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- PDB-3gph: Human cytochrome P450 2E1 in complex with omega-imidazolyl-decano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gph
タイトルHuman cytochrome P450 2E1 in complex with omega-imidazolyl-decanoic acid
要素Cytochrome P450 2E1
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2E1 / P450 2E1 / monooxygenase / acetaminophen / heme / fatty acid hydroxylase / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 4-nitrophenol 2-monooxygenase activity / carbon tetrachloride metabolic process / benzene metabolic process / 4-nitrophenol metabolic process / halogenated hydrocarbon metabolic process / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / long-chain fatty acid metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity ...: / 4-nitrophenol 2-monooxygenase activity / carbon tetrachloride metabolic process / benzene metabolic process / 4-nitrophenol metabolic process / halogenated hydrocarbon metabolic process / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / long-chain fatty acid metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / lipid hydroxylation / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / Xenobiotics / Paracetamol ADME / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / long-chain fatty acid biosynthetic process / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / Hsp70 protein binding / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / response to bacterium / Hsp90 protein binding / oxygen binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2E-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2E-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 10-(1H-imidazol-1-yl)decanoic acid / Cytochrome P450 2E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Porubsky, P.R. / Battaile, K.P. / Scott, E.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Human cytochrome P450 2E1 structures with fatty acid analogs reveal a previously unobserved binding mode.
著者: Porubsky, P.R. / Battaile, K.P. / Scott, E.E.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2E1
B: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8276
ポリマ－110,1172
非ポリマー1,7104
水45025
1
A: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9133
ポリマ－55,0581
非ポリマー8552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2E1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9133
ポリマ－55,0581
非ポリマー8552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.709, 70.709, 222.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 2E1 / CYPIIE1 / P450-J


分子量: 55058.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-493 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2E, CYP2E1 / プラスミド: pKK2E1dH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: P05181, unspecific monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OID / 10-(1H-imidazol-1-yl)decanoic acid / 10-imidazolyl-decanoic acid / 10-(1H-イミダゾ-ル-1-イル)デカン酸


分子量: 238.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H22N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Na HEPES, 5% Isopropanol, 20% PEG 2000 MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
詳細: Sagitally focused second crystal, vertical focusing via a one-meter, Pt/Pd-coated cylindrically focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 28495 / Num. obs: 28493 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 51.075 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 17.071
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Num. unique all: 2034 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3E61

3e61


解像度: 2.7→31.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 14.75 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28261 1442 5.1 %RANDOM
Rwork0.21245 ---
obs0.21609 27040 95.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→31.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7530 0 120 25 7675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0227881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9092.01110694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5175920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.53723.164373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.783151345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0481558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.23654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.25117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6771.54812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17227538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82833501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7974.53151
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 97 -
Rwork0.266 1937 -
obs--93.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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