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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3789 | |||||||||
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タイトル | TRIP18SN density map (Design of in vivo self-assembling coiled-coil protein origami) | |||||||||
マップデータ | TRIP18SN density map (Design of in vivo self-assembling coiled-coil protein origami) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Designed protein (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Melero R / Carazo JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2017 タイトル: Design of coiled-coil protein-origami cages that self-assemble in vitro and in vivo. 著者: Ajasja Ljubetič / Fabio Lapenta / Helena Gradišar / Igor Drobnak / Jana Aupič / Žiga Strmšek / Duško Lainšček / Iva Hafner-Bratkovič / Andreja Majerle / Nuša Krivec / Mojca Benčina ...著者: Ajasja Ljubetič / Fabio Lapenta / Helena Gradišar / Igor Drobnak / Jana Aupič / Žiga Strmšek / Duško Lainšček / Iva Hafner-Bratkovič / Andreja Majerle / Nuša Krivec / Mojca Benčina / Tomaž Pisanski / Tanja Ćirković Veličković / Adam Round / José María Carazo / Roberto Melero / Roman Jerala / 要旨: Polypeptides and polynucleotides are natural programmable biopolymers that can self-assemble into complex tertiary structures. We describe a system analogous to designed DNA nanostructures in which ...Polypeptides and polynucleotides are natural programmable biopolymers that can self-assemble into complex tertiary structures. We describe a system analogous to designed DNA nanostructures in which protein coiled-coil (CC) dimers serve as building blocks for modular de novo design of polyhedral protein cages that efficiently self-assemble in vitro and in vivo. We produced and characterized >20 single-chain protein cages in three shapes-tetrahedron, four-sided pyramid, and triangular prism-with the largest containing >700 amino-acid residues and measuring 11 nm in diameter. Their stability and folding kinetics were similar to those of natural proteins. Solution small-angle X-ray scattering (SAXS), electron microscopy (EM), and biophysical analysis confirmed agreement of the expressed structures with the designs. We also demonstrated self-assembly of a tetrahedral structure in bacteria, mammalian cells, and mice without evidence of inflammation. A semi-automated computational design platform and a toolbox of CC building modules are provided to enable the design of protein cages in any polyhedral shape. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3789.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3789-v30.xml emd-3789.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3789.png | 36.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3789.cif.gz | 3.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3789 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3789_validation.pdf.gz | 377.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3789_full_validation.pdf.gz | 377.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3789_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_3789_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3789 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TRIP18SN density map (Design of in vivo self-assembling coiled-coil protein origami) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRIP18SN
全体 | 名称: TRIP18SN |
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要素 |
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-超分子 #1: TRIP18SN
超分子 | 名称: TRIP18SN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Coiled coil single chain protein origami triangular prism composed of soluble dimeric coiled coil segments. |
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由来(天然) | 生物種: Designed protein (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate 詳細: Samples were applied to glow discharged carbon-coated copper grids, washed quickly with distilled water and negatively stained with 2% (w/v) uranyl acetate. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1230 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 15.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: Xmipp, RELION) / 使用した粒子像数: 15145 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |