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- PDB-4ijq: Human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijq
タイトルHuman hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex with [(2-((Guanine-9H-yl)methyl)propane-1,3-diyl)bis(oxy)]bis(methylene))diphosphonic acid
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / lymphocyte proliferation / guanine phosphoribosyltransferase activity / IMP metabolic process ...Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / lymphocyte proliferation / guanine phosphoribosyltransferase activity / IMP metabolic process / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / Purine salvage / grooming behavior / GMP salvage / IMP salvage / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / Azathioprine ADME / dendrite morphogenesis / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SV2 / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Guddat, L.W. / Keough, D.T. / Hockova, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Acyclic nucleoside phosphonates containing a second phosphonate group are potent inhibitors of 6-oxopurine phosphoribosyltransferases and have antimalarial activity
著者: Keough, D.T. / Spacek, P. / Hockova, D. / Tichy, T. / Vrbkova, S. / Slavetinska, L. / Janeba, Z. / Naesens, L. / Edstein, M.D. / Chavchich, M. / Wang, T.H. / Jersey, J. / Guddat, L.W.
履歴
登録2012年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,52820
ポリマ－101,2404
非ポリマー2,28816
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.505, 127.741, 64.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase


分子量: 25310.102 Da / 分子数: 4 / 断片: human HGPRT, UNP residues 4-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SV2 / [{2-[(guanine-9-yl)methyl]propane-1,3-diyl}bis(oxymethylene)]bis(phosphonic acid) / 9-[2,2-ビス(ホスホノメトキシメチル)エチル]-2-アミノ-1,6-ジヒドロ-6-オキソ-9H-プリン


分子量: 427.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O9P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M LiSO4, 30% PEG5000MME, 0.1M Tris-HCl, 0.88mM ligand, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.87 Å / Num. all: 59187 / Num. obs: 59187 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.004→19.867 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 2000 3.53 %Random
Rwork0.1734 ---
obs0.1751 56605 94.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.19 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0634 Å2-0 Å2-2.4428 Å2
2---3.9473 Å2-0 Å2
3---0.923 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→19.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6401 0 136 284 6821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2879121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5742506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.004-2.07510.2871650.2588452279
2.0751-2.15810.27451920.2085523390
2.1581-2.25620.27431990.1931541994
2.2562-2.3750.25842000.1948546094
2.375-2.52350.25172020.1832553696
2.5235-2.71790.24452070.1827564297
2.7179-2.99060.23842080.1877568098
2.9906-3.42140.23982090.1715570198
3.4214-4.30340.16462100.1454572898
4.3034-19.8680.19952080.1569568497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58771.6207-1.07462.1132-0.24184.62460.08360.32120.4819-0.2380.03620.5676-0.1933-0.5804-0.16760.20470.0602-0.08910.1581-0.00340.3267-19.1098-31.2145-25.9047
21.834-1.71730.85194.08861.57023.407-0.03110.004-0.0123-0.03050.018-0.2148-0.05670.2670.04340.1292-0.03830.00510.17570.03980.1963.0245-35.8871-21.3097
35.53671.4830.1573.1499-2.46022.25360.10420.06170.30920.0638-0.2349-0.202-0.01640.1109-0.02750.0919-0.0493-0.06790.16430.01120.18269.9796-30.4737-13.4501
43.57610.25741.24373.0857-0.09462.9120.0494-0.0608-0.3025-0.038-0.0603-0.2939-0.20980.27890.02650.1253-0.06010.01290.10750.04660.15813.7793-20.522-22.3255
54.5279-0.3303-1.63221.35420.39344.3872-0.0333-0.15220.29340.045-0.27560.6472-0.4186-0.329-0.04790.10840.0543-0.0450.1102-0.04370.3003-16.6114-24.9068-18.186
65.1175-1.7221.37692.56010.55081.3853-0.2420.59261.0246-0.1436-0.07050.1872-0.34880.01180.17370.44970.0413-0.13150.20470.06790.3411-17.8248-37.2645-39.0272
74.221-0.2964-0.01137.11452.98423.3064-0.12750.50690.3417-0.68230.4394-0.3787-0.24680.1557-0.24640.277-0.01590.00750.21760.05720.2157-2.7813-42.7784-39.8161
86.62285.1466-4.16367.2944-4.19576.69310.3536-0.58630.04970.3063-0.13490.7401-0.4421-0.3585-0.1090.14870.0264-0.04660.14990.00780.2919-21.8683-47.1732-23.9711
95.126-1.3378-1.93174.39411.49882.4110.2315-0.5629-0.19560.1944-0.06111.0563-0.2102-0.18320.39510.15890.01010.03180.2270.01780.3046-22.5721-61.4445-26.8017
101.0963-1.8767-1.89625.81674.43327.0999-0.0086-0.25680.12720.2566-0.0793-0.0540.19260.45480.13870.1657-0.0224-0.05290.16790.02340.2265-16.517-54.3735-21.9246
113.02580.40881.13373.0378-1.19452.1590.0725-0.2177-0.10440.0385-0.06460.32660.0889-0.1560.01020.1025-0.009-0.0050.0614-0.02290.1244-23.5514-62.9739-29.0735
127.13154.812-4.04415.3959-6.54179.1412-0.12530.4065-0.2312-0.39240.10680.45680.2397-0.43990.05290.29670.0174-0.06190.2164-0.08840.3483-30.7134-64.0988-38.5274
137.5155.4208-2.61348.3316-3.79975.00930.0459-0.15810.19460.18330.0180.7019-0.1742-0.3824-0.10140.14210.0186-0.04610.1228-0.01580.2378-28.3813-56.4801-32.065
142.44180.99691.61912.1891-1.19023.57110.0090.28580.1943-0.35390.41230.3833-0.2059-0.1452-0.28880.2677-0.0015-0.1320.22140.05510.3118-28.2144-49.412-40.5591
156.6567-1.4126-1.82483.02960.73463.21420.10150.5046-0.0948-0.541-0.14020.25930.0275-0.04510.06780.248-0.0014-0.03750.12990.02330.1319-12.9909-50.2435-42.0669
166.3603-1.2224-2.10813.2867-0.65593.5227-0.04840.5792-0.1153-0.96940.0565-0.0428-0.25810.08360.01720.2922-0.05990.00050.17280.0020.1302-5.2656-50.1783-44.7897
172.47331.2578-2.94722.1799-0.79953.8325-0.37740.0341-0.33720.5653-0.0748-0.1661.33490.47620.20340.36940.105-0.06790.31330.02460.26763.8135-57.76020.8178
183.60171.89880.47485.22530.52872.1747-0.0101-0.2845-0.26720.0154-0.0329-0.76280.24540.56090.05810.16470.0492-0.05830.24710.01270.319212.2864-51.8565-10.6829
192.2338-0.62361.02685.5751-0.76060.7605-0.1059-0.1407-0.12040.13560.19080.36580.0289-0.2026-0.07830.16780.00530.03010.2880.00970.0957-10.7891-42.1387-3.2453
208.5935.22446.33186.79072.2075.477-0.48980.13090.3204-0.46140.19810.0386-0.05870.14320.32290.16710.01860.04320.1756-0.00260.149-9.3558-40.3779-9.0968
210.8351-1.3374-0.65042.42370.30162.241-0.0644-0.20590.48290.418-0.0520.41430.2434-0.0769-0.03360.24310.05080.05560.2871-0.03380.2645-13.8112-33.9357-6.0631
221.17030.85510.17423.66540.77342.9616-0.0648-0.247-0.02290.29960.26260.0689-0.564-0.2096-0.08390.32840.0811-0.00540.2911-0.06530.1142-4.987-29.84494.3936
233.7264-3.3002-0.04984.0199-1.47074.0584-0.5689-0.68060.29821.13970.5432-0.4385-0.8448-0.2689-0.08580.46740.1278-0.12590.4017-0.12520.2923-5.5329-30.435611.39
242.2419-0.9889-0.58843.39960.20232.1360.0139-0.39920.0230.39510.1680.02030.0931-0.3865-0.11940.28140.038-0.01290.3096-0.02160.1448-5.192-41.88488.3841
256.42342.3503-1.8283.5627-0.74225.2162-0.1327-0.19130.05350.40740.1035-0.4662-0.22410.17310.05280.1260.0258-0.08490.1664-0.01840.21838.3469-44.4334-0.7019
264.9877-0.6343-2.50224.7711-1.68682.1369-0.0474-0.2467-0.05850.18850.1047-0.8411-0.150.3572-0.05250.12250.0156-0.06650.2678-0.0430.272215.152-44.6451-5.8078
274.15450.47741.0451.4691.05272.2045-0.1018-0.7912-0.22940.42790.01530.17630.4941-0.07910.08670.3459-0.02830.00160.27460.10030.1572-8.5733-63.7692-5.2818
280.76261.08220.10261.8636-0.09362.80080.0067-0.10390.06820.0066-0.0008-0.0482-0.16690.1103-0.01610.16350.031-0.00690.13580.00770.17530.4834-59.0491-25.9416
291.4113-0.4008-0.35732.00780.27293.04240.006-0.0761-0.08770.1264-0.0176-0.06620.2740.12890.01610.1920.0561-0.00260.09460.01150.14990.4788-71.259-29.7883
305.0895-0.533-0.52192.6660.28052.9090.2113-0.4606-0.50710.336-0.17080.36780.8261-0.2620.02640.2934-0.0694-0.00930.17480.0810.1742-13.356-70.059-11.8446
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 4:37)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 38:86)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 87:127)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 128:179)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 180:217)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resseq 4:17)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resseq 18:37)
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resseq 38:56)
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 57:70)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resseq 71:86)
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resseq 87:139)
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and (resseq 140:152)
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and (resseq 153:165)
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and (resseq 166:179)
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and (resseq 180:197)
16X-RAY DIFFRACTION16chain B and (resseq 198:217)
17X-RAY DIFFRACTION17chain C and (resseq 5:17)
18X-RAY DIFFRACTION18chain C and (resseq 18:37)
19X-RAY DIFFRACTION19chain C and (resseq 38:70)
20X-RAY DIFFRACTION20chain C and (resseq 71:85)
21X-RAY DIFFRACTION21chain C and (resseq 86:102)
22X-RAY DIFFRACTION22chain C and (resseq 103:139)
23X-RAY DIFFRACTION23chain C and (resseq 140:152)
24X-RAY DIFFRACTION24chain C and (resseq 153:179)
25X-RAY DIFFRACTION25chain C and (resseq 180:197)
26X-RAY DIFFRACTION26chain C and (resseq 198:217)
27X-RAY DIFFRACTION27chain D and (resseq 4:37)
28X-RAY DIFFRACTION28chain D and (resseq 38:86)
29X-RAY DIFFRACTION29chain D and (resseq 87:179)
30X-RAY DIFFRACTION30chain D and (resseq 180:217)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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