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Yorodumi- PDB-3cjq: Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in complex with di... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3cjq | ||||||
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Title | Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in complex with dimethylated ribosomal protein L11 in space group P212121 | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/Ribosomal protein / S-Adenosyl-L-Methionine dependent methyltransferase / post-translational modification / multi-specific trimethylation / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / Transferase-Ribosomal protein COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone methyltransferase activity / Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases / large ribosomal subunit rRNA binding / methylation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2008 Title: Multiple-Site Trimethylation of Ribosomal Protein L11 by the PrmA Methyltransferase. Authors: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3cjq.cif.gz | 230.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3cjq.ent.gz | 184.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3cjq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cjq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3cjrC 3cjsC 3cjtC 3egvC 2nxcS 2nxnS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Refine code: 4
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ADGBEH
#1: Protein | Mass: 27661.807 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: prmA / Plasmid: pET30b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) Star References: UniProt: Q84BQ9, Transferases; Transferring one-carbon groups; Methyltransferases #2: Protein | Mass: 15336.812 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: K39A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: rplK, rpl11 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) prmA::TC / References: UniProt: P36238 |
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-Non-polymers , 4 types, 249 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch under oil / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES, 10% w/v PEG8000, 8% v/v ethylene glycol, pH 7.5, microbatch under oil, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.9797 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2006 Details: Variable vertical and fixed horizontal slits. KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit ...Details: Variable vertical and fixed horizontal slits. KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source and ~6 m from sample position. Mirror system consisting of two vertically stacked, fused silica, spherical mirrors, to provide vertical focusing and harmonic rejection. One of the mirrors is rhodium coated and the other is uncoated. Located ~19.7 m from source. |
Radiation | Monochromator: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source ...Monochromator: KOHZU double crystal monochromator with a water-cooled flat first crystal and a sagittally focused second crystal positioned for a fixed exit beam condition. Located ~18 m from source and ~6 m from sample position. Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. obs: 45471 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / Num. unique all: 4188 / % possible all: 93.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entries 2NXC, 2NXN Resolution: 2.7→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 22.053 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.683 / ESU R Free: 0.345 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.02 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→29.09 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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