PDB-4kz7: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kz7

タイトル

Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with fragment 16 ((1R,4S)-4,7,7-trimethyl-3-oxo-2-oxabicyclo[2.2.1]heptane-1-carboxylic acid)

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class C / hydrolase / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Eidam, O. / Barelier, S. / Fish, I. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Increasing chemical space coverage by combining empirical and computational fragment screens.
著者: Barelier, S. / Eidam, O. / Fish, I. / Hollander, J. / Figaroa, F. / Nachane, R. / Irwin, J.J. / Shoichet, B.K. / Siegal, G.

履歴

登録	2013年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kz7.cif.gz	311.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kz7.ent.gz	249.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kz7_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kz7_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	4kz7_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	4kz7_validation.cif.gz	61 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kz3C 4kz4C 4kz5C 4kz6C 4kz8C 4kz9C 4kzaC 4kzbC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xgj-1 5chj-1 4e3k-1 4jxv-1 4kz4-2 4kg5-4 1llb-2 1ke4-1 4e3l-1 6dpy-2 4kg6-4 1kdw-2 4jxg-2 3grj-2 4wz4-d 1ke0-2 3o87-2 3gvb-1 1bls-1 4kg5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

79.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.340, 77.610, 97.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.050, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-867- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase / AmpC beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1U5 / (1R,4S)-4,7,7-trimethyl-3-oxo-2-oxabicyclo[2.2.1]heptane-1-carboxylic acid / (+)-カンファン酸分子量: 198.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日

放射

モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.115869 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.43→29.602 Å / Num. obs: 147125 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 23.607 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13.56

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.43-1.47		0.692	2.04	41428	10844	99.7
1.47-1.51		0.565	2.55	40815	10568	99.8
1.51-1.55		0.431	3.34	40276	10343	99.6
1.55-1.6		0.313	4.49	39077	9972	99.8
1.6-1.65		0.247	5.6	38582	9744	99.8
1.65-1.71		0.189	7.15	37471	9341	99.8
1.71-1.77		0.147	8.89	36631	9055	99.7
1.77-1.85		0.113	11.24	35580	8726	99.8
1.85-1.93		0.094	13.22	34232	8355	99.7
1.93-2.02		0.073	16.53	32836	8023	99.9
2.02-2.13		0.061	19.32	30984	7612	99.9
2.13-2.26		0.055	21.53	29280	7225	99.8
2.26-2.42		0.05	22.92	27456	6783	99.9
2.42-2.61		0.045	24.75	25242	6296	99.8
2.61-2.86		0.044	26.3	23105	5855	99.7
2.86-3.2		0.041	27.99	20065	5250	99.6
3.2-3.69		0.035	30.48	18705	4657	99.7
3.69-4.52		0.032	31.57	15657	3938	99.2
4.52-6.4		0.029	31.61	12128	3049	98.7
	6.4	0.027	30.61	5556	1489	85.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KE4

1ke4

解像度: 1.43→29.602 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.9047 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1786	5569	3.79 %
R_work	0.1453	-	-
obs	0.1465	147116	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.62 Å² / B_iso mean: 15.8047 Å² / B_iso min: 1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→29.602 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5497	0	33	1106	6636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.299	7985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.055	2078

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.43-1.4462	0.2333	194	0.2227	4648	4842	100
1.4462-1.4632	0.2407	196	0.2067	4701	4897	100
1.4632-1.4811	0.2381	196	0.1961	4712	4908	100
1.4811-1.4998	0.25	195	0.1953	4674	4869	100
1.4998-1.5196	0.2456	195	0.1983	4710	4905	100
1.5196-1.5404	0.256	197	0.1888	4710	4907	100
1.5404-1.5624	0.2133	193	0.17	4644	4837	100
1.5624-1.5857	0.2045	197	0.1507	4722	4919	100
1.5857-1.6105	0.1889	196	0.1426	4701	4897	100
1.6105-1.6369	0.2058	195	0.1415	4676	4871	100
1.6369-1.6651	0.188	197	0.1358	4739	4936	100
1.6651-1.6954	0.1784	196	0.1365	4701	4897	100
1.6954-1.728	0.1778	166	0.1439	4731	4897	100
1.728-1.7633	0.1777	148	0.1426	4762	4910	100
1.7633-1.8016	0.1759	188	0.1332	4706	4894	100
1.8016-1.8435	0.1851	183	0.1306	4721	4904	100
1.8435-1.8896	0.167	164	0.136	4727	4891	100
1.8896-1.9407	0.1936	138	0.1374	4770	4908	100
1.9407-1.9978	0.1673	181	0.1415	4722	4903	100
1.9978-2.0622	0.1977	159	0.1349	4763	4922	100
2.0622-2.1359	0.1669	202	0.1316	4717	4919	100
2.1359-2.2214	0.1847	210	0.134	4749	4959	100
2.2214-2.3225	0.1638	153	0.1342	4733	4886	100
2.3225-2.4449	0.1742	183	0.1357	4757	4940	100
2.4449-2.598	0.1609	183	0.1439	4749	4932	100
2.598-2.7984	0.1816	190	0.1507	4716	4906	100
2.7984-3.0798	0.1791	215	0.1547	4730	4945	100
3.0798-3.5248	0.1598	177	0.1417	4784	4961	100
3.5248-4.4385	0.1408	200	0.127	4759	4959	100
4.4385-29.6084	0.1976	182	0.1631	4613	4795	95

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