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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23018 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike in complex with nanobodies E | |||||||||
マップデータ | Refinement map. Composite between local reconstruction and main map. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Hallberg BM / Das H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structure-guided multivalent nanobodies block SARS-CoV-2 infection and suppress mutational escape. 著者: Paul-Albert Koenig / Hrishikesh Das / Hejun Liu / Beate M Kümmerer / Florian N Gohr / Lea-Marie Jenster / Lisa D J Schiffelers / Yonas M Tesfamariam / Miki Uchima / Jennifer D Wuerth / Karl ...著者: Paul-Albert Koenig / Hrishikesh Das / Hejun Liu / Beate M Kümmerer / Florian N Gohr / Lea-Marie Jenster / Lisa D J Schiffelers / Yonas M Tesfamariam / Miki Uchima / Jennifer D Wuerth / Karl Gatterdam / Natalia Ruetalo / Maria H Christensen / Caroline I Fandrey / Sabine Normann / Jan M P Tödtmann / Steffen Pritzl / Leo Hanke / Jannik Boos / Meng Yuan / Xueyong Zhu / Jonathan L Schmid-Burgk / Hiroki Kato / Michael Schindler / Ian A Wilson / Matthias Geyer / Kerstin U Ludwig / B Martin Hällberg / Nicholas C Wu / Florian I Schmidt / 要旨: The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to spread, with devastating consequences. For passive immunization efforts, nanobodies have size and cost ...The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to spread, with devastating consequences. For passive immunization efforts, nanobodies have size and cost advantages over conventional antibodies. In this study, we generated four neutralizing nanobodies that target the receptor binding domain of the SARS-CoV-2 spike protein. We used x-ray crystallography and cryo-electron microscopy to define two distinct binding epitopes. On the basis of these structures, we engineered multivalent nanobodies with more than 100 times the neutralizing activity of monovalent nanobodies. Biparatopic nanobody fusions suppressed the emergence of escape mutants. Several nanobody constructs neutralized through receptor binding competition, whereas other monovalent and biparatopic nanobodies triggered aberrant activation of the spike fusion machinery. These premature conformational changes in the spike protein forestalled productive fusion and rendered the virions noninfectious. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23018.map.gz | 62.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23018-v30.xml emd-23018.xml | 24.3 KB 24.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23018_fsc.xml | 20.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23018.png | 42.9 KB | ||
その他 | emd_23018_additional_1.map.gz emd_23018_additional_2.map.gz emd_23018_half_map_1.map.gz emd_23018_half_map_2.map.gz | 763.5 MB 763.7 MB 765.7 MB 765.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23018 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23018_validation.pdf.gz | 844.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23018_full_validation.pdf.gz | 843.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23018_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23018_validation.cif.gz | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23018 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Refinement map. Composite between local reconstruction and main map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Half map 1 localised reconstruction
ファイル | emd_23018_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 localised reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 2 localised reconstruction
ファイル | emd_23018_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 localised reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 main molecule
ファイル | emd_23018_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 main molecule | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 main molecule
ファイル | emd_23018_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 main molecule | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex between SARS-CoV-2 and a neutralising nanobody E
全体 | 名称: Complex between SARS-CoV-2 and a neutralising nanobody E |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between SARS-CoV-2 and a neutralising nanobody E
超分子 | 名称: Complex between SARS-CoV-2 and a neutralising nanobody E タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 510 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: nanobody E
超分子 | 名称: nanobody E / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: Nanobody against SARS-CoV-2 glycoprotein
分子 | 名称: Nanobody against SARS-CoV-2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.607102 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVETGGG FVQPGGSLRL SCAASGVTLD YYAIGWFRQA PGKEREGVSC IGSSDGRTYY SDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKPE DTAVYYCALT VGTYYSGNYH YTCSDDMDYW GKGTQVTVSS GGLPETGGHH HHHH |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 51 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |