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万見
- PDB-3zci: Crystal structure of Helicobacter pylori T4SS protein CagL in a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zci
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori T4SS protein CagL in a cubic crystal form with a distorted helical conformation of the RGD-motif
要素CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18)
キーワードPROTEIN BINDING / KKQEK / SER MUTANT / ADHESION / RGD MOTIF / INTEGRIN BINDING / TYPE IV SECRETION / T4S / VIRULENCE / CAG18 / HP0539
機能・相同性Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1660 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Meso-2,3-Butanediol / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Cag pathogenicity island protein (Cag18)
機能・相同性情報
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Barden, S. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Helical Rgd Motif Promoting Cell Adhesion: Crystal Structures of the Helicobacter Pylori Type Iv Secretion System Pilus Protein Cagl
著者: Barden, S. / Lange, S. / Tegtmeyer, N. / Conradi, J. / Sewald, N. / Backert, S. / Niemann, H.H.
履歴
登録2012年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,79911
ポリマ－24,9411
非ポリマー85810
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.002, 181.002, 181.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2022-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18) / CAGL


分子量: 24940.545 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-237 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: O25272

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非ポリマー , 5種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-BU9 / Meso-2,3-Butanediol / meso-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細MESO-2,3-BUTANEDIOL (BU9): CRYO PROTECTANT 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE (DIO): CRYSTALLIZATION COCKTAIL ...MESO-2,3-BUTANEDIOL (BU9): CRYO PROTECTANT 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE (DIO): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND SULFATE ION (SO4): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND CHLORIDE ION (CL): CRYSTALLIZATION COCKTAIL COMPOUND SELENOMETHIONINE (MSE): CO-TRANSLATIONALLY INCORPORATED FOR PHASING
配列の詳細SURFACE ENTROPY REDUCTION MUTANT KKQEK

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION:7 MG/ML. RESERVOIR: 100 MM MES PH6.5, 1.2 M AMMONIUM SULPHATE, 2-4 % 1,4 DIOXANE. VAPOR DIFFUSION AT 277 K WITH DROP RATIO OF

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97814, 0.97814, 0.97847
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978141
20.978471
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 24942 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 37.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.201→19.868 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: SECONDARY STRUCTURE RESTRAINTS APPLIED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 1286 5.2 %
Rwork0.2075 --
obs0.2094 24907 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.58 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8678 Å20 Å20 Å2
2--1.8678 Å20 Å2
3---1.8678 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→19.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1517 0 52 113 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2922543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.831747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2015-2.28950.27341480.29162614X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.39350.29991440.25972573X-RAY DIFFRACTION100
2.3935-2.51950.31221490.26032616X-RAY DIFFRACTION100
2.5195-2.6770.28911430.2322591X-RAY DIFFRACTION100
2.677-2.88310.28481530.21712614X-RAY DIFFRACTION100
2.8831-3.17220.25981370.20432619X-RAY DIFFRACTION100
3.1722-3.62880.20411420.18132631X-RAY DIFFRACTION100
3.6288-4.56270.21971350.17112649X-RAY DIFFRACTION100
4.5627-19.86830.22471350.21342714X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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