PDB-5hia: Human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hia

タイトル

Human hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase in complex with [3R,4R]-4-guanin-9-yl-3-((S)-2-hydroxy-2-phosphonoethyl)oxy-1-N-(phosphonopropionyl)pyrrolidine

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / purine salvage /

malaria (マラリア) / nuceloside phosphonate /

enzyme (酵素) /

inhibitor (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine metabolic process / Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / GMP catabolic process / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine salvage / cerebral cortex neuron differentiation / positive regulation of dopamine metabolic process / lymphocyte proliferation /

ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.773 Å

データ登録者

Guddat, L.W. / Keough, D.T. / Rejman, D.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Design of Plasmodium vivax Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase Inhibitors as Potential Antimalarial Therapeutics.
著者: Keough, D.T. / Rejman, D. / Pohl, R. / Zbornikova, E. / Hockova, D. / Croll, T. / Edstein, M.D. / Birrell, G.W. / Chavchich, M. / Naesens, L.M.J. / Pierens, G.K. / Brereton, I.M. / Guddat, L.W.

履歴

登録	2016年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hia.cif.gz	358.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hia.ent.gz	293.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hia	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6bnjC 6bo7C 3gepS 5hig PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rao-d 4ijq-d 5w8v-d 4rab-d 6bnj-d 4rac-d 4rad-2 1cjb-2 2c2b-1 4raq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.718, 97.606, 130.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

tetramer according to analytical ultracentrifugation

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / HGPRTase 分子量: 25377.170 Da / 分子数: 4 / 変異: C23A,C206A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00492, ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-YPG / [3-[(3~{R},4~{R})-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-[(2~{S})-2-oxidanyl-2-phosphono-ethoxy]pyrrolidin-1-y l]-3-oxidanylidene-propyl]phosphonic acid / [3R,4R]-4-guanin-9-yl-3-((S)-2-hydroxy-2-phosphonoethyl)oxy-1-N-(phosphonopropionyl)pyrrolidine 分子量: 496.306 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₂N₆O₁₀P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M sodium acetate, 17.5% PEG 3350 / PH範囲: 4.5-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→47.61 Å / Num. all: 86593 / Num. obs: 86593 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.23 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 6.92 % / R_merge(I) obs: 0.892 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GEP

3gep

解像度: 1.773→47.607 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2315	1998	2.31 %
R_work	0.2066	-	-
obs	0.2072	86441	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.773→47.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6478	0	136	444	7058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.132	9622
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.504	2814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1217

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.773-1.8174	0.2972	136	0.277	5770	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8174-1.8665	0.2779	142	0.2525	5974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8665-1.9214	0.4656	140	0.4001	5928	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9214-1.9834	0.3499	141	0.3009	5990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9834-2.0543	0.2537	143	0.2208	6007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.1366	0.2553	142	0.2111	6007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1366-2.2338	0.2464	141	0.235	5969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2338-2.3516	0.3685	142	0.3079	6032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3516-2.4989	0.2335	143	0.2046	6056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4989-2.6918	0.2449	143	0.1953	6019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6918-2.9627	0.2003	144	0.1969	6085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9627-3.3913	0.2143	144	0.1877	6069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3913-4.2723	0.1569	146	0.1604	6161	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2723-47.6238	0.1797	151	0.1511	6376	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9076	-0.9311	-0.4847	0.9548	0.1559	2.312	0.1207	0.2351	0.0777	-0.0668	-0.1938	-0.1935	-0.4567	0.5031	0.0073	0.1962	-0.0922	0.0092	0.4464	0.0171	0.2023	33.9897	-8.5084	-38.3359
2	1.6845	0.863	-0.1226	1.2812	0.1368	1.7742	0.0461	-0.0584	-0.1875	0.0483	-0.0539	-0.0128	0.2501	0.0984	0.0057	0.1777	0.0436	-0.0194	0.3316	0.0288	0.2266	27.7817	-25.9013	-26.5763
3	5.2755	1.799	-0.8968	7.2038	-1.9672	0.5717	-0.0313	-0.3547	-0.5019	-0.2395	0.0291	-0.4307	0.1822	0.3301	-0.0102	0.2137	0.1098	0.0447	0.4451	0.0374	0.2442	28.9677	-26.8275	-16.3693
4	1.0836	-0.3154	0.1365	0.7085	-0.0977	1.4718	0.0064	-0.199	-0.0029	0.0583	-0.0509	-0.0838	-0.0653	0.5213	0.0304	0.1366	-0.0127	-0.0066	0.4657	0.0122	0.2022	39.1685	-16.557	-23.9764
5	2.566	1.0531	0.4067	3.3392	-1.321	1.7409	0.0064	0.0031	-0.2682	-0.0052	-0.0728	-0.4298	0.1418	0.4317	0.12	0.1449	0.0234	0.0286	0.3635	-0.0373	0.2512	30.1959	-23.0873	-48.5577
6	3.4728	-0.9282	0.0853	2.3503	0.2323	2.9607	-0.0013	-0.0953	0.1022	0.133	0.0198	-0.1268	-0.1927	0.0482	-0.0046	0.111	-0.0084	0.0374	0.1178	0.015	0.1141	13.0299	-8.3282	-46.9214
7	3.986	-0.5275	-0.2939	2.926	0.8778	4.7608	-0.0564	-0.3896	-0.1957	0.2224	-0.1173	0.0846	0.0455	-0.2774	0.0474	0.1261	-0.0235	0.0044	0.2186	0.0214	0.1776	10.5451	-12.0464	-41.6836
8	2.9915	-0.4228	-0.2784	2.2766	-0.7809	2.3151	0.051	0.0549	-0.0275	0.1549	0.0211	0.1353	0.0284	0.0672	-0.0771	0.0659	-0.0055	0	0.1698	0.0301	0.1528	1.2062	-9.7049	-52.6474
9	2.6587	-0.4775	-0.3982	1.5825	0.0138	2.299	-0.0412	-0.0949	0.0115	0.1571	0.1395	-0.1115	-0.0143	0.125	-0.0581	0.0212	-0.0211	0.0115	0.0517	0.0131	0.0564	13.895	-8.042	-60.3177
10	2.1389	0.8153	0.2367	5.47	0.0289	1.4846	-0.0371	0.2175	-0.3284	-0.3588	0.1664	-0.1575	0.2012	0.1374	-0.1327	0.1518	0.0295	0.0131	0.2691	-0.0349	0.2051	23.5725	-26.7422	-55.5486
11	4.2351	-2.5585	-2.3655	2.3813	2.1963	4.0815	0.1178	0.1678	-0.3091	0.3951	-0.4848	0.251	0.283	-0.7754	0.3678	0.1161	-0.0672	0.0066	0.346	-0.0263	0.1809	-1.5017	-22.4091	-15.52
12	3.6547	-0.5036	0.1999	7.319	0.2617	6.1911	0.1582	-0.5227	-0.8148	0.3658	0.0714	0.1078	0.8155	-0.2362	-0.179	0.2609	-0.0525	-0.0614	0.289	0.1212	0.4102	8.6838	-33.6635	-19.5065
13	0.8378	0.619	0.7528	1.5116	-0.1323	1.8112	-0.0498	0.1021	-0.0344	-0.0766	0.0318	0.0096	-0.0655	0.1498	0.0167	0.1397	-0.0082	0.0103	0.2308	0.0063	0.17	15.6144	-8.7541	-21.2082
14	2.0968	1.0613	-0.8201	1.5114	0.622	1.4287	-0.0056	-0.0845	-0.069	-0.095	0.0855	-0.0522	0.103	0.1519	-0.076	0.088	0.0221	-0.0134	0.1731	-0.0156	0.0972	22.3932	-5.5993	-13.0353
15	1.029	1.0434	0.7861	2.7006	0.5253	1.1394	-0.0436	-0.0726	-0.1172	-0.0553	0.1148	0.3437	0.1782	-0.3487	0.0188	0.0545	0.0308	0.0437	0.1823	-0.0193	0.0144	13.2602	-6.858	-5.4528
16	3.9775	-2.8359	0.4881	6.1057	-0.7165	4.0959	-0.0353	-0.604	-0.3371	0.1889	0.0892	0.0826	0.2227	0.2095	0.0027	0.156	-0.0236	-0.0237	0.2402	0.0546	0.138	11.9489	-24.7472	-10.2617
17	2.7562	-0.5746	0.3243	5.7458	-0.1089	2.8402	0.1557	-0.6353	-0.8533	0.4705	0.2611	0.2793	0.4442	-0.2026	-0.4113	0.2829	-0.0084	-0.0621	0.3434	0.1644	0.351	13.3556	-32.8038	-11.4499
18	1.4736	1.4923	0.0416	1.5016	-0.0331	2.6469	0.026	-0.0808	0.0755	0.1234	0.059	0.2462	-0.2391	-0.5201	-0.084	0.1406	0.0724	0.0233	0.3387	0.016	0.1979	-4.6107	-14.5581	-28.307
19	0.9976	-0.6694	-0.734	3.113	0.7134	3.4744	-0.0342	-0.0759	-0.2271	0.1422	0.1063	-0.1115	0.4041	0.1075	-0.0803	0.1104	-0.0139	-0.0241	0.2099	0.0064	0.2491	6.9648	-31.8386	-39.428
20	2.1709	-1.9079	1.998	3.3784	-0.0419	4.1998	0.1301	0.3085	0.0361	-0.1199	-0.0999	-0.2256	0.1417	0.6675	-0.0098	0.1644	0.0231	0.0237	0.3047	0.0079	0.2227	11.4964	-27.1994	-40.7483
21	2.9527	0.7562	-0.6903	5.4928	0.5658	4.2288	-0.1556	-0.4175	-0.2022	0.3563	0.0175	-0.0848	0.1505	0.1135	0.1751	0.2118	-0.0395	0.0318	0.3017	-0.0146	0.1946	8.4905	-31.122	-48.8052
22	5.2225	-3.1536	4.6031	3.5436	-2.825	5.4214	-0.0533	0.0191	-0.4011	-0.1239	0.212	0.4256	0.0164	-0.2529	-0.03	0.2069	-0.0587	0.0174	0.2335	-0.0317	0.2431	-2.302	-31.9155	-58.4574
23	2.2347	-0.0085	-0.0977	1.4805	0.3845	2.7303	0.0155	0.0179	-0.3053	-0.0461	0.0131	0.1212	0.4003	-0.4583	0.0156	0.1776	-0.067	-0.0203	0.2019	0.0013	0.2518	-5.2607	-34.7474	-44.8574
24	2.2503	-0.6502	0.6303	3.1045	-1.3923	2.0967	-0.0589	0.0474	-0.0422	-0.0633	0.1492	0.1364	0.1073	-0.5326	-0.1673	0.0802	0.0096	-0.0099	0.2006	0.0155	0.1387	-7.4606	-18.5262	-38.4824
25	1.3353	-1.258	-0.4592	3.2302	-0.5204	0.6042	-0.0454	-0.1333	0.0327	0.1317	0.2152	0.1575	-0.2249	-0.6652	-0.0235	0.1235	0.0916	0.0223	0.2641	0.0298	0.1915	-7.9375	-10.4436	-38.066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 86 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 87 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 122 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 37 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 38 through 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 71 through 87 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 88 through 127 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 128 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 180 through 217 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 4 through 17 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 18 through 37 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 38 through 85 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 86 through 139 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 140 through 179 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 180 through 197 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 198 through 217 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 4 through 37 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 38 through 70 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 71 through 86 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 87 through 103 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 104 through 127 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 128 through 179 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 180 through 197 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 198 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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