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- PDB-4cm5: Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cm5
タイトルCrystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor and inhibitor
要素PTERIDINE REDUCTASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PTR1 / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-NWJ / Pteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Barrack, K.L. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Antiparasitic Pyrrolopyrimidines Targeting Pteridine Reductase 1.
著者: Khalaf, A.I. / Huggan, J.K. / Suckling, C.J. / Gibson, C.L. / Stewart, K. / Giordani, F. / Barrett, M.P. / Wong, P.E. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTERIDINE REDUCTASE 1
B: PTERIDINE REDUCTASE 1
C: PTERIDINE REDUCTASE 1
D: PTERIDINE REDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,98212
ポリマ－122,6794
非ポリマー4,3038
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19700 Å2
ΔGint-131.9 kcal/mol
Surface area32220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.022, 88.248, 84.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.785, -0.03169, 0.6187), (-0.0268, -0.996, -0.08502), (0.619, -0.08332, 0.781)3.749, 1.886, -1.301
2given(0.7864, 0.03801, -0.6165), (0.03605, -0.9992, -0.01562), (-0.6167, -0.009943, -0.7872)13.83, 0.01877, 39.9
3given(-1, 0.000601, 0.003531), (0.000945, 0.9952, 0.09825), (-0.003455, 0.09825, -0.9952)17.48, -1.848, 38.63

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要素

#1: タンパク質
PTERIDINE REDUCTASE 1


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-NWJ / 2-amino-6-(3-formylphenyl)-4-(pyrrolidin-1-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile


分子量: 332.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16N6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細2-AMINO-6-(3-FORMYLPHENYL)-4-(PYRROLIDIN-1-YL)-7H-PYRROLO[2, 3-D]PYRIMIDINE-5-CARBONITRILE (DRG): ...2-AMINO-6-(3-FORMYLPHENYL)-4-(PYRROLIDIN-1-YL)-7H-PYRROLO[2, 3-D]PYRIMIDINE-5-CARBONITRILE (DRG): INHIBITOR 2-AMINO-6- 3-FORMYLPHENYL -4- PYRROLIDIN-1-YL -7H-PYRROLO 2,3-D PYRIMIDINE-5-CARBONITRILE IS COVALENTLY BONDED TO CYSTEINE 168.
配列の詳細SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL 20 AMINO ACID HISTIDINE TAG AT N-TERMINUS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 % / 解説: NONE
結晶化詳細: RESERVOIR CONTAINED 1.7-2.7 M SODIUM ACETATE, 20-50 MM SODIUM CITRATE PH 4.5-5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.044
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→29.42 Å / Num. obs: 66126 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.09 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C7V

2c7v


解像度: 1.99→28.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.058 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES WITH INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY WERE NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21229 3342 5.1 %RANDOM
Rwork0.15837 ---
obs0.16112 61953 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.07 Å20 Å2-0.35 Å2
2--6.01 Å20 Å2
3----2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→28.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7428 0 292 472 8192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0197884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.842.0110761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.875317319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1225992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47624.323303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.164151236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3941548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021748
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1712.7543988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1712.7543987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1034.114964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9383.1593896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.986→2.037 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 195 -
Rwork0.231 3512 -
obs--74.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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