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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kwg | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of ALDH2+ALDiB13 | ||||||
![]() | Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/Inhibitor / ALDH2+B13 / ketone binding / OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hurley, T.D. / Kimble-Hill, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of selective inhibitors for aldehyde dehydrogenases based on substituted indole-2,3-diones. 著者: Kimble-Hill, A.C. / Parajuli, B. / Chen, C.H. / Mochly-Rosen, D. / Hurley, T.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 745.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 617.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 510.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 532 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 136.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 189.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 53970.090 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 24-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1187分子 ![](data/chem/img/2AK.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GAI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GAI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GAI / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM ACES, 100 mm guanidine-HCl, 10 mm MgCl2, and 14-19% PEG 6000, pH 6.4, sitting drop, temperature 300K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 226469 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 16.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→40.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.779 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.93 Å2 / Biso mean: 21.7836 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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