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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3akm | ||||||
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タイトル | X-ray structure of iFABP from human and rat with bound fluorescent fatty acid analogue | ||||||
![]() | Fatty acid-binding protein, intestinal | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / ligand complex / fatty acid binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() intestinal lipid absorption / apical cortex / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / microvillus / fatty acid transport / fatty acid metabolic process / fatty acid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wielens, J. / Laguerre, A.J.K. / Parker, M.W. / Scanlon, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human and rat intestinal fatty acid binding proteins in complex with 11-(Dansylamino)undecanoic acid 著者: Laguerre, A.J.K. / Wielens, J. / Parker, M.W. / Porter, C.J. / Scanlon, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ifbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15098.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-11D / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30-34% w/v PEG 4000, 0.2M Magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: silicon 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50.8 Å / Num. all: 39532 / Num. obs: 39319 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5728 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3IFB 解像度: 1.9→33.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.53 Å2 / Biso mean: 21.477 Å2 / Biso min: 7.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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