PDB-4k30: Structure of the N-acetyltransferase domain of human N-acetylglut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k30

タイトル

Structure of the N-acetyltransferase domain of human N-acetylglutamate synthase

要素

N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / GCN5-ralated N-acetyltransferase fold / synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

amino-acid N-acetyltransferase / L-glutamate N-acetyltransferase activity / glutamate metabolic process / Urea cycle / urea cycle / L-arginine biosynthetic process / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Shi, D. / Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the N-acetyltransferase domain of human N-acetyl-L-glutamate synthase in complex with N-acetyl-L-glutamate provides insights into its catalytic and regulatory mechanisms.
著者: Zhao, G. / Jin, Z. / Allewell, N.M. / Tuchman, M. / Shi, D.

履歴

登録	2013年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k30.cif.gz	268.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k30.ent.gz	218.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4k30_validation.pdf.gz	470.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k30_full_validation.pdf.gz	480.1 KB	表示
XML形式データ	4k30_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	4k30_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s6hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nex-d 4nf1-1 4nf1-3 1d2a-d 3ewl-d 2he9-d 4nf1-2 1atz-d 5h23-d 4nsq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

B: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

X: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

Y: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

74 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

B: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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2

X: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

X: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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3

Y: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

Y: N-acetylglutamate synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.141, 116.141, 109.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-729- HOH

#1: タンパク質	N-acetylglutamate synthase, mitochondrial / Amino-acid acetyltransferase / N-acetylglutamate synthase long form / N-acetylglutamate synthase ...Amino-acid acetyltransferase / N-acetylglutamate synthase long form / N-acetylglutamate synthase short form / N-acetylglutamate synthase conserved domain form 分子量: 18320.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAGS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N159, amino-acid N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NLG / N-ACETYL-L-GLUTAMATE / N-アセチルグルタミン酸分子量: 189.166 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-tris, pH 6.5, 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 44139 / Num. obs: 44139 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.276 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	9.7	0.901	2150	1.048	1	99.8
2.14-2.18	11	0.789	2160	1.102	1	100
2.18-2.22	12.1	0.704	2189	1.089	1	100
2.22-2.26	12.8	0.682	2149	1.09	1	100
2.26-2.31	13.3	0.584	2193	1.103	1	100
2.31-2.37	13.8	0.527	2160	1.118	1	100
2.37-2.42	14.3	0.479	2192	1.144	1	100
2.42-2.49	14.7	0.411	2171	1.178	1	100
2.49-2.56	14.8	0.349	2195	1.214	1	100
2.56-2.65	14.8	0.284	2166	1.361	1	100
2.65-2.74	14.8	0.23	2205	1.389	1	100
2.74-2.85	14.8	0.202	2195	1.592	1	100
2.85-2.98	14.7	0.162	2200	1.676	1	100
2.98-3.14	14.7	0.132	2200	1.609	1	100
3.14-3.33	14.5	0.102	2205	1.787	1	100
3.33-3.59	14.1	0.082	2209	1.523	1	100
3.59-3.95	13.7	0.075	2247	1.357	1	100
3.95-4.52	13.3	0.06	2242	1.137	1	100
4.52-5.7	13.4	0.051	2293	0.953	1	100
5.7-50	12.6	0.043	2418	0.773	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3S6H

3s6h

解像度: 2.103→38.458 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8226 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2443	1994	4.53 %	Random
R_work	0.1847	-	-	-
all	0.1874	44139	-	-
obs	0.1873	44051	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.27 Å² / B_iso mean: 55.433 Å² / B_iso min: 18.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.103→38.458 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4963	0	52	266	5281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	6955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	715
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.874	1873

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1026-2.1552	0.3151	126	0.2525	2867	2993	97
2.1552-2.2134	0.2783	151	0.2287	2940	3091	100
2.2134-2.2785	0.2965	141	0.2245	2983	3124	100
2.2785-2.3521	0.3172	135	0.2111	2962	3097	100
2.3521-2.4361	0.2541	140	0.2021	2970	3110	100
2.4361-2.5337	0.2574	145	0.2077	2986	3131	100
2.5337-2.6489	0.292	144	0.1992	2957	3101	100
2.6489-2.7886	0.2637	132	0.1979	3013	3145	100
2.7886-2.9632	0.2367	147	0.2057	2991	3138	100
2.9632-3.1919	0.2518	142	0.1974	3010	3152	100
3.1919-3.5129	0.2516	145	0.1762	3022	3167	100
3.5129-4.0208	0.224	146	0.1627	3044	3190	100
4.0208-5.0639	0.1931	142	0.1497	3088	3230	100
5.0639-38.4645	0.2555	158	0.1938	3224	3382	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3566	0.2158	0.2449	4.2032	-0.3368	3.6828	-0.0457	0.1236	0.0889	0.1081	-0.1023	-0.3853	-0.0518	0.2979	0.1699	0.2428	0.0058	0.0077	0.2644	0.0223	0.2111	49.1075	123.4552	115.4275
2	4.3545	-3.0175	0.0277	6.6246	0.1732	4.1893	0.0492	0.0124	-0.2262	0.1219	-0.1121	0.4844	-0.0111	-0.6176	0.0448	0.2325	0.0018	-0.0224	0.2905	0.0034	0.23	33.358	125.9875	117.3562
3	5.1205	0.1514	-0.4308	4.3472	-0.5841	7.1224	0.1316	-0.9656	0.0659	0.4728	0.1566	0.1823	0.2328	-0.5321	-0.2205	0.4326	0.0115	0.0658	0.7203	-0.0573	0.3973	12.01	133.0743	139.1689
4	4.5689	-1.1543	-1.5047	6.7364	2.3023	6.6934	0.2664	-0.4848	0.4761	0.0308	-0.069	-0.1172	-0.4008	0.1468	-0.1519	0.3304	0.0364	0.0344	0.394	-0.0393	0.2764	23.1702	136.1023	128.1028
5	3.4117	1.1871	-0.5394	5.9821	-1.6375	3.7553	-0.1519	0.1219	0.1661	0.2835	0.0524	0.2734	-0.0325	-0.0158	0.1316	0.3287	0.0626	0.0907	0.2304	0.0795	0.2605	45.2192	100.4168	129.1558
6	3.7149	1.9756	0.1333	5.8011	-1.3465	3.0584	0.0003	-0.2656	-0.1456	0.5239	-0.0247	-0.0287	-0.0969	-0.0139	0.0388	0.5149	0.1392	0.1198	0.3725	0.1419	0.3197	41.5553	87.4441	137.5778
7	4.0286	-0.4872	-0.4459	6.6544	0.6376	5.3521	-0.2944	0.6815	-1.6814	-0.627	0.6229	-1.567	0.3177	0.4265	-0.2448	0.6551	-0.0212	0.0733	0.5898	-0.1252	1.2961	18.2942	105.5498	100.6638
8	8.7678	-0.9395	1.0776	8.8766	1.4026	7.6001	-0.1037	-0.5088	-0.3247	0.227	0.4259	-0.6795	0.398	0.2768	-0.2786	0.5482	-0.0913	-0.0636	0.4871	0.1283	0.6793	5.2567	109.7057	109.3771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 375:469	A	375 - 469
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 470:527	A	470 - 527
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 376:469	B	376 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 470:527	B	470 - 527
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain X and resid 375:469	X	375 - 469
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain X and resid 470:527	X	470 - 527
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain Y and resid 377:469	Y	377 - 469
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain Y and resid 470:525	Y	470 - 525

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関連情報:EMDBヘッダ

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