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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hvp | ||||||
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タイトル | Structure of complex of synthetic HIV-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 Angstroms resolution | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...symbiont-mediated activation of host apoptosis / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Miller, M. / Schneider, J. / Sathyanarayana, B.K. / Toth, M.V. / Marshall, G.R. / Clawson, L. / Selk, L. / Kent, S.B.H. / Wlodawer, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of complex of synthetic HIV-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 A resolution. 著者: Miller, M. / Schneider, J. / Sathyanarayana, B.K. / Toth, M.V. / Marshall, G.R. / Clawson, L. / Selk, L. / Kent, S.B. / Wlodawer, A. #1: ![]() タイトル: Conserved Folding in Retroviral Proteases. Crystal Structure of a Synthetic HIV-1 Protease 著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Jaskolski, M. / Sathyanarayana, B.K. / Baldwin, E. / Weber, I.T. / Selk, L.M. / Clawson, L. / Schneider, J. / Kent, S.B.H. #2: ![]() タイトル: Molecular Modeling of the HIV-1 Protease and its Substrate Binding Site 著者: Weber, I.T. / Miller, M. / Jaskolski, M. / Leis, J. / Skalka, A.M. / Wlodawer, A. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Retroviral Protease Proves Relationship to Aspartic Protease Family 著者: Miller, M. / Jaskolski, M. / Rao, J.K.M. / Leis, J. / Wlodawer, A. #4: ![]() タイトル: Enzymatic Activity of a Synthetic 99 Residue Protein Corresponding to the Putative HIV-1 Protease 著者: Schneider, J. / Kent, S.B.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | THE DIMER INTERFACE IS COMPOSED OF INTERDIGITATED N- AND C-TERMINI FROM BOTH SUBUNITS FORMING A ...THE DIMER INTERFACE IS COMPOSED OF INTERDIGITATED N- AND C-TERMINI FROM BOTH SUBUNITS FORMING A FOUR-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THE PEPTIDE BOND BETWEEN RESIDUES NLE I 3 AND NLE I 4 HAS BEEN REDUCED AND IS -CH2-NH-. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10764.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE PEPTIDE BOND BETWEEN SUBCOMPONE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.25 Å / Num. all: 8740 / Num. obs: 7943 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Num. measured all: 55569 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'X-PLOR, PROLSQ' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.176 / 最高解像度: 2.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |