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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ynj | ||||||
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タイトル | GroEL at sub-nanometer resolution by Constrained Single Particle Tomography | ||||||
要素 | 60 KDA CHAPERONIN | ||||||
キーワード | CHAPERONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI UTI89 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | ||||||
データ登録者 | Bartesaghi, A. / Lecumberry, F. / Sapiro, G. / Subramaniam, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Protein secondary structure determination by constrained single-particle cryo-electron tomography. 著者: Alberto Bartesaghi / Federico Lecumberry / Guillermo Sapiro / Sriram Subramaniam / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is a powerful technique for 3D structure determination of protein complexes by averaging information from individual molecular images. The resolutions that can be ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) is a powerful technique for 3D structure determination of protein complexes by averaging information from individual molecular images. The resolutions that can be achieved with single-particle cryo-EM are frequently limited by inaccuracies in assigning molecular orientations based solely on 2D projection images. Tomographic data collection schemes, however, provide powerful constraints that can be used to more accurately determine molecular orientations necessary for 3D reconstruction. Here, we propose "constrained single-particle tomography" as a general strategy for 3D structure determination in cryo-EM. A key component of our approach is the effective use of images recorded in tilt series to extract high-resolution information and correct for the contrast transfer function. By incorporating geometric constraints into the refinement to improve orientational accuracy of images, we reduce model bias and overrefinement artifacts and demonstrate that protein structures can be determined at resolutions of ∼8 Å starting from low-dose tomographic tilt series. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ynj.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ynj.ent.gz | 922.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ynj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ynj_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ynj_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2ynj_validation.xml.gz | 180.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ynj_validation.cif.gz | 267.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55220.105 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI UTI89 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R3B6 #2: 化合物 | ChemComp-AGS / #3: 化合物 | ChemComp-TL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GROEL / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年10月7日 詳細: THE TOTAL DOSE OF 25 (ELECTRONS PER SQUARE ANGSTROM) WAS FRACTIONATED EVENLY ACROSS 11 TILTED PROJECTIONS TAKEN BETWEEN 0 AND -20 DEGREES TILT (EVERY 2 DEGREES). |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 80 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 47000 X / 倍率(補正後): 47000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 温度: 80 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: -20 ° |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD |
画像スキャン | デジタル画像の数: 1595 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: DEFOCUS VALUES WERE ASSIGNED TO EACH PARTICLE PROJECTION BASED ON THE DEFOCUS AT THE UNTILTED PLANE OF EACH TILT- SERIES AND A CORRECTION ACCORDING TO THE RELATIVE HEIGHT OF EACH PARTICLE. TO THIS PLANE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: CONSTRAINED SINGLE PARTICLE TOMOGRAPHY / 解像度: 8.4 Å / 粒子像の数: 10000 / ピクセルサイズ(公称値): 1.74 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.74 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2221. (DEPOSITION ID: 11174). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3.0E+76 / Accession code: 3.0E+76 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.4 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8.4 Å
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