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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cme | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor and inhibitor | ||||||
![]() | (PTERIDINE REDUCTASE 1) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PTR1 / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Antiparasitic Pyrrolopyrimidines Targeting Pteridine Reductase 1. 著者: Khalaf, A.I. / Huggan, J.K. / Suckling, C.J. / Gibson, C.L. / Stewart, K. / Giordani, F. / Barrett, M.P. / Wong, P.E. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 222.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 177.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4cl8C ![]() 4cldC ![]() 4cleC ![]() 4clhC ![]() 4cloC ![]() 4clrC ![]() 4clxC ![]() 4cm1C ![]() 4cm3C ![]() 4cm4C ![]() 4cm5C ![]() 4cm6C ![]() 4cm7C ![]() 4cm8C ![]() 4cm9C ![]() 4cmaC ![]() 4cmbC ![]() 4cmcC ![]() 4cmgC ![]() 4cmiC ![]() 4cmjC ![]() 4cmkC ![]() 2c7vS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 30685.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-KTZ / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | S-OXY CYSTEINE (CSX): CYSTEINE 168 IS MODIFIED TO S-OXY CYSTEINE IN CHAINS C AND D | 配列の詳細 | SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: RESERVOIR CONTAINED 1.7-2.7 M SODIUM ACETATE, 20-50 MM SODIUM CITRATE PH 4.5-5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 HG / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→44.21 Å / Num. obs: 76479 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 63.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2C7V 解像度: 1.85→44.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.756 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.415 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.21 Å
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拘束条件 |
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