+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25786 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Refined capsid structure of human adenovirus D26 at 3.4 A resolution | |||||||||
マップデータ | Cropped version of the original cryo-EM map 928x928x928 pixels. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Human Adenovirus D26 HAdV-D26 Ad26 Hexon Penton base IX / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell ...hexon binding / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Reddy VS / Yu X | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of human adenovirus D26 reveals the conservation of structural organization among human adenoviruses. 著者: Xiaodi Yu / David Veesler / Melody G Campbell / Mary E Barry / Francisco J Asturias / Michael A Barry / Vijay S Reddy / 要旨: Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 ...Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 (HAdV-C5), human adenovirus D26 (HAdV-D26) belongs to species-D HAdVs, which target different cellular receptors, and is differentially recognized by immune surveillance mechanisms. HAdV-D26 is being championed as a lower seroprevalent vaccine and oncolytic vector in preclinical and human clinical studies. To understand the molecular basis for their distinct biological properties and independently validate the structures of minor proteins, we determined the first structure of species-D HAdV at 3.7 Å resolution by cryo-electron microscopy. All the hexon hypervariable regions (HVRs), including HVR1, have been identified and exhibit a distinct organization compared to those of HAdV-C5. Despite the differences in the arrangement of helices in the coiled-coil structures, protein IX molecules form a continuous hexagonal network on the capsid exterior. In addition to the structurally conserved region (3 to 300) of IIIa, we identified an extra helical domain comprising residues 314 to 390 that further stabilizes the vertex region. Multiple (two to three) copies of the cleaved amino-terminal fragment of protein VI (pVIn) are observed in each hexon cavity, suggesting that there could be ≥480 copies of VI present in HAdV-D26. In addition, a localized asymmetric reconstruction of the vertex region provides new details of the three-pronged "claw hold" of the trimeric fiber and its interactions with the penton base. These observations resolve the previous conflicting assignments of the minor proteins and suggest the likely conservation of their organization across different HAdVs. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25786.map.gz | 2 GB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-25786-v30.xml emd-25786.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25786_fsc.xml | 33.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25786.png | 242.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-25786.cif.gz | 7.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25786 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25786 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25786_validation.pdf.gz | 815.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_25786_full_validation.pdf.gz | 815.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25786_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25786_validation.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25786 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25786 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cropped version of the original cryo-EM map 928x928x928 pixels. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus 26
全体 | 名称: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human adenovirus 26
超分子 | 名称: Human adenovirus 26 / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Adenovirus |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
-分子 #1: Hexon protein
分子 | 名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 107.218703 KDa |
配列 | 文字列: MATPSMMPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREATTYLY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNPSQWETKE KQGTTGGVQQ EKDVTKTFGV A ATGGINIT ...文字列: MATPSMMPQW AYMHIAGQDA SEYLSPGLVQ FARATDTYFS LGNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFVP VDREATTYLY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPSFKPYSGT AYNSLAPKGA PNPSQWETKE KQGTTGGVQQ EKDVTKTFGV A ATGGINIT NQGLLLGTDE TAENGKKDIY ADKTFQPEPQ VGEENWQENE AFYGGRALKK DTKMKPCYGS FARPTNEKGG QA KFKPVNE GEQPKDLDID FAYFDVPGGS PPAGGSGEEY KADIILYTEN VNLETPDTHV VYKPGTSDNS SEINLVQQSM PNR PNYIGF RDNFVGLMYY NSTGNMGVLA GQASQLNAVV DLQDRNTELS YQLLLDSLGD RTRYFSMWNS AVDSYDPDVR IIEN HGVED ELPNYCFPLN GTGTNSTYQG VKITNGNDGA EESEWEKDDA ISRQNQICKG NVYAMEINLQ ANLWKSFLYS NVALY LPDS YKYTPANVKL PANTNTYEYM NGRVVAPSLV DAYINIGARW SLDPMDNVNP FNHPRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMIL QSSLGNDLRV DGASVRFDSV NLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTHD QS FNDYLSAANM LYPIPAKATN VPISIPSRNW AAFRGWSFTR LKTKETPSLG SGFDPYFVYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V SIMFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML SHYNIGYQGF HVPEGYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDEIN YKDYKAVTLP FQHNNSGFTG YLAPTMRQGQ PYPANFPYPL IGQTAVPSVT QKKFLCDRVM WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNMLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYLL FEVFDVVRVH QPHRGVIEAV YLRTPFSAGN ATT UniProtKB: Hexon protein |
-分子 #2: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 58.647703 KDa |
配列 | 文字列: MRRAVVSSSP PPSYESVMAQ ATLEVPFVPP RYMAPTEGRN SIRYSELAPQ YDTTRVYLVD NKSADIASLN YQNDHSNFLT TVVQNNDFT PAEASTQTIN FDERSRWGGD LKTILHTNMP NVNEYMFTSK FKARVMVSRK HPEGVVETDL SQDKLEYEWF E FTLPEGNF ...文字列: MRRAVVSSSP PPSYESVMAQ ATLEVPFVPP RYMAPTEGRN SIRYSELAPQ YDTTRVYLVD NKSADIASLN YQNDHSNFLT TVVQNNDFT PAEASTQTIN FDERSRWGGD LKTILHTNMP NVNEYMFTSK FKARVMVSRK HPEGVVETDL SQDKLEYEWF E FTLPEGNF SETMTIDLMN NAILENYLQV GRQNGVLESD IGVKFDSRNF KLGWDPVTKL VMPGVYTYEA FHPDVVLLPG CG VDFTESR LSNLLGIRKK QPFQEGFRIM YEDLEGGNIP ALLDVPKYLE SKKKVEDETK NAAAATADTT TRGDTFATPA QET AADKKV EVLPIEKDES GRSYNLIQGT HDTLYRSWYL SYTYGDPEKG VQSWTLLTTP DVTCGAEQVY WSLPDLMQDP VTFR STQQV SNYPVVGAEL MPFRAKSFYN DLAVYSQLIR SYTSLTHVFN RFPDNQILCR PPAPTITTVS ENVPALTDHG TLPLR SSIR GVQRVTVTDA RRRTCPYVYK ALGIVAPRVL SSRTF UniProtKB: Penton protein |
-分子 #3: Fiber
分子 | 名称: Fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 41.039184 KDa |
配列 | 文字列: MAKRLRVEDD FNPVYPYGYA RNQNIPFLTP PFVSSDGFKN FPPGVLSLKL ADPITINNGD VSLKVGGGLA VEQQTGNLSV NPDAPLQVA SDKLQLALAP PFEVRDGKLA LKAGNGLKVL DNSITGLTGL LNTLVVLTGR GIGTEELKND DGVTNKGVGL R VRLGDDGG ...文字列: MAKRLRVEDD FNPVYPYGYA RNQNIPFLTP PFVSSDGFKN FPPGVLSLKL ADPITINNGD VSLKVGGGLA VEQQTGNLSV NPDAPLQVA SDKLQLALAP PFEVRDGKLA LKAGNGLKVL DNSITGLTGL LNTLVVLTGR GIGTEELKND DGVTNKGVGL R VRLGDDGG LTFDKKGDLV AWNKKDDRRT LWTTPDTSPN CKMSTEKDSK LTLTLTKCGS QVLGNVSLLA VTGEYHQMTA TT KKDVKIS LLFDENGILL PSSSLSKDYW NYRSDDSIVS QKYNNAVPFM PNLTAYPKPS AQNAKNYSRT KIISNVYLGA LTY QPVIIT IAFNQETENG CAYSITFTFT WQKDYSAQQF DVTSFTFSYL TQENKDKD UniProtKB: Fiber |
-分子 #4: Pre-hexon-linking protein IIIa
分子 | 名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 62.201371 KDa |
配列 | 文字列: MSQQAPDPAI RAALQSQPSG LASDDWEAAM QRIMALTTRN PESFRQQPQA NRLSAILEAV VPSRTNPTHE KVLAIVNALA ENKAIRPDE AGLVYNALLE RVGRYNSTNV QSNLDRLVTD VREAVAQRER FKNEGLGSLV ALNAFLATQP ANVPRGQDDY T NFISALRL ...文字列: MSQQAPDPAI RAALQSQPSG LASDDWEAAM QRIMALTTRN PESFRQQPQA NRLSAILEAV VPSRTNPTHE KVLAIVNALA ENKAIRPDE AGLVYNALLE RVGRYNSTNV QSNLDRLVTD VREAVAQRER FKNEGLGSLV ALNAFLATQP ANVPRGQDDY T NFISALRL MVTEVPQSEV YQSGPDYFFQ TSRQGLQTVN LSQAFKNLRG LWGVQAPVGD RSTVSSLLTP NSRLLLLLIA PF TDSGSVN RNSYLGHLLT LYREAIGQAQ VDEQTFQEIT SVSRALGQND TDSLRATLNF LLTNRQQKIP AQYALSAEEE RIL RYVQQS VGLFLMQEGA TPSAALDMTA RNMEPSMYAA NRPFINKLMD YLHRAAAMNT DYFTNAILNP HWLPPPGFYT GEYD MPDPN DGFLWDDVDS AVFSPTFQKR QEAPPSEGAV GRSPFPSLGS LHSLPGSVNS GRVSRPRLLG EDEYLNDSLL QPPRA KNAM ANNGIESLVD KLNRWKTYAQ DHRDAPAPRR QRHDRQRGLV WDDEDSADDS SVLDLGGSGG VNPFAHLQPK LGRRMF UniProtKB: Pre-hexon-linking protein IIIa |
-分子 #5: PIX
分子 | 名称: PIX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 13.800377 KDa |
配列 | 文字列: MNGTGGAFEG GLFSPYLTTR LPGWAGVRQN VMGSTVDGRP VLPANSSTMT YATVGNSSLD STAAAAAAAA AMTATRLASS YMPSSGSSP SVPSSIIAEE KLLALLAELE ALSRQLAALT QQVSELREQQ QQQNK UniProtKB: Hexon-interlacing protein |
-分子 #6: PVIII
分子 | 名称: PVIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.633643 KDa |
配列 | 文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRSH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY ...文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGASQDYSTR MNWLSAGPSM ISRVNGVRSH RNQILLEQAA VTSTPRAKLN PRNWPSTLVY QEIPGPTTV LLPRDALAEV RMTNSGVQLA GGASRCPLRP QSGIKTLVIR GRGTQLNDEL VSSSIGLRPD GVFQLAGAGR S SFTPNQAY LTLQSSSSEP RSGGIGTLQF VEEFVPSVYF NPFSGSPGLY PDEFIPNFDA VREAVDGYD UniProtKB: Pre-hexon-linking protein VIII |
-分子 #7: Pre-protein VI
分子 | 名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.546086 KDa |
配列 | 文字列: MEDINFASLA PRHGTRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFNWSSV WSGLKNFGST LRTYGNKAWN SSTGQLLREK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAV QREINSRLDP RPPTVVEMED ATLPPPKGEK RPRPDAEETI LQVDEPPSYE EAVKAGMPTT R IIAPLATG ...文字列: MEDINFASLA PRHGTRPFMG TWNEIGTSQL NGGAFNWSSV WSGLKNFGST LRTYGNKAWN SSTGQLLREK LKDQNFQQKV VDGLASGIN GVVDIANQAV QREINSRLDP RPPTVVEMED ATLPPPKGEK RPRPDAEETI LQVDEPPSYE EAVKAGMPTT R IIAPLATG VMKPATLDLP PPPAPAPPKA TPVVQAPPVA TAVRRVPARR QAQNWQSTLH SIVGLGVKSL KRRRCY UniProtKB: Pre-protein VI |
-分子 #8: Unknown fragment
分子 | 名称: Unknown fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.294587 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8.1 / 構成要素 - 濃度: 40.0 mM / 構成要素 - 式: Tris / 構成要素 - 名称: Tris / 詳細: 40 mM Tris pH 8.1 300 mM NaCl 10 mM CaCl2 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging. |
詳細 | Gradient purified virus |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |