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- PDB-3bqr: Crystal structure of human death associated protein kinase 3 (DAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bqr
タイトルCrystal structure of human death associated protein kinase 3 (DAPK3) in complex with an imidazo-pyridazine ligand
要素Death-associated protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Death Associated Kinase / DAPK3 / ZIP kinase / ZIPK / DAP kinase 3 / DAP like kinase / Dlk / Structural Genomics Consortium / SGC / Apoptosis / ATP-binding / Chromatin regulator / Nucleotide-binding / Nucleus / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of cell motility / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic cell cycle / regulation of autophagy ...regulation of myosin II filament organization / leucine zipper domain binding / cAMP response element binding protein binding / regulation of smooth muscle contraction / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of cell motility / regulation of focal adhesion assembly / regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic cell cycle / regulation of autophagy / regulation of actin cytoskeleton organization / apoptotic signaling pathway / PML body / small GTPase binding / cellular response to type II interferon / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin organization / regulation of cell shape / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAPK3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...DAPK3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4RB / S-1,2-PROPANEDIOL / Death-associated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F. / Pike, A.C.W. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F. / Pike, A.C.W. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Death Associated Protein Kinase 3 (DAPK3) in Complex with an Imidazo-Pyridazine Ligand.
著者: Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Niesen, F. / Pike, A.C.W. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S.
履歴
登録2007年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1165
ポリマ－32,5451
非ポリマー5714
水5,477304
1
A: Death-associated protein kinase 3
ヘテロ分子

A: Death-associated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23210
ポリマ－65,0902
非ポリマー1,1418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.533, 83.533, 113.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Death-associated protein kinase 3 / DAP kinase 3 / DAP-like kinase / Dlk / ZIP-kinase


分子量: 32545.123 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain: Residues 9-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK3, ZIPK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(R3)
参照: UniProt: O43293, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-4RB / 4-(6-{[(1R)-1-(hydroxymethyl)propyl]amino}imidazo[1,2-b]pyridazin-3-yl)benzoic acid


分子量: 326.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O3
#3: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 25% 1,2-propanediol, 10% Glycerol, 0.1M Na/K phosphate pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98248 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98248 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.5 % / Av σ(I) over netI: 15.1 / 数: 330854 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 39150 / % possible obs: 94.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.775097.310.0321.0178.6
2.993.7790.910.0571.0228.7
2.612.9910010.0511.0259.7
2.382.6110010.0711.0029.6
2.22.3876.310.1081.0177.6
2.072.210010.1521.0289.1
1.972.0710010.2261.038.9
1.891.9784.710.4221.0095.8
1.811.8999.810.661.0428.5
1.751.8198.910.8941.0257.4
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 41297 / Num. obs: 39150 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique all: 3999 / Rsym value: 0.894 / Χ2: 1.025 / % possible all: 98.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.49 Å
Translation1.75 Å35.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YRP

1yrp


解像度: 1.75→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.2 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1965 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.181 39058 --
obs0.181 39058 94.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 40 304 2526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.9823102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4213.0013911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.745273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.37923.853109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41915429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8831518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.06431372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0083556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.45452227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3578933
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.70511874
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 146 -
Rwork0.247 2778 -
all-2924 -
obs--97.86 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.7805 Å / Origin y: 42.2295 Å / Origin z: 28.5283 Å
111213212223313233
T-0.0297 Å20.0104 Å2-0.0115 Å2--0.0882 Å20.0152 Å2---0.0832 Å2
L0.9252 °2-0.0084 °2-0.1964 °2-0.5211 °20.0258 °2--0.5451 °2
S-0.0316 Å °-0.0138 Å °0.0342 Å °-0.049 Å °0.0104 Å °0.005 Å °0.0267 Å °-0.0193 Å °0.0212 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1721 - 166
2X-RAY DIFFRACTION1AA176 - 191170 - 185
3X-RAY DIFFRACTION1AA192 - 284186 - 278
4X-RAY DIFFRACTION1AB4011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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