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- PDB-2wd1: Human c-Met Kinase in complex with azaindole inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wd1
タイトルHuman c-Met Kinase in complex with azaindole inhibitor
要素HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR
キーワードTRANSFERASE / HUMAN KINASE / C-MET / AZAINDOLE / INHIBITOR / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / TYROSINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development ...hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MET activates RAS signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / basal plasma membrane / molecular function activator activity / negative regulation of autophagy / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / excitatory postsynaptic potential / receptor protein-tyrosine kinase / Negative regulation of MET activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / neuron differentiation / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell surface receptor signaling pathway / signaling receptor complex / postsynapse / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Plexin repeat / Plexin repeat / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / Plexin repeat / Plexin repeat / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-BUTYROLACTONE / Chem-ZZY / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Porter, J. / Lumb, S. / Franklin, R.J. / Gascon-Simorte, J.M. / Calmiano, M. / Le Riche, K. / Lallemand, B. / Keyaerts, J. / Edwards, H. / Maloney, A. ...Porter, J. / Lumb, S. / Franklin, R.J. / Gascon-Simorte, J.M. / Calmiano, M. / Le Riche, K. / Lallemand, B. / Keyaerts, J. / Edwards, H. / Maloney, A. / Delgado, J. / King, L. / Foley, A. / Lecomte, F. / Reuberson, J. / Meier, C. / Batchelor, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Discovery of 4-Azaindoles as Novel Inhibitors of C- met Kinase.
著者: Porter, J. / Lumb, S. / Franklin, R.J. / Gascon-Simorte, J.M. / Calmiano, M. / Riche, K.L. / Lallemand, B. / Keyaerts, J. / Edwards, H. / Maloney, A. / Delgado, J. / King, L. / Foley, A. / ...著者: Porter, J. / Lumb, S. / Franklin, R.J. / Gascon-Simorte, J.M. / Calmiano, M. / Riche, K.L. / Lallemand, B. / Keyaerts, J. / Edwards, H. / Maloney, A. / Delgado, J. / King, L. / Foley, A. / Lecomte, F. / Reuberson, J. / Meier, C. / Batchelor, M.
履歴
登録2009年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5674
ポリマ－33,0481
非ポリマー5183
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.411, 42.312, 84.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR / SCATTER FACTOR RECEPTOR / HGF/SF RECEPTOR / MET PROTO-ONCOGENE TYROSINE KINASE / C-MET


分子量: 33048.426 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1055-1346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZZY / 1-[(2-NITROPHENYL)SULFONYL]-1H-PYRROLO[3,2-B]PYRIDINE-6-CARBOXAMIDE


分子量: 346.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10N4O5S
#3: 化合物 ChemComp-GBL / GAMMA-BUTYROLACTONE / DIHYDROFURAN-2(3H)-ONE


分子量: 86.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONFLICT DESCRIBED IN THE SEQADV RECORDS BELOW IS ANNOTATED IN THE UNIPROT DATABASE AND HAS ...THE CONFLICT DESCRIBED IN THE SEQADV RECORDS BELOW IS ANNOTATED IN THE UNIPROT DATABASE AND HAS BEEN DESCRIBED IN PUBMED ID: 12853948 AND 3325883.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.37 Å / Num. obs: 18000 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.22 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 6.152 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 774 4.3 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 17224 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.436 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 36 71 2410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.9763270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77935098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9255295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67523.16398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11115405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6951513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.22163
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.39921902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.542596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.89732382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.07941116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0646888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 55 -
Rwork0.271 1243 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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