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- PDB-4avt: Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 4avt

タイトル

Structure of CPHPC bound to Serum Amyloid P Component

要素

SERUM AMYLOID P-COMPONENT

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation by host of viral glycoprotein metabolic process / negative regulation of glycoprotein metabolic process / complement component C1q complex binding / negative regulation of viral process / negative regulation of wound healing / negative regulation of monocyte differentiation / host-mediated suppression of symbiont invasion / virion binding / negative regulation of acute inflammatory response / chaperone-mediated protein complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Kolstoe, S.E. / Purvis, A. / Wood, S.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Interaction of Serum Amyloid P Component with Hexanoyl Bis(D-Proline) (Cphpc)
著者: Kolstoe, S.E. / Jenvey, M.C. / Purvis, A. / Light, M.E. / Thompson, D. / Hughes, P. / Pepys, M.B. / Wood, S.P.

履歴

登録	2012年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4avt.cif.gz	429.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4avt.ent.gz	360.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4avt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4avsC 4avvC 4ayuC 1sacS 1gyk 1lgn 2a3w 2a3x 2a3y 2w08 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gyk-d 3kqr-d 1sac-d 1gnh-1 1lgn-d 3pvo-2 2w08-d 1lj7-2 4ayu-d 1gnh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

B: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

C: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

D: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

E: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

F: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

G: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

H: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

I: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

J: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

ヘテロ分子

238 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

C: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

E: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

G: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

I: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

B: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

D: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

F: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

H: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

J: SERUM AMYLOID P-COMPONENT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	230.864, 230.864, 281.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 1:204 ) AND (NOT ELEMENT H)

-
要素

#1: タンパク質

SERUM AMYLOID P-COMPONENT / SAP / 9.5S ALPHA-1-GLYCOPROTEIN

分子量: 23282.455 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: SERUM / 参照: UniProt: P02743

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-GHE / (2R)-1-[6-[(2R)-2-carboxypyrrolidin-1-yl]-6-oxidanylidene-hexanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid / CPHPC

分子量: 340.372 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O₆

Has protein modification

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 7.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 / 詳細: 60MM TRIS-HCL, 80MM NACL, 15% PEG550 MME, pH 7.6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→24.92 Å / Num. obs: 122013 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 81.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SAC

1sac

解像度: 3.2→24.942 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	1999	1.6 %
R_work	0.1889	-	-
obs	0.189	121859	97.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.492 Å² / k_sol: 0.293 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.6959 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.6959 Å²	0 Å²
3-	-	-	-25.3919 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.942 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16490	0	280	0	16770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	17349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.186	23481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.677	6430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2983

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
1	3	C	1637	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
1	4	D	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
1	5	E	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
1	6	F	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
1	7	G	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
1	8	H	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	9	I	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
1	10	J	1649	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2799	0.3487	135	0.3608	8088	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2799-3.3684	0.3549	139	0.323	8351	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3684-3.4672	0.3226	141	0.2903	8482	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4672-3.5788	0.2533	143	0.2601	8531	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5788-3.7063	0.2614	142	0.2469	8590	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7063-3.8542	0.2122	144	0.221	8608	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8542-4.029	0.2312	143	0.2232	8605	X-RAY DIFFRACTION	99
4.029-4.2404	0.2229	144	0.2002	8587	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2404-4.5046	0.1518	144	0.1579	8614	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5046-4.8501	0.1376	143	0.138	8621	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8501-5.3338	0.1426	145	0.1288	8627	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3338-6.0958	0.1606	144	0.1511	8662	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0958-7.6432	0.186	145	0.1629	8725	X-RAY DIFFRACTION	98
7.6432-24.9429	0.1592	147	0.1592	8769	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5692	-0.1885	-2.7577	7.9938	-4.6224	9.5167	-0.2229	-0.3336	-0.0626	0.5089	-0.5012	0.0948	0.4152	-0.0818	0.6364	0.9932	-0.5394	0.0361	0.9123	0.0739	0.8492	48.3702	188.7618	111.7967
2	6.7283	3.7916	-0.8553	7.5999	-1.3998	0.2492	0.5646	-0.5751	0.6815	0.6704	-0.2944	0.6383	0.3163	-1.8608	-0.3623	0.7284	-0.4609	0.1293	1.2459	0.0298	0.9723	41.7395	196.7297	115.8649
3	6.4077	0.6073	-1.5161	3.5365	0.7429	5.0106	0.1276	-1.0288	-0.6047	0.8292	-0.3611	1.0309	0.4439	-1.1904	0.4627	0.6837	-0.3255	0.1134	0.983	0.0725	0.6516	52.1853	199.5841	125.0508
4	6.6096	0.6302	-0.8023	6.696	1.4509	4.7379	-0.0529	0.0011	0.7994	0.2405	-0.2383	0.4817	0.5249	-1.5228	0.2226	0.4236	-0.2128	-0.0339	0.8156	0.0745	0.71	50.3565	205.5036	114.0367
5	9.2036	-1.7903	-5.3759	9.4976	3.5586	4.019	0.5915	-0.9196	0.7761	-0.2697	-0.1728	-0.158	0.0024	0.407	-0.4306	0.7864	-0.2672	-0.0807	0.9124	0.0583	0.6626	59.0406	208.2147	114.2675
6	4.7411	-4.4409	-6.1477	8.3364	4.1215	9.2394	0.1366	0.4198	-1.5742	-0.4408	-0.9746	0.9315	-0.768	-0.4332	0.7323	0.5605	-0.1265	-0.0127	0.6598	-0.0398	0.58	60.0898	210.2943	116.8933
7	3.212	-0.6587	-2.3164	8.7771	5.8247	6.8984	-0.0443	-0.7294	0.0945	0.8259	0.0107	0.3382	0.9127	-0.0487	0.1047	0.6206	-0.2173	-0.0068	0.8998	0.0959	0.5137	60.7302	202.7727	121.4755
8	9.5566	-3.2302	-2.5346	8.2718	1.3631	5.0085	0.3289	-0.9532	0.2662	0.5912	-0.2701	0.321	0.1619	-0.6556	-0.1109	0.5718	-0.2051	0.0771	0.7818	-0.0062	0.5505	58.8219	207.8732	125.2372
9	0.1882	0.717	-0.5922	6.8089	-2.9687	5.4351	0.3884	-0.5258	1.1129	0.166	-0.4102	1.2151	0.3882	-1.5125	-0.0318	0.6247	-0.3105	0.0411	1.2383	-0.0652	1.0388	42.423	204.1184	113.1424
10	2.584	-0.1238	3.4308	3.5282	1.6667	5.0027	-0.0137	-0.2475	-0.1372	0.3449	0.1609	0.2505	1.0996	-0.2678	-0.1688	0.7792	-0.3828	0.0583	0.9364	0.1012	0.645	57.7794	194.2627	122.9118
11	0.7052	1.5419	-0.6009	4.8387	1.1271	6.1831	-0.1374	-0.5794	-0.1352	0.6905	-0.8314	0.8526	0.5363	-1.4756	0.6566	0.9159	-0.5672	0.2172	1.0856	0.0744	0.8681	45.9897	190.3348	119.8835
12	9.9447	1.8111	2.0466	9.4636	-1.2359	2.7633	0.2716	0.0317	-0.492	0.3155	-0.4476	0.1535	1.3937	0.6702	0.2781	0.9287	-0.2565	0.1082	0.8323	0.0937	0.6838	55.4098	184.491	110.5485
13	7.9755	0.431	2.4661	5.7196	-2.1423	5.5253	0.6998	0.4981	0.6988	0.102	-0.6462	0.8697	0.0795	-0.117	-0.0346	0.6178	0.1502	0.0505	1.0001	-0.1135	0.854	45.2957	239.5045	105.2897
14	1.5307	-1.0336	-0.4706	7.4655	1.1934	3.1958	-0.4127	-2.574	-0.5233	0.5379	-0.126	1.1171	-0.0214	-2.7696	0.3827	0.529	-0.0808	0.2123	1.4201	-0.0719	1.0357	38.2486	231.554	108.6175
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精密化 TLSグループ

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120	X-RAY DIFFRACTION	120	(CHAIN J AND RESID 197:204)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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