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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dya | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of WSN/A Influenza Nucleoprotein with BMS-885986 Ligand Bound | ||||||
要素 | Nucleocapsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Lewis, H.A. / Baldwin, E.T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Pearce, B.C. / Langley, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: To be determined 著者: Lewis, H.A. / Baldwin, E.T. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Mortl, M. / Kiefersauer, R. / Edavettal, S. / McDonnell, P.A. / Pearce, B.C. / Langley, D.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dya.cif.gz | 170.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dya.ent.gz | 130.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dya.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4dya_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4dya_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4dya_validation.xml.gz | 29.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4dya_validation.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dya | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56806.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/WSN/1933(H1N1) / 遺伝子: NP / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4URF1, UniProt: Q1K9H2*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.75→102.881 Å / Num. obs: 26867 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 53.888 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 15.61 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / WRfactor Rfree: 0.2517 / WRfactor Rwork: 0.2253 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7709 / SU B: 16.124 / SU ML: 0.325 / SU R Cruickshank DPI: 2.0911 / SU Rfree: 0.4094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.091 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.4 Å2 / Biso mean: 48.7115 Å2 / Biso min: 7.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.822 Å / Total num. of bins used: 20
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