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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22367 | |||||||||
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タイトル | Human DPP9-CARD8 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CARD8 / DPP9 / inflammasome / Val-boroPro (VbP) / talabostat / innate immunity / IMMUNE SYSTEM / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CARD8 inflammasome complex assembly / CARD8 inflammasome complex / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / dipeptidyl-peptidase IV ...CARD8 inflammasome complex assembly / CARD8 inflammasome complex / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / self proteolysis / dipeptidyl-peptidase activity / Regulation of the apoptosome activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of interleukin-1 beta production / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aminopeptidase activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / antiviral innate immune response / serine-type peptidase activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / peptidase activity / regulation of apoptotic process / defense response to virus / microtubule / protein homodimerization activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharif H / Hollingsworth LR | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2021 タイトル: Dipeptidyl peptidase 9 sets a threshold for CARD8 inflammasome formation by sequestering its active C-terminal fragment. 著者: Humayun Sharif / L Robert Hollingsworth / Andrew R Griswold / Jeffrey C Hsiao / Qinghui Wang / Daniel A Bachovchin / Hao Wu / 要旨: CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) ...CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) and C-terminal (CT) fragments and binds the cellular dipeptidyl peptidases DPP8 and 9 (DPP8/9). Certain danger-associated signals, including the DPP8/9 inhibitor Val-boroPro (VbP) and HIV protease, induce proteasome-mediated NT degradation and thereby liberate the inflammasome-forming CT. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CARD8 bound to DPP9, revealing a repressive ternary complex consisting of DPP9, full-length CARD8, and CARD8-CT. Unlike NLRP1-CT, CARD8-CT does not interact with the DPP8/9 active site and is not directly displaced by VbP. However, larger DPP8/9 active-site probes can directly weaken this complex in vitro, and VbP itself nevertheless appears to disrupt this complex, perhaps indirectly, in cells. Thus, DPP8/9 inhibitors can activate the CARD8 inflammasome by promoting CARD8 NT degradation and by weakening ternary complex stability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22367.map.gz | 15.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22367-v30.xml emd-22367.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22367_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22367.png | 192.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22367.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22367 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22367 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22367_validation.pdf.gz | 380 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22367_full_validation.pdf.gz | 379.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22367_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22367_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22367 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22367 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7jkqMC 7jn7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10597 (タイトル: Human DPP9-CARD8 complex / Data size: 1.6 TB Data #1: Unaligned multi frame micographs of CARD8-DPP9-noTILT [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned multi frame micographs of CARD8-DPP9-apo-TILT [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DPP9-CARD8 complex
全体 | 名称: DPP9-CARD8 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: DPP9-CARD8 complex
超分子 | 名称: DPP9-CARD8 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Dipeptidyl peptidase 9
分子 | 名称: Dipeptidyl peptidase 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dipeptidyl-peptidase IV |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.38432 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MATTGTPTAD RGDAAATDDP AARFQVQKHS WDGLRSIIHG SRKYSGLIVN KAPHDFQFVQ KTDESGPHSH RLYYLGMPYG SRENSLLYS EIPKKVRKEA LLLLSWKQML DHFQATPHHG VYSREEELLR ERKRLGVFGI TSYDFHSESG LFLFQASNSL F HCRDGGKN ...文字列: MATTGTPTAD RGDAAATDDP AARFQVQKHS WDGLRSIIHG SRKYSGLIVN KAPHDFQFVQ KTDESGPHSH RLYYLGMPYG SRENSLLYS EIPKKVRKEA LLLLSWKQML DHFQATPHHG VYSREEELLR ERKRLGVFGI TSYDFHSESG LFLFQASNSL F HCRDGGKN GFMVSPMKPL EIKTQCSGPR MDPKICPADP AFFSFINNSD LWVANIETGE ERRLTFCHQG LSNVLDDPKS AG VATFVIQ EEFDRFTGYW WCPTASWEGS EGLKTLRILY EEVDESEVEV IHVPSPALEE RKTDSYRYPR TGSKNPKIAL KLA EFQTDS QGKIVSTQEK ELVQPFSSLF PKVEYIARAG WTRDGKYAWA MFLDRPQQWL QLVLLPPALF IPSTENEEQR LASA RAVPR NVQPYVVYEE VTNVWINVHD IFYPFPQSEG EDELCFLRAN ECKTGFCHLY KVTAVLKSQG YDWSEPFSPG EDEFK CPIK EEIALTSGEW EVLARHGSKI WVNEETKLVY FQGTKDTPLE HHLYVVSYEA AGEIVRLTTP GFSHSCSMSQ NFDMFV SHY SSVSTPPCVH VYKLSGPDDD PLHKQPRFWA SMMEAASCPP DYVPPEIFHF HTRSDVRLYG MIYKPHALQP GKKHPTV LF VYGGPQVQLV NNSFKGIKYL RLNTLASLGY AVVVIDGRGS CQRGLRFEGA LKNQMGQVEI EDQVEGLQFV AEKYGFID L SRVAIHGWSY GGFLSLMGLI HKPQVFKVAI AGAPVTVWMA YDTGYTERYM DVPENNQHGY EAGSVALHVE KLPNEPNRL LILHGFLDEN VHFFHTNFLV SQLIRAGKPY QLQIYPNERH SIRCPESGEH YEVTLLHFLQ EYL UniProtKB: Dipeptidyl peptidase 9 |
-分子 #2: Caspase recruitment domain-containing protein 8
分子 | 名称: Caspase recruitment domain-containing protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.716875 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEKKECPEKS SSSEEELPRR DSGSSRNIDA SKLIRLQGSR KLLVDNSIRE LQYTKTGIFF QAEACVTNDT VYRELPCVSE TLCDISHFF QEDDETEAEP LLFRAVPECQ LSGGDIPSVS EEQESSEGQD SGDICSEENQ IVSSYASKVC FEIEEDYKNR Q FLGPEGNV ...文字列: MEKKECPEKS SSSEEELPRR DSGSSRNIDA SKLIRLQGSR KLLVDNSIRE LQYTKTGIFF QAEACVTNDT VYRELPCVSE TLCDISHFF QEDDETEAEP LLFRAVPECQ LSGGDIPSVS EEQESSEGQD SGDICSEENQ IVSSYASKVC FEIEEDYKNR Q FLGPEGNV DVELIDKSTN RYSVWFPTAG WYLWSATGLG FLVRDEVTVT IAFGSWSQHL ALDLQHHEQW LVGGPLFDVT AE PEEAVAE IHLPHFISLQ AGEVDVSWFL VAHFKNEGMV LEHPARVEPF YAVLESPSFS LMGILLRIAS GTRLSIPITS NTL IYYHPH PEDIKFHLYL VPSDALLTKA IDDEEDRFHG VRLQTSPPME PLNFGSSYIV SNSANLKVMP KELKLSYRSP GEIQ HFSKF YAGQMKEPIQ LEITEKRHGT LVWDTEVKPV DLQLVAASAP PPFSGAAFVK ENHRQLQARM GDLKGVLDDL QDNEV LTEN EKELVEQEKT RQSKNEALLS MVEKKGDLAL DVLFRSISER DPYLVSYLRQ QNL UniProtKB: Caspase recruitment domain-containing protein 8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #0 - 撮影したグリッド数: 4 / #0 - 実像数: 3306 / #0 - 平均露光時間: 2.22 sec. / #0 - 平均電子線量: 58.5 e/Å2 / #0 - 詳細: stage tilt 0 degrees / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) #1 - 撮影したグリッド数: 4 / #1 - 実像数: 2488 / #1 - 平均露光時間: 2.25 sec. / #1 - 平均電子線量: 64.99 e/Å2 / #1 - 詳細: stage tilt 37 degrees |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 倍率(補正後): 10500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |