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- PDB-3mth: X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON HEXAMERIC INSULINS IN THE PRESE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mth
タイトルX-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON HEXAMERIC INSULINS IN THE PRESENCE OF HELIX-STABILIZING AGENTS, THIOCYANATE, METHYLPARABEN AND PHENOL
要素(METHYLPARABEN ...) x 2
キーワードHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipoprotein lipase activity / Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process ...positive regulation of lipoprotein lipase activity / Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / lactate biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / lipid biosynthetic process / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of protein localization to plasma membrane / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of DNA replication / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / positive regulation of protein localization to nucleus / vasodilation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protease binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Whittingham, J.L. / Dodson, E.J. / Moody, P.C.E. / Dodson, G.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: X-ray crystallographic studies on hexameric insulins in the presence of helix-stabilizing agents, thiocyanate, methylparaben, and phenol.
著者: Whittingham, J.L. / Chaudhuri, S. / Dodson, E.J. / Moody, P.C. / Dodson, G.G.
#1: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1992
タイトル: The Structure of a Rhombohedral R6 Insulin Hexamer that Binds Phenol
著者: Smith, G.D. / Dodson, G.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Phenol Stabilizes More Helix in a New Symmetrical Zinc Insulin Hexamer
著者: Derewenda, U. / Derewenda, Z. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Reynolds, C.D. / Smith, G.D. / Sparks, C. / Swenson, D.
履歴
登録1995年9月13日処理サイト: BNL
置き換え1996年1月29日ID: 2MTH
改定 1.01996年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9299
ポリマ－11,5754
非ポリマー3545
水1,35175
1
A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0415
ポリマ－5,7882
非ポリマー2533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area3910 Å2
手法PISA
2
C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8884
ポリマ－5,7882
非ポリマー1012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3700 Å2
手法PISA
3
A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,78727
ポリマ－34,72612
非ポリマー1,06215
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19870 Å2
ΔGint-315 kcal/mol
Surface area11830 Å2
手法PISA
4
A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9299
ポリマ－11,5754
非ポリマー3545
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area6360 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area5940 Å2
手法PISA
6
C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

C: METHYLPARABEN INSULIN
D: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,66512
ポリマ－17,3636
非ポリマー3036
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
7
A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子

A: METHYLPARABEN INSULIN
B: METHYLPARABEN INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,12215
ポリマ－17,3636
非ポリマー7599
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.380, 80.380, 37.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-31-

ZN

21B-32-

CL

31D-31-

ZN

41D-32-

CL

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要素

-
METHYLPARABEN ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質・ペプチド METHYLPARABEN INSULIN


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P01315
#2: タンパク質・ペプチド METHYLPARABEN INSULIN


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P01315

-
非ポリマー , 4種, 80分子

#3: 化合物 ChemComp-MPB / 4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER / メチルパラベン


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
濃度: 0.02 M / 一般名: hydrochrolic acid

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 5.95 Å / Num. obs: 6095 / % possible obs: 86.3 % / Num. measured all: 6620 / Rmerge(I) obs: 0.03
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 28.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.32

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.1843 6095
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数789 0 15 75 879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.2163
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.8013.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.4763
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.9453.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0780.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1640.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2560.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.20820
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.54520
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor15.11420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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