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- PDB-6vby: Cinnamate 4-hydroxylase (C4H1) from Sorghum bicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vby
タイトルCinnamate 4-hydroxylase (C4H1) from Sorghum bicolor
要素Cinnamic acid 4-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP / Biofuel / monooxgenase / lignin / monolignol / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-cinnamate 4-monooxygenase / lignin metabolic process / trans-cinnamate 4-monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Trans-cinnamate 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zhang, B. / Kang, C. / Lewis, K.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1804699 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-PI0000031 米国
United States Department of Agriculture (USDA)2011-1006-30358 米国
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2020
タイトル: Structure and Function of the Cytochrome P450 Monooxygenase Cinnamate 4-hydroxylase fromSorghum bicolor.
著者: Zhang, B. / Lewis, K.M. / Abril, A. / Davydov, D.R. / Vermerris, W. / Sattler, S.E. / Kang, C.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cinnamic acid 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0655
ポリマ－58,0261
非ポリマー1,0394
水13,259736
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.278, 132.278, 79.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

GOL

21A-705-

HOH

31A-1177-

HOH

41A-1226-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cinnamic acid 4-hydroxylase


分子量: 58026.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: C4H, SORBI_3002G126600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94IP1, EC: 1.14.13.11
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 12% (v/v) isopropanol and 14% (w/v) PEG 2,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→65.275 Å / Num. obs: 87984 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 4.75
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 8712 / CC1/2: 0.462

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R1Z

4r1z


解像度: 1.7→65.275 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2000 2.27 %
Rwork0.1985 --
obs0.1988 87922 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.09 Å2 / Biso mean: 26.353 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→65.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3794 0 132 736 4662
Biso mean--27.33 35.53 -
残基数----470
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7001-1.74260.32331400.32016086
1.7426-1.78970.30051450.29976077
1.7897-1.84240.29491410.27326098
1.8424-1.90180.26581400.2566095
1.9018-1.96980.28751430.24986101
1.9698-2.04870.22511450.22616113
2.0487-2.14190.23761410.20516110
2.1419-2.25490.22451400.20146088
2.2549-2.39620.2261430.19536144
2.3962-2.58120.2441440.19126147
2.5812-2.84090.2311430.19446114
2.8409-3.2520.19551410.17966172
3.252-4.09710.17831440.15946209
4.0971-65.2750.16221500.17176368
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54010.2025-0.24180.6977-0.32320.7509-0.02630.0209-0.02490.03030.0391-0.00330.07170.0321-0.01780.18350.0011-0.00740.0788-0.01080.1074-61.870312.766231.7318
21.83040.1306-0.32451.945-1.44313.9050.0540.25690.2015-0.3250.02170.1587-0.0657-0.1384-0.07360.25460.05990.00140.10540.0240.1757-75.769925.264231.0761
30.65210.1974-0.14550.659-0.07750.7675-0.02130.0162-0.07910.03690.0092-0.08960.06360.09230.01380.1935-0.0013-0.01440.0769-0.00490.1172-50.700313.423226.2686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 231 )A32 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 232 through 272 )A232 - 272
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 273 through 501 )A273 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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