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万見
- PDB-5g5z: S.pneumoniae ABC-transporter substrate binding protein FusA in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g5z
タイトルS.pneumoniae ABC-transporter substrate binding protein FusA in complex with kestose
要素ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / FUSA / SUBSTRATE-BINDING-PROTEIN / ABC-TRANSPORTER / TRANSPORTER / FRUCTOOLIGOSACCHARIDES / KESTOSE / NYSTOSE / FRUCTO-NYSTOSE / CARBOHYDRATE / SUGAR / TRANSPORT / PNEUMONIAE
機能・相同性polysaccharide transport / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / metal ion binding / plasma membrane / 1-kestose / Fructooligosaccharide ABC transporter substrate-binding protein FusA
機能・相同性情報
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Culurgioni, S. / Harris, G. / Singh, A.K. / King, S.J. / Walsh, M.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Regulation and Specificity of Fructooligosaccharide Import in Streptococcus pneumoniae.
著者: Culurgioni, S. / Harris, G. / Singh, A.K. / King, S.J. / Walsh, M.A.
履歴
登録2016年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
B: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
C: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
D: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,32517
ポリマ－224,9474
非ポリマー2,37813
水20,8251156
1
B: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
C: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6428
ポリマ－112,4732
非ポリマー1,1696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-38.3 kcal/mol
Surface area38910 Å2
手法PISA
2
D: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

A: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6839
ポリマ－112,4732
非ポリマー1,2097
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-46.4 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
3
A: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子

D: ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6839
ポリマ－112,4732
非ポリマー1,2097
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-46.4 kcal/mol
Surface area39080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.610, 127.820, 120.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9744, -0.0118, -0.2243), (0.0177, -0.9995, -0.0243), (-0.2239, -0.0276, 0.9742)-66.7697, -81.0857, 51.9618
2given(-0.8008, 0.5989, 0.0075), (0.598, 0.7988, 0.066), (0.0335, 0.0574, -0.9978)-27.4891, 10.2604, -25.6826
3given(-0.7768, -0.6016, -0.1861), (0.5993, -0.797, 0.0748), (-0.1933, -0.0534, 0.9797)-50.4846, 3.8369, 24.4661

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要素

#1: タンパク質
ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE-BINDING PROTEIN / FUSA


分子量: 56236.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: A0A0H2URD6
#2: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / 1-kestose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: 1-kestose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][ha122h-2b_2-5]/1-2-2/a1-b2_b1-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細LACKING THE FIRST 46 N-TERMINAL RESIDUES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.76 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 20 % PEG6000, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.0, 0.02 M CALCIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→70.14 Å / Num. obs: 140542 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5G5Y

5g5y


解像度: 2.01→70.145 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 6931 4.9 %
Rwork0.1681 --
obs0.1707 140533 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→70.145 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15788 0 145 1156 17089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0222162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5095996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.132339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.03280.32642440.28474355X-RAY DIFFRACTION99
2.0328-2.05680.33112270.27944415X-RAY DIFFRACTION99
2.0568-2.08190.30022250.25974476X-RAY DIFFRACTION99
2.0819-2.10820.29892190.25474396X-RAY DIFFRACTION99
2.1082-2.13590.32512570.24644440X-RAY DIFFRACTION99
2.1359-2.16520.30882480.22924433X-RAY DIFFRACTION100
2.1652-2.19610.27442170.21944404X-RAY DIFFRACTION99
2.1961-2.22890.29422370.21134429X-RAY DIFFRACTION100
2.2289-2.26380.26072310.20914401X-RAY DIFFRACTION100
2.2638-2.30090.25832230.2014453X-RAY DIFFRACTION100
2.3009-2.34060.27952550.1994430X-RAY DIFFRACTION100
2.3406-2.38310.27142290.19364421X-RAY DIFFRACTION100
2.3831-2.4290.2492450.18614470X-RAY DIFFRACTION100
2.429-2.47850.24582210.18164451X-RAY DIFFRACTION100
2.4785-2.53240.24862190.18194450X-RAY DIFFRACTION100
2.5324-2.59130.23472170.17634457X-RAY DIFFRACTION100
2.5913-2.65610.21522140.17364489X-RAY DIFFRACTION100
2.6561-2.7280.24782300.16964465X-RAY DIFFRACTION100
2.728-2.80820.24632520.1684445X-RAY DIFFRACTION100
2.8082-2.89890.21852390.16934396X-RAY DIFFRACTION100
2.8989-3.00250.24922120.16114496X-RAY DIFFRACTION100
3.0025-3.12270.21582240.15184485X-RAY DIFFRACTION100
3.1227-3.26480.22012140.1544468X-RAY DIFFRACTION100
3.2648-3.4370.18832480.14264472X-RAY DIFFRACTION100
3.437-3.65230.19192200.13934500X-RAY DIFFRACTION100
3.6523-3.93430.1822330.13654468X-RAY DIFFRACTION100
3.9343-4.33010.17322360.13144482X-RAY DIFFRACTION100
4.3301-4.95660.1692080.13474512X-RAY DIFFRACTION100
4.9566-6.24410.21392610.16934474X-RAY DIFFRACTION100
6.2441-70.18760.21542260.17984569X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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