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- PDB-4rmv: Crystal structure of the D76H Beta-2 Microglobulin mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rmv
タイトルCrystal structure of the D76H Beta-2 Microglobulin mutant
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobin / beta-sandwitch / amyloidosis / pathologic mutation / genetic disease / MHC class I
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.463 Å
データ登録者de Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Conformational dynamics in crystals reveal the molecular bases for D76N beta-2 microglobulin aggregation propensity.
著者: Le Marchand, T. / de Rosa, M. / Salvi, N. / Sala, B.M. / Andreas, L.B. / Barbet-Massin, E. / Sormanni, P. / Barbiroli, A. / Porcari, R. / Sousa Mota, C. / de Sanctis, D. / Bolognesi, M. / ...著者: Le Marchand, T. / de Rosa, M. / Salvi, N. / Sala, B.M. / Andreas, L.B. / Barbet-Massin, E. / Sormanni, P. / Barbiroli, A. / Porcari, R. / Sousa Mota, C. / de Sanctis, D. / Bolognesi, M. / Emsley, L. / Bellotti, V. / Blackledge, M. / Camilloni, C. / Pintacuda, G. / Ricagno, S.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1123
ポリマ－11,9021
非ポリマー2092
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.540, 28.871, 53.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

PGE

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11902.416 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 変異: D76H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P, NM_004048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG4000, 15% glycerol, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月15日 / 詳細: bent cylindrical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→21.612 Å / Num. all: 16702 / Num. obs: 16365 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YXF

2yxf


解像度: 1.463→21.612 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 1633 10 %
Rwork0.1856 --
obs0.1899 16323 97.17 %
all-16323 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.463→21.612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数839 0 14 76 929
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1661327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.905384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.463-1.5060.37511370.31211220X-RAY DIFFRACTION98
1.506-1.55460.27881320.27171213X-RAY DIFFRACTION97
1.5546-1.61020.27851360.23881219X-RAY DIFFRACTION97
1.6102-1.67460.27721300.23671162X-RAY DIFFRACTION94
1.6746-1.75080.27531380.20331240X-RAY DIFFRACTION99
1.7508-1.84310.24131360.20391228X-RAY DIFFRACTION98
1.8431-1.95850.24141310.19271178X-RAY DIFFRACTION94
1.9585-2.10960.20951390.17431242X-RAY DIFFRACTION98
2.1096-2.32160.2231390.1781255X-RAY DIFFRACTION99
2.3216-2.65710.22791330.17891192X-RAY DIFFRACTION95
2.6571-3.34560.2121390.17811260X-RAY DIFFRACTION98
3.3456-21.61470.20581430.15921281X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5527-3.5064.81422.913-3.38846.47020.00310.026-0.15320.04570.15070.1523-0.0021-0.0025-0.26060.1096-0.00390.02070.0838-0.00380.126872.2039-19.526819.7942
25.1474-2.3452.70347.0565-3.00481.94130.39860.95660.64810.40290.28281.001-0.691-1.0447-0.39790.26140.11620.11530.350.14340.358752.0398-4.54710.314
35.6802-5.21125.55474.0712-4.86894.4820.0342-0.1386-0.2618-0.01380.1260.18970.0828-0.2805-0.22240.12510.01460.00560.13420.00410.137267.4848-13.501516.132
44.0865-0.5182.29612.31910.85124.3806-0.29610.5220.3944-0.2398-0.011-0.0764-0.99340.11590.24020.2099-0.00150.00190.17860.03060.186174.3296-9.43939.5323
57.491-2.0562.38257.3141-4.88624.3344-0.0826-0.23050.7556-0.42350.18940.506-0.8882-0.18370.02460.28220.0028-0.00160.1244-0.01490.262670.1179-7.058422.3563
64.1239-3.67332.18294.4993-4.32945.7694-0.0849-1.63-1.13521.73-0.4407-1.0221.77340.99550.39020.650.0295-0.090.48140.16670.37275.3728-17.319832.1335
77.9092-4.73261.96456.88080.3551.92470.20030.27660.1765-0.2946-0.30940.2481-0.27660.1077-0.15360.1209-0.0160.00640.08740.01210.139367.5295-8.603916.4108
86.40411.45980.70434.47173.98133.4607-0.11430.7703-0.15-0.8292-0.17580.4658-0.5627-0.13420.36310.34520.0446-0.07780.29560.01090.203361.133-12.0864-1.2942
93.175-2.02492.79852.0992-1.00113.94740.15250.51520.216-0.3118-0.2225-0.20420.25430.20220.15050.1290.02810.03110.1490.00230.110277.3176-17.891110.8484
104.9593-1.6454.98032.04650.27158.45990.0091-0.1331-1.268-0.057-0.09460.92480.3099-0.51190.01590.1874-0.0024-0.05790.1688-0.06910.42864.1948-19.62346.9172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 21 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 22 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 31 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 51 through 56 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 57 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 62 through 69 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 70 through 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 78 through 90 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 91 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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