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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2voy | ||||||
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タイトル | CryoEM model of CopA, the copper transporting ATPase from Archaeoglobus fulgidus | ||||||
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![]() | HYDROLASE / HYDROLASEP-TYPE ATPASE / CRYO-EM / HELICAL RECONSTRUCTION / MEMBRANE PROTEIN / COPPER TRANSPORTER / METAL BINDING DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() P-type divalent copper transporter activity / positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import ...P-type divalent copper transporter activity / positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / copper ion homeostasis / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / intracellular copper ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / copper ion binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18 Å | ||||||
![]() | Wu, C.-C. / Rice, W.J. / Stokes, D.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a copper pump suggests a regulatory role for its metal-binding domain. 著者: Chen-Chou Wu / William J Rice / David L Stokes / ![]() 要旨: P-type ATPases play an important role in Cu homeostasis, which provides sufficient Cu for metalloenzyme biosynthesis but prevents oxidative damage of free Cu to the cell. The P(IB) group of P-type ...P-type ATPases play an important role in Cu homeostasis, which provides sufficient Cu for metalloenzyme biosynthesis but prevents oxidative damage of free Cu to the cell. The P(IB) group of P-type ATPases includes ATP-dependent pumps of Cu and other transition metal ions, and it is distinguished from other family members by the presence of N-terminal metal-binding domains (MBD). We have determined structures of two constructs of a Cu pump from Archaeoglobus fulgidus (CopA) by cryoelectron microscopy of tubular crystals, which reveal the overall architecture and domain organization of the molecule. By comparing these structures, we localized its N-terminal MBD within the cytoplasmic domains that use ATP hydrolysis to drive the transport cycle. We have built a pseudoatomic model by fitting existing crystallographic structures into the cryoelectron microscopy maps for CopA, which suggest a Cu-dependent regulatory role for the MBD. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 8799.966 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 72-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE ... , 8種, 8分子 BCDEGHKL
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4832.592 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 36-77 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2514.160 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 967-988 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2479.875 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 832-854 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3312.832 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 86-115 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4097.731 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 243-278 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5093.216 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 289-336 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3624.217 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 749-780 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2224.596 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 789-809 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-CATION-TRANSPORTING ... , 3種, 3分子 FIJ
#6: タンパク質 | 分子量: 11832.712 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 214-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 13783.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 12705.334 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 432-549 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-詳細
配列の詳細 | EM MAP TO WHICH THIS SEQUENCE WAS MODELED PDB ENTRIES USED TO MODEL CHAIN A: 1JWW PDB ENTRIES USED ...EM MAP TO WHICH THIS SEQUENCE WAS MODELED PDB ENTRIES USED TO MODEL CHAIN A: 1JWW PDB ENTRIES USED TO MODEL CHAINS B, C, D, E, G, H, K, L: 1WPG PDB ENTRIES USED TO MODEL CHAIN F: 2HC8 PDB ENTRIES USED TO MODEL CHAINS I, J: 2B8E |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: COPA DELTA C, DELTA N DELTA C / タイプ: COMPLEX 詳細: MICROGRAPHS SCANNED AT 14 MICRON INTERVAL USING ZEISS- SCAI SCANNER |
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緩衝液 | 名称: 50 MM MES PH 6.1 25 MM NA2SO4 25 MM K2SO4 10 MM MGSO4 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL 0.2 MM BCDS pH: 6.1 詳細: 50 MM MES PH 6.1 25 MM NA2SO4 25 MM K2SO4 10 MM MGSO4 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL 0.2 MM BCDS |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE. SAMPLES FROZEN IN COLD ROOM |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG/ST / 詳細: FIELD EMISSION GUN |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 51300 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 24 |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: Custom / カテゴリ: 3次元再構成 / 詳細: HELICAL SOFTWARE FROM NIGEL UNWIN | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: INDIVIDUAL TUBES | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: TUBES DIVIDED INTO THIRDS, QUARTERS, OR FIFTHS AND CORRECTED FOR IN-PLACE ROTATION, OUT-OF-PLANE TILT, Z-SHIFT, ROTATION ABOUT Z-AXIS 解像度: 18 Å / ピクセルサイズ(公称値): 2 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2 Å 詳細: ALL AVERAGING DONE IN FOURIER SPACE. ALL TUBES AVERAGED HAD IDENTICAL HELICAL SYMMETRY 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--MANUAL REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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