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万見
- PDB-1zz5: Molecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomyci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zz5
タイトルMolecular Recognition of RNA by Neomycin and a Restricted Neomycin Derivative
要素
  • 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*G)-3'
キーワードRNA / Ribosome / A-site. double helix / restricted neomycin / cyclicneo / neocyclic
機能・相同性Chem-CNY / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhao, Q. / Zhao, F. / Blount, K.F. / Han, Q. / Tor, Y. / Hermann, T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005
タイトル: Molecular recognition of RNA by neomycin and a restricted neomycin derivative
著者: Zhao, F. / Zhao, Q. / Blount, K.F. / Han, Q. / Tor, Y. / Hermann, T.
履歴
登録2005年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,00410
ポリマ－18,5694
非ポリマー2,4356
水45025
1
A: 5'-R(*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5025
ポリマ－9,2852
非ポリマー1,2183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-R(*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5025
ポリマ－9,2852
非ポリマー1,2183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.740, 50.750, 144.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The chains A and B, C and D form two double-helix RNA biological unit. The two units are related by non-crystallographic symmetry in the asymmetric unit.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*GP*G)-3'


分子量: 4903.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosomal RNA A-site / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Escherichia coli (bacteria) except one residue was removed near 3' terminal
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*CP*GP*UP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4380.691 Da / 分子数: 2 / 断片: Ribosomal RNA A-site / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Escherichia coli (bacteria) except one residue was removed near 3' terminal
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CNY / 13,15-DIAMINO-2-(AMINOMETHYL)-3,4,9,12-TETRAHYDROXYHEXADECAHYDRO-2H-7,10-EPOXYPYRANO[2,3-B][1,10,4]BENZODIOXAZACYCLODODECIN-8-YL 2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXYHEXOPYRANOSIDE / CYCLIC NEOMYCIN / 4-O,5-O-[(6-アミノ-1,2,6-トリデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス)-1,2-ジイルイミノ[[3-O-(以下略)


分子量: 596.628 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44N6O12
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: MPD, magnesium acetate, cacodylate, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2magnesium acetate11
3cacodylate11
4h2o11
5MPD12
6magnesium acetate12
7cacodylate12
8h2o12

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9195, 0.9202, 0.9068
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91951
20.92021
30.90681
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 7800 / Num. obs: 6704 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 26.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 434 / % possible all: 56

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 606 -RANDOM
Rwork0.233 ---
all-7462 --
obs-5581 74.8 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1228 166 25 1419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0081
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1209
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.045
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 64 -
Rwork0.331 --
obs--37.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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