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Yorodumi- PDB-5hia: Human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hia | ||||||
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Title | Human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex with [3R,4R]-4-guanin-9-yl-3-((S)-2-hydroxy-2-phosphonoethyl)oxy-1-N-(phosphonopropionyl)pyrrolidine | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / purine salvage / malaria / nuceloside phosphonate / enzyme / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine salvage / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / lymphocyte proliferation / hypoxanthine phosphoribosyltransferase ...adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine salvage / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / lymphocyte proliferation / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / IMP metabolic process / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / grooming behavior / IMP salvage / Purine salvage / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / Azathioprine ADME / purine ribonucleoside salvage / dendrite morphogenesis / dopamine metabolic process / central nervous system neuron development / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.773 Å | ||||||
Authors | Guddat, L.W. / Keough, D.T. / Rejman, D. | ||||||
Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2017 Title: Design of Plasmodium vivax Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Inhibitors as Potential Antimalarial Therapeutics. Authors: Keough, D.T. / Rejman, D. / Pohl, R. / Zbornikova, E. / Hockova, D. / Croll, T. / Edstein, M.D. / Birrell, G.W. / Chavchich, M. / Naesens, L.M.J. / Pierens, G.K. / Brereton, I.M. / Guddat, L.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hia.cif.gz | 358.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hia.ent.gz | 293.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hia.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hia | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6bnjC 6bo7C 3gepS 5hig S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | tetramer according to analytical ultracentrifugation |
-Components
#1: Protein | Mass: 25377.170 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C23A,C206A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HPRT1, HPRT / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase #2: Chemical | ChemComp-YPG / [ #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.3 M sodium acetate, 17.5% PEG 3350 / PH range: 4.5-6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2015 |
Radiation | Monochromator: Si(III) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→47.61 Å / Num. all: 86593 / Num. obs: 86593 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.23 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.81 Å / Redundancy: 6.92 % / Rmerge(I) obs: 0.892 / % possible all: 95.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GEP Resolution: 1.773→47.607 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.17 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.773→47.607 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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