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万見
- PDB-3j3z: Structure of MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment from elect... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j3z
タイトルStructure of MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment from electron cryo-microscopy of enterovirus 71 complexed with a Fab fragment
要素
  • MA28-7 neutralizing antibody heavy chain
  • MA28-7 neutralizing antibody light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / EV71 / enterovirus / HFMD / strain-specific eptitope / VP1-145
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.4 Å
データ登録者Lee, H. / Cifuente, J.O. / Ashley, R.E. / Conway, J.F. / Makhov, A.M. / Tano, Y. / Shimizu, H. / Nishimura, Y. / Hafenstein, S.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: A strain-specific epitope of enterovirus 71 identified by cryo-electron microscopy of the complex with fab from neutralizing antibody.
著者: Hyunwook Lee / Javier O Cifuente / Robert E Ashley / James F Conway / Alexander M Makhov / Yoshio Tano / Hiroyuki Shimizu / Yorihiro Nishimura / Susan Hafenstein /
要旨: Enterovirus 71 (EV71) is a picornavirus that causes outbreaks of hand, foot, and mouth disease (HFMD), primarily in the Asia-Pacific area. Unlike coxsackievirus A16, which also causes HFMD, EV71 ...Enterovirus 71 (EV71) is a picornavirus that causes outbreaks of hand, foot, and mouth disease (HFMD), primarily in the Asia-Pacific area. Unlike coxsackievirus A16, which also causes HFMD, EV71 induces severe neuropathology leading to high fatalities, especially among children under the age of 6 years. Currently, no established vaccines or treatments are available against EV71 infection. The monoclonal antibody MA28-7 neutralizes only specific strains of EV71 that have a conserved glycine at amino acid VP1-145, a surface-exposed residue that maps to the 5-fold vertex and that has been implicated in receptor binding. The cryo-electron microscopy structure of a complex between EV71 and the Fab fragment of MA28-7 shows that only one Fab fragment occupies each 5-fold vertex. A positively charged patch, which has also been implicated in receptor binding, lies within the Fab footprint. We identify the strain-specific epitope of EV71 and discuss the possible neutralization mechanisms of the antibody.
履歴
登録2013年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5673
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5673
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: MA28-7 neutralizing antibody light chain
H: MA28-7 neutralizing antibody heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6112
ポリマ－46,6112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 MA28-7 neutralizing antibody light chain


分子量: 23261.770 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 MA28-7 neutralizing antibody heavy chain


分子量: 23349.105 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing antibody
タイプ: VIRUS
分子量値: 8.05 MDa / 実験値: NO
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris, 200 mM NaCl, 50 mM MgCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow-discharged holey carbon Quantifoil electron microscopy grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: OTHER / Temp: 76 K / 湿度: 95 %
詳細: Plunged into ethane-propane mixture (FEI VITROBOT MARK III)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年2月2日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 48425 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6120 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 95 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 45
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN2３次元再構成
CTF補正詳細: Each
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Cross correlation coefficient / 解像度: 23.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 27026 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.23 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.23 Å
詳細: The breaksym option in EMAN2 was used to search for the icosahedrally-related orientations. (Single particle details: Selected particles were low-pass filtered at 10 Angstrom. Asymmetric ...詳細: The breaksym option in EMAN2 was used to search for the icosahedrally-related orientations. (Single particle details: Selected particles were low-pass filtered at 10 Angstrom. Asymmetric reconstruction was performed with the breaksym option in EMAN2.) (Single particle--Applied symmetry: C1)
クラス平均像の数: 2300 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The Fab structure was fitted manually, then refined in Chimera.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 3GK8 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 3GK8

3gk8

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1H
2L
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 0 0 3283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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