PDB-4ohq: Crystal structure of chloroplast triose phosphate isomerase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ohq

タイトル

Crystal structure of chloroplast triose phosphate isomerase from Arabidopsis thaliana

要素

Triosephosphate isomerase, chloroplastic

キーワード

ISOMERASE / TIM Barrel / chloroplast

機能・相同性

機能・相同性情報

primary root development / triglyceride mobilization / chloroplast organization / thylakoid / apoplast / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast envelope / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lara-Gonzalez, S. / Lopez-Castillo, M. / Brieba, L.G.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Redox Regulation of Cytoplasmic and Chloroplastic Triosephosphate Isomerases from Arabidopsis thaliana.
著者: Lopez-Castillo, L.M. / Jimenez-Sandoval, P. / Baruch-Torres, N. / Trasvina-Arenas, C.H. / Diaz-Quezada, C. / Lara-Gonzalez, S. / Winkler, R. / Brieba, L.G.

履歴

登録	2014年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ohq.cif.gz	193.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ohq.ent.gz	156 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ohq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4ohq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/4ohq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4obtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ypi-d 1tcd-d 4o54-1 4hhp-d 2v0t-2 6oog-1 2qzc-d 1tmh-2 3tmk-3 5i3i-1 4jeq-1 5i3f-1 4poc-d 3th6-d 5ujw-1 6nxw-1 6nee-d 6nlh-3 6jox-d 3tmk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase, chloroplastic

B: Triosephosphate isomerase, chloroplastic

54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.920, 100.920, 221.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A AND RESID 6:204
2	1	CHAIN B AND RESID 6:204
1	2	CHAIN A AND RESID 208:254
2	2	CHAIN B AND RESID 208:254

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	CHAIN A AND RESID 6:204	A
2	1	1	CHAIN B AND RESID 6:204	B
1	1	2	CHAIN A AND RESID 208:254	A
2	1	2	CHAIN B AND RESID 208:254	B

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase, chloroplastic / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27211.787 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 60-315 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: TIM, At2g21170, F26H11.7 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SKP6, triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Triosephosphate isomerase, chloroplastic / TIM / Triose-phosphate isomerase

分子量: 27211.787 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 60-315 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TIM, At2g21170, F26H11.7 / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SKP6, triose-phosphate isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES Sodium, 1.4 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月12日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→28.885 Å / Num. all: 37106 / Num. obs: 37207 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 17 / Scaling rejects: 101

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	% possible all
2.15-2.22	13.7	0.796	4.6	43071	3153	100
8.86-28.88	11	0.044	31.4	6816	619	95

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.05 Å	28.89 Å
Translation	5.05 Å	28.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	dev_1593	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→28.88 Å / FOM work R set: 0.8512 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2117	1998	5.38 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.1722	37106	99.88 %	-
all	-	37106	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.43 Å² / B_iso mean: 43.4 Å² / B_iso min: 24.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3618	0	0	131	3749

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	5028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.228	1246

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1742	X-RAY DIFFRACTION	0.809	TORSIONAL
1	2	B	1742	X-RAY DIFFRACTION	0.809	TORSIONAL
2	1	A	394	X-RAY DIFFRACTION	0.809	TORSIONAL
2	2	B	394	X-RAY DIFFRACTION	0.809	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.2304	139	0.1968	2448	2587	100
2.2038-2.2633	0.2384	139	0.1954	2445	2584	100
2.2633-2.3299	0.2722	140	0.1853	2461	2601	100
2.3299-2.4051	0.2515	139	0.1875	2465	2604	100
2.4051-2.491	0.2396	140	0.186	2452	2592	100
2.491-2.5907	0.2435	142	0.1907	2485	2627	100
2.5907-2.7085	0.2289	141	0.1957	2472	2613	100
2.7085-2.8512	0.2255	141	0.1922	2470	2611	100
2.8512-3.0296	0.2499	141	0.2026	2496	2637	100
3.0296-3.2633	0.2195	144	0.1908	2520	2664	100
3.2633-3.5911	0.2294	143	0.1824	2515	2658	100
3.5911-4.1095	0.2081	146	0.1501	2547	2693	100
4.1095-5.1727	0.1872	147	0.1334	2592	2739	100
5.1727-28.8876	0.1661	156	0.1571	2740	2896	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6189	-0.7218	-0.6214	1.4879	0.3796	0.5934	0.0433	-0.2544	0.0177	0.0819	0.0701	0.0136	-0.0795	0.0976	-0.0002	0.3291	-0.0036	-0.024	0.4027	-0.0234	0.3712	-2.8424	43.5556	8.7509
2	1.5068	-1.3762	-0.1524	1.292	-0.1575	2.1791	-0.0564	-0.3329	-0.596	0.2155	0.1746	0.3854	0.4006	0.0464	0.0171	0.345	0.0075	-0.0371	0.4207	0.0916	0.5013	-1.6667	27.7807	14.1473
3	1.0809	0.0867	-0.6055	0.051	-0.0136	0.3672	-0.3315	-0.7856	-0.5165	0.4228	0.488	0.2477	0.3924	-0.2943	0.0263	0.5597	0.0643	0.0554	0.6872	0.3598	0.9555	-2.4163	21.613	21.4935
4	1.4467	-0.5692	-1.2584	0.8963	-0.0029	1.4581	-0.3494	-0.0951	-0.8262	0.2618	0.3842	0.2835	0.2535	0.0489	0.0001	0.4477	0.026	0.0047	0.6419	0.2326	0.6811	-8.4851	27.877	19.7287
5	0.7191	-0.5135	-0.3534	0.6648	0.296	0.3097	-0.1415	-0.5759	-0.5756	0.3933	0.1195	0.3896	0.0211	0.0003	-0.0312	0.4332	0.0432	0.0335	0.6423	0.227	0.5075	-11.8815	32.4104	24.1399
6	0.3696	-0.0735	0.0553	0.4022	0.0732	0.0268	0.0262	-0.2973	-0.1078	0.3205	0.084	0.2076	0.1745	-0.837	-0.0031	0.411	-0.0018	0.0417	0.5955	0.0485	0.462	-18.3041	44.879	19.2474
7	1.6104	-0.0003	-0.4107	1.4224	-0.4537	0.8087	-0.0061	0.1695	0.2283	-0.1458	-0.0096	0.0507	-0.0885	-0.024	-0.0001	0.3062	-0.0003	-0.0453	0.3657	-0.0059	0.382	9.4031	41.7932	-8.5026
8	0.0668	-0.0015	0.0141	0.2294	0.1507	0.1197	0.2235	0.3154	-0.0849	-0.3789	-0.2424	0.3926	-0.2198	0.0738	0.0022	0.324	0.0422	-0.0509	0.5256	-0.0584	0.4238	-1.4863	40.2373	-10.1549
9	0.4822	-0.2338	-0.7968	0.7126	0.4402	1.3144	-0.1114	-0.0248	-0.239	-0.019	0.0565	0.3581	0.1288	-0.2733	0.0001	0.3179	-0.0242	-0.045	0.4036	-0.0598	0.4232	6.6039	23.8031	-9.5914
10	1.3325	-0.0867	-1.461	1.9374	0.448	1.9698	-0.1371	0.1453	-0.179	-0.2189	0.0446	0.1392	0.2438	0.1116	0.0001	0.3061	0.0008	-0.051	0.3865	-0.1202	0.3396	12.3035	21.1143	-15.9875
11	0.9551	0.1425	-0.1939	0.9605	-0.5121	0.6444	-0.076	0.4421	0.007	-0.2451	0.1392	-0.1921	0.0051	0.2499	-0	0.324	0.0111	-0.0422	0.475	-0.0667	0.2815	17.9518	29.418	-20.2677
12	0.1345	0.0498	0.0727	0.0486	0.0394	0.0444	-0.4614	0.4112	0.1765	-0.2643	0.3752	-0.1331	0.1217	0.4161	-0.0004	0.5603	0.0338	-0.0408	0.7709	0.0045	0.3972	24.6921	37.5417	-26.7034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 6:85)	A	6 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 86:142)	A	86 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 143:151)	A	143 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 152:181)	A	152 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 182:237)	A	182 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 238:254)	A	238 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 6:79)	B	6 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 80:91)	B	80 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 92:138)	B	92 - 138
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 139:181)	B	139 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 182:247)	B	182 - 247
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 248:254)	B	248 - 254

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)