[日本語] English
万見
- PDB-1j8l: Molecular and Crystal Structure of D(CGCAAATTMO4CGCG): the Watson... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j8l
タイトルMolecular and Crystal Structure of D(CGCAAATTMO4CGCG): the Watson-Crick Type N4-Methoxycytidine/Adenosine Base Pair in B-DNA
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(C45)P*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / N4-METHOXYCYTOSINE / DNA DAMAGE / B-DNA / DOUBLE HELIX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Hossain, M.T. / Sunami, T. / Tsunoda, M. / Hikima, T. / Chatake, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001
タイトル: Crystallographic studies on damaged DNAs IV. N(4)-methoxycytosine shows a second face for Watson-Crick base-pairing, leading to purine transition mutagenesis.
著者: Hossain, M.T. / Sunami, T. / Tsunoda, M. / Hikima, T. / Chatake, T. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A.
履歴
登録2001年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(C45)P*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(C45)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3793
ポリマ－7,3552
非ポリマー241
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.8, 40.3, 65.5
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(C45)P*GP*CP*G)-3')


分子量: 3677.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, spermine, magnesium acetate, sodium cacodylate, sodum chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2spermine11
3magnesium acetate11
4sodium cacodylate11
5sodum chloride11
結晶化
*PLUS
温度: 4 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMDNA1drop
210 mMsodium cacodylate1drop
34.5 mMspermine tetrahydrochloride1drop
418 mMmagnesium acetate1drop
510 %(v/v)MPD1drop
640 mM1dropNaCl
70.1 %n-octyl-beta-D-glycoside1drop
825 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2000年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 62759 / Num. obs: 7855 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.132 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 38.4
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / 冗長度: 5.1 % / Num. measured all: 62759
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 38.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 355D

355d


解像度: 1.6→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.258 685 RANDOM
Rwork0.218 --
all-6515 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.27 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3----6.31 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 484 11 105 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.124
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 5 -
Rwork0.206 --
obs--5.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Rfactor Rfree: 0.277 / Num. reflection Rfree: 5.2 / Rfactor Rwork: 0.206

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る