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- PDB-3vv4: Crystal structure of cyanobacteriochrome TePixJ GAF domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vv4
タイトルCrystal structure of cyanobacteriochrome TePixJ GAF domain
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / cyanobacteriochrome / phycoviolobilin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Double Cache domain 1 / Cache domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...Double Cache domain 1 / Cache domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / GAF domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / HAMP domain profile. / HAMP domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycoviolobilin, green light-absorbing form / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ishizuka, T. / Narikawa, R. / Muraki, N. / Shiba, T. / Kurisu, G. / Ikeuchi, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of cyanobacteriochromes from phototaxis regulators AnPixJ and TePixJ reveal general and specific photoconversion mechanism
著者: Narikawa, R. / Ishizuka, T. / Muraki, N. / Shiba, T. / Kurisu, G. / Ikeuchi, M.
履歴
登録2012年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1448
ポリマ－44,5822
非ポリマー1,5626
水2,000111
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1448
ポリマ－44,5822
非ポリマー1,5626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z+1/31
Buried area1630 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16050 Å2
手法PISA
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子

A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1448
ポリマ－44,5822
非ポリマー1,5626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_444-y-1,x-y-1,z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)72.868, 72.868, 166.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: PVG / End label comp-ID: PVG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 6 - 201 / Label seq-ID: 39

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - G

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein / TePixJ


分子量: 22291.098 Da / 分子数: 2 / 断片: GAF domain, UNP residues 430-591 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: tll0569 / 発現宿主: Synechocystis (バクテリア) / 株 (発現宿主): PCC6803 / 参照: UniProt: Q8DLC7
#2: 化合物 ChemComp-PVG / Phycoviolobilin, green light-absorbing form


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1.15M ammonium sulfate, 100mM MES buffer, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. all: 39334 / Num. obs: 36534 / % possible obs: 92.88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→59.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.994 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 1606 5 %RANDOM
Rwork0.1855 30434 --
obs0.1874 32040 94.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.52 Å2 / Biso mean: 45.75 Å2 / Biso min: 17.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→59.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2522 0 106 111 2739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9883650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1735311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.2923.942137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52215438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6231524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0212060
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
655MEDIUM POSITIONAL0.140.5
623LOOSE POSITIONAL0.475
655MEDIUM THERMAL3.292
623LOOSE THERMAL6.2210
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 95 -
Rwork0.26 1898 -
all-1993 -
obs--79.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3597-0.2149-0.14380.93440.04242.4442-0.06550.0616-0.1102-0.0774-0.02590.0020.2378-0.25460.09140.0796-0.06350.01110.0839-0.0310.0391-7.225-20.79-15.415
21.27450.16850.44251.840.48052.38960.0568-0.03650.06970.3076-0.0975-0.044-0.20040.03160.04070.1235-0.0587-0.01770.0449-0.00610.0802-13.273-44.21-41.248
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 158
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 158
4X-RAY DIFFRACTION2B201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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