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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tmk | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST THYMIDYLATE KINASE COMPLEXED WITH THE BISUBSTRATE INHIBITOR TP5A AT 2.0 A RESOLUTION: IMPLICATIONS FOR CATALYSIS AND AZT ACTIVATION | ||||||
要素 | THYMIDYLATE KINASE | ||||||
キーワード | KINASE / PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UMP/dUMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / mitochondrion ...UMP/dUMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lavie, A. / Schlichting, I. / Konrad, M. / Goody, R.S. / Brundiers, R. / Reinstein, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of yeast thymidylate kinase complexed with the bisubstrate inhibitor P1-(5'-adenosyl) P5-(5'-thymidyl) pentaphosphate (TP5A) at 2.0 A resolution: implications for ...タイトル: Crystal structure of yeast thymidylate kinase complexed with the bisubstrate inhibitor P1-(5'-adenosyl) P5-(5'-thymidyl) pentaphosphate (TP5A) at 2.0 A resolution: implications for catalysis and AZT activation. 著者: Lavie, A. / Konrad, M. / Brundiers, R. / Goody, R.S. / Schlichting, I. / Reinstein, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tmk.cif.gz | 374.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tmk.ent.gz | 308.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tmk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tmk_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3tmk_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3tmk_validation.xml.gz | 84 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tmk_validation.cif.gz | 112.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tmk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tmk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1tmkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24719.375 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00572, dTMP kinase #2: 化合物 | ChemComp-T5A / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→43.8 Å / Num. obs: 116451 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 270178 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56.9 % / Rmerge(I) obs: 0.266 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TMK 解像度: 2→43.8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→43.8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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