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Yorodumi- PDB-6whp: Structure of Choline kinase from Cryptococcus neoformans var. gru... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6whp | ||||||
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Title | Structure of Choline kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A | ||||||
Components | Choline kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Choline kinase / Cryptococcus neoformans / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Choline/ethanolamine kinase / kinase activity / Protein kinase-like domain superfamily / Choline kinase Function and homology information | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Structure of Choline kinase from Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A Authors: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6whp.cif.gz | 222.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6whp.ent.gz | 148.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6whp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6whp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6whp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50158.512 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: CrneC.00459.a.B2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (strain H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487) (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_04408 / Plasmid: CrneC.00459.a.B2 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J9VWY8 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Microlytic/Anatrace MCSG-1 screen, condition D7: 100mM sodium citrate tribasic / citric acid pH 5.5, 20% (w/V) PEG 3350: CrneC.00459.a.B2.PW38290 at 21.6mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 293589d7, puck hek5-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 23840 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 6.429 % / Biso Wilson estimate: 50.374 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 24.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: top 10 hits from hhpred search: 3MES_B, 3FEG_A, 5FTG_A, 3C5I_D, 4DA5_A, 1NW1_A, 2QG7_D, 4R78_A, 3DXQ_A, 2PPQ_A Resolution: 2.25→40.98 Å / SU ML: 0.2674 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 23.7314 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→40.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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