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万見
- EMDB-24625: Archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with end-j... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24625
タイトルArchaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with end-joined DNA
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and end-joined DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp 3
    • DNA: End-joined DNA
    • DNA: Template strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA ligase
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードDNA ligase / PCNA / cryo-EM / LIGASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / lagging strand elongation / DNA biosynthetic process / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA recombination / cell division ...DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA ligation / lagging strand elongation / DNA biosynthetic process / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA recombination / cell division / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / : / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region ...DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / : / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 3 / DNA polymerase sliding clamp 1 / DNA polymerase sliding clamp 2 / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Sverzhinsky A / Pascal JM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2015-05776 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA92584 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures and biochemical insights into heterotrimeric PCNA regulation of DNA ligase.
著者: Aleksandr Sverzhinsky / Alan E Tomkinson / John M Pascal /
要旨: DNA ligases act in the final step of many DNA repair pathways and are commonly regulated by the DNA sliding clamp proliferating cell nuclear antigen (PCNA), but there are limited insights into the ...DNA ligases act in the final step of many DNA repair pathways and are commonly regulated by the DNA sliding clamp proliferating cell nuclear antigen (PCNA), but there are limited insights into the physical basis for this regulation. Here, we use single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) to analyze an archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with a single-strand DNA break. The cryo-EM structures highlight a continuous DNA-binding surface formed between DNA ligase and PCNA that supports the distorted conformation of the DNA break undergoing repair and contributes to PCNA stimulation of DNA ligation. DNA ligase is conformationally flexible within the complex, with its domains fully ordered only when encircling the repaired DNA to form a stacked ring structure with PCNA. The structures highlight DNA ligase structural transitions while docked on PCNA, changes in DNA conformation during ligation, and the potential for DNA ligase domains to regulate PCNA accessibility to other repair factors.
履歴
登録2021年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0691
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0691
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rpx
  • 表面レベル: 0.0691
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 24.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 186 pix.
= 279. Å		1.5 Å/pix.
x 186 pix.
= 279. Å		1.5 Å/pix.
x 186 pix.
= 279. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0691 / ムービー #1: 0.0691
最小 - 最大-0.025438115 - 1.8002273
平均 (標準偏差)0.0015828998 (±0.02249158)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ186186186
Spacing186186186
セルA=B=C: 279.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z186186186
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.000279.000279.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS186186186
D min/max/mean-0.0251.8000.002

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_24625_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and end-joined DNA

全体名称: Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and end-joined DNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and end-joined DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp 3
    • DNA: End-joined DNA
    • DNA: Template strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA ligase
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and end-joined DNA

超分子名称: Ternary complex of DNA Ligase with PCNA1-2-3 and end-joined DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌)
分子量理論値: 175 KDa

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分子 #1: DNA polymerase sliding clamp 1

分子名称: DNA polymerase sliding clamp 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 28.711961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAFKIVYPNA KDFFSFINSI TNVTDSIILN FTEDGIFSRH LTEDKVLMAI MRIPKDVLSE YSIDSPTSVK LDVSSVKKIL SKASSKKAT IELTETDSGL KIIIRDEKSG AKSTIYIKAE KGQVEQLTEP KVNLAVNFTT DESVLNVIAA DVTLVGEEMR I STEEDKIK ...文字列:
MAFKIVYPNA KDFFSFINSI TNVTDSIILN FTEDGIFSRH LTEDKVLMAI MRIPKDVLSE YSIDSPTSVK LDVSSVKKIL SKASSKKAT IELTETDSGL KIIIRDEKSG AKSTIYIKAE KGQVEQLTEP KVNLAVNFTT DESVLNVIAA DVTLVGEEMR I STEEDKIK IEAGEEGKRY VAFLMKDKPL KELSIDTSAS SSYSAEMFKD AVKGLRGFSA PTMVSFGENL PMKIDVEAVS GG HMIFWIA PRLLEHHHHH H

UniProtKB: DNA polymerase sliding clamp 1

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分子 #2: DNA polymerase sliding clamp 2

分子名称: DNA polymerase sliding clamp 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 27.461084 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKAKVIDAVS FSYILRTVGD FLSEANFIVT KEGIRVSGID PSRVVFLDIF LPSSYFEGFE VSQEKEIIGF KLEDVNDILK RVLKDDTLI LSSNESKLTL TFDGEFTRSF ELPLIQVEST QPPSVNLEFP FKAQLLTITF ADIIDELSDL GEVLNIHSKE N KLYFEVIG ...文字列:
MKAKVIDAVS FSYILRTVGD FLSEANFIVT KEGIRVSGID PSRVVFLDIF LPSSYFEGFE VSQEKEIIGF KLEDVNDILK RVLKDDTLI LSSNESKLTL TFDGEFTRSF ELPLIQVEST QPPSVNLEFP FKAQLLTITF ADIIDELSDL GEVLNIHSKE N KLYFEVIG DLSTAKVELS TDNGTLLEAS GADVSSSYGM EYVANTTKMR RASDSMELYF GSQIPLKLRF KLPQEGYGDF YI APRAD

UniProtKB: DNA polymerase sliding clamp 2

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分子 #3: DNA polymerase sliding clamp 3

分子名称: DNA polymerase sliding clamp 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 28.560268 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKVVYDDVRV LKDIIQALAR LVDEAVLKFK QDSVELVALD RAHISLISVN LPREMFKEYD VNDEFKFGFN TQYLMKILKV AKRKEAIEI ASESPDSVII NIIGSTNREF NVRNLEVSEQ EIPEINLQFD ISATISSDGF KSAISEVSTV TDNVVVEGHE D RILIKAEG ...文字列:
MKVVYDDVRV LKDIIQALAR LVDEAVLKFK QDSVELVALD RAHISLISVN LPREMFKEYD VNDEFKFGFN TQYLMKILKV AKRKEAIEI ASESPDSVII NIIGSTNREF NVRNLEVSEQ EIPEINLQFD ISATISSDGF KSAISEVSTV TDNVVVEGHE D RILIKAEG ESEVEVEFSK DTGGLQDLEF SKESKNSYSA EYLDDVLSLT KLSDYVKISF GNQKPLQLFF NMEGGGKVTY LL APKVLEH HHHHH

UniProtKB: DNA polymerase sliding clamp 3

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分子 #6: DNA ligase

分子名称: DNA ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA ligase (ATP)
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2
分子量理論値: 69.998375 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKVIAEYF DKLEKISSRL QLTALLADLL SKSDKTIIDK VVYIIQGKLW PDFLGYPELG IGEKFLIKA ISIATNTDEN SVENLYKTIG DLGEVARRLK SKQQSTGILG FLGTTSKESL TVDEVYSTLS KVALTTGEGS R DLKIRLLA ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEFKVIAEYF DKLEKISSRL QLTALLADLL SKSDKTIIDK VVYIIQGKLW PDFLGYPELG IGEKFLIKA ISIATNTDEN SVENLYKTIG DLGEVARRLK SKQQSTGILG FLGTTSKESL TVDEVYSTLS KVALTTGEGS R DLKIRLLA GLLKKADPLE AKFLVRFVEG RLRVGIGDAT VLDAMAIAFG GGQSASEIIE RAYNLRADLG NIAKIIVEKG IE ALKTLKP QVGIPIRPML AERLSNPEEI LKKMGGNAIV DYKYDGERAQ IHKKEDKIFI FSRRLENITS QYPDVVDYVS KYI EGKEFI IEGEIVAIDP ESGEMRPFQE LMHRKRKSDI YEAIKEYPVN VFLFDLMYYE DVDYTTKPLE ARRKLLESIV KPND YVKIA HHIQANNVED LKSFFYRAIS EGGEGVMVKA IGKDAIYQAG ARGWLWIKLK RDYQSEMADT VDLVVVGGFY GKGKR GGKI SSLLMAAYNP KTDSFESVCK VASGFSDEQL DELQKKLMEI KRDVKHPRVN SKMEPDIWVE PVYVAEIIGS EITISP LHT CCQDVVEKDA GLSIRFPRFI RWRDDKSPED ATTTDEILEM YNKQPKKKIE SPAVDESV

UniProtKB: DNA ligase

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分子 #4: End-joined DNA

分子名称: End-joined DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.549299 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG) (DT) (DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)

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分子 #5: Template strand DNA

分子名称: Template strand DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.403264 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)

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分子 #7: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: wait time 0, blot force 1, blot time 1, drain time 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8060 / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 192490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2hix

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2hii

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1x9n

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1x9n

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1x9n

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7rpx:
Archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with end-joined DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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