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万見
- PDB-403d: 5'-D(*CP*GP*CP*(HYD)AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3', 2'-(4-ETHOXYPH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 403d
タイトル5'-D(*CP*GP*CP*(HYD)AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3', 2'-(4-ETHOXYPHENYL)-5-(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)-2,5'-BI-BENZIMIDAZOLE
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(IGU)P*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / DNA-DRUG COMPLEX / B-DNA DOUBLE HELIX
機能・相同性Chem-HT1 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Bauer, C. / Roberts, C. / Switzer, C. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: 2'-Deoxyisoguanosine adopts more than one tautomer to form base pairs with thymidine observed by high-resolution crystal structure analysis.
著者: Robinson, H. / Gao, Y.G. / Bauer, C. / Roberts, C. / Switzer, C. / Wang, A.H.
履歴
登録1998年6月10日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(IGU)P*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(IGU)P*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8344
ポリマ－7,3572
非ポリマー4772
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.759, 41.084, 64.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*(IGU)P*AP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3678.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-HT1 / 2'-(4-ETHOXYPHENYL)-5-(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)-2,5'-BI-BENZIMIDAZOLE / HOECHST 33342 / Hoechst-33342


分子量: 452.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N6O / キーワード: HOECHST 33342
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MGCL211
3SPERMINE11
4SODIUM CACODYLATE11
5WATER12
6MPD12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式Sol-ID
10.4 mMDNA duplex1
20.4 mMHoechst 333421
340 mMsodium cacodylate1
410 mM1MgCl2
51.5 mMspermine tetrachloride11
615 %11
740 %MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→10 Å / Num. all: 11253 / Num. obs: 11253 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
精密化解像度: 1.4→10 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 564 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all0.245 11253 --
obs0.242 11253 80.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 488 35 128 651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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