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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gqs | ||||||
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タイトル | Structure of Human Microsomal Cytochrome P450 (CYP) 2C19 | ||||||
![]() | Cytochrome P450 2C19 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / drug metabolizing enzyme / heme protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() fenbendazole monooxygenase (4'-hydroxylating) / xenobiotic catabolic process => GO:0042178 / : / xenobiotic metabolic process => GO:0006805 / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity ...fenbendazole monooxygenase (4'-hydroxylating) / xenobiotic catabolic process => GO:0042178 / : / xenobiotic metabolic process => GO:0006805 / (S)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 7-monooxygenase / (R)-limonene 6-monooxygenase / (S)-limonene 6-monooxygenase activity / (S)-limonene 7-monooxygenase activity / (R)-limonene 6-monooxygenase activity / organic acid metabolic process / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / omega-hydroxylase P450 pathway / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / : / monoterpenoid metabolic process / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / steroid metabolic process / steroid hydroxylase activity / monooxygenase activity / xenobiotic metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reynald, R.L. / Sansen, S. / Stout, C.D. / Johnson, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Human Cytochrome P450 2C19: ACTIVE SITE DIFFERENCES BETWEEN P450s 2C8, 2C9, AND 2C19. 著者: Reynald, R.L. / Sansen, S. / Stout, C.D. / Johnson, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 372.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1r9oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54581.000 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (UNP Residues 21-490) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P33261, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P33261, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む, EC: 1.14.13.80, EC: 1.14.13.48, EC: 1.14.13.49 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-0XV / ( #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 2000, 10% isopropanol, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92014 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.87→79.6 Å / Num. all: 50609 / Num. obs: 50609 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 76.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 3.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.87→3.03 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 7297 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1R9O 解像度: 2.87→79.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 8638772.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: FLAT BULK SOLVENT MODEL USED KSOL: 0.36 BSOL: 83.8113
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 83.8113 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.87→79.6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.87→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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