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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30142 | |||||||||
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タイトル | phage t7 capsid-II | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia phage T7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen WY / Xiao H | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020 タイトル: Structural changes of a bacteriophage upon DNA packaging and maturation. 著者: Wenyuan Chen / Hao Xiao / Xurong Wang / Shuanglin Song / Zhen Han / Xiaowu Li / Fan Yang / Li Wang / Jingdong Song / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30142.map.gz | 555.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30142-v30.xml emd-30142.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30142.png | 174.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30142 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30142_validation.pdf.gz | 399.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30142_full_validation.pdf.gz | 399.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30142_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30142 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30142 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : phage t7 capsid-II
全体 | 名称: phage t7 capsid-II |
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要素 |
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-超分子 #1: phage t7 capsid-II
超分子 | 名称: phage t7 capsid-II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage T7 (ファージ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: BL21 |
-分子 #1: bacteriophage T7 capsid II
分子 | 名称: bacteriophage T7 capsid II / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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配列 | 文字列: MASMTGGQQM GTNQGKGVVA AGDKLALFLK VFGGEVLTAF ARTSVTTSRH MVRSISSGKS AQFPVLGRTQ AAYLAPGENL DDKRKDIKHT EKVITIDGLL TADVLIYDIE DAMNHYDVRS EYTSQLGESL AMAADGAVLA EIAGLCNVES KYNENIEGLG TATVIETTQN ...文字列: MASMTGGQQM GTNQGKGVVA AGDKLALFLK VFGGEVLTAF ARTSVTTSRH MVRSISSGKS AQFPVLGRTQ AAYLAPGENL DDKRKDIKHT EKVITIDGLL TADVLIYDIE DAMNHYDVRS EYTSQLGESL AMAADGAVLA EIAGLCNVES KYNENIEGLG TATVIETTQN KAALTDQVAL GKEIIAALTK ARAALTKNYV PAADRVFYCD PDSYSAILAA LMPNAANYAA LIDPEKGSIR NVMGFEVVEV PHLTAGGAGT AREGTTGQKH VFPANKGEGN VKVAKDNVIG LFMHRSAVGT VKLRDLALER ARRANFQADQ IIAKYAMGHG GLRPEAAGAV VFKVE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84318 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |