827	-0.1299	0.3816	0.0897	0.1189	0.1573	0.3018	-0.0179	0.5223	-0.0383	0.0353	0.4705	0.0138	0.3539	-31.3257	-7.5723	81.7065
46	1.1442	-0.2484	-0.852	1.0884	1.0301	2.5941	-0.0788	-0.1073	-0.2089	0.3718	0.0306	-0.001	0.4599	0.176	-0.0193	0.5672	0.024	0.0166	0.3869	0.022	0.3878	-26.9046	-15.985	77.2408
47	0.4659	0.2017	-0.2779	1.5039	-0.1052	1.1379	-0.0688	0.011	-0.0592	0.1528	-0.0622	0.1941	-0.0052	-0.1246	0.1227	0.2898	0.0258	0.0617	0.3557	0.0312	0.327	-33.5582	9.8057	71.6211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 368 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 369 through 427 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 428 through 486 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 57 through 242 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 243 through 293 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 294 through 363 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 364 through 400 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 401 through 446 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 447 through 486 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 0 through 26 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 27 through 242 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 243 through 268 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 269 through 355 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 356 through 446 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 447 through 486 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid -1 through 77 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 78 through 355 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 356 through 389 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 390 through 446 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 447 through 486 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid -2 through 56 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 57 through 90 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 91 through 368 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 369 through 427 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 428 through 486 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid -1 through 26 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 27 through 232 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 233 through 363 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 364 through 398 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 399 through 446 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 447 through 486 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid -2 through 26 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 27 through 230 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 231 through 257 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 258 through 368 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 369 through 427 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 428 through 486 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid -1 through 39 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 40 through 242 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 243 through 270 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 271 through 355 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 356 through 389 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 390 through 427 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 428 through 486 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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