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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21617 | |||||||||
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タイトル | Structure of a substrate-bound DQC ubiquitin ligase | |||||||||
マップデータ | Unfiltered half-map from RELION auto-refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | ubiquitin / E3-ligase / multiprotein complex / substrate recognition / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / PcG protein complex / regulation of epidermal cell differentiation / cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling ...Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / F-box domain binding / PcG protein complex / regulation of epidermal cell differentiation / cullin-RING ubiquitin ligase complex / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / neural crest cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / entrainment of circadian clock by photoperiod / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / cullin family protein binding / centriolar satellite / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / cellular response to interleukin-4 / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / inclusion body / intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / regulation of autophagy / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / actin filament / Vpu mediated degradation of CD4 / animal organ morphogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / G1/S transition of mitotic cell cycle / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / disordered domain specific binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / KEAP1-NFE2L2 pathway / Circadian Clock / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / nervous system development / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / cell population proliferation / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Mena EL / Jevtic P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural basis for dimerization quality control. 著者: Elijah L Mena / Predrag Jevtić / Basil J Greber / Christine L Gee / Brandon G Lew / David Akopian / Eva Nogales / John Kuriyan / Michael Rape / 要旨: Most quality control pathways target misfolded proteins to prevent toxic aggregation and neurodegeneration. Dimerization quality control further improves proteostasis by eliminating complexes of ...Most quality control pathways target misfolded proteins to prevent toxic aggregation and neurodegeneration. Dimerization quality control further improves proteostasis by eliminating complexes of aberrant composition, but how it detects incorrect subunits remains unknown. Here we provide structural insight into target selection by SCF-FBXL17, a dimerization-quality-control E3 ligase that ubiquitylates and helps to degrade inactive heterodimers of BTB proteins while sparing functional homodimers. We find that SCF-FBXL17 disrupts aberrant BTB dimers that fail to stabilize an intermolecular β-sheet around a highly divergent β-strand of the BTB domain. Complex dissociation allows SCF-FBXL17 to wrap around a single BTB domain, resulting in robust ubiquitylation. SCF-FBXL17 therefore probes both shape and complementarity of BTB domains, a mechanism that is well suited to establish quality control of complex composition for recurrent interaction modules. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21617.map.gz | 5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21617-v30.xml emd-21617.xml | 26 KB 26 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21617.png | 91 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21617.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_21617_half_map_1.map.gz emd_21617_half_map_2.map.gz | 4 MB 4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21617 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21617_validation.pdf.gz | 617.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21617_full_validation.pdf.gz | 617.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21617_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21617_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21617 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21617 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map from RELION auto-refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Unfiltered half-map from RELION auto-refinement
ファイル | emd_21617_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map from RELION auto-refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half-map from RELION auto-refinement
ファイル | emd_21617_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half-map from RELION auto-refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CUL1-SKP1-FBXL17-KEAP1 complex
全体 | 名称: CUL1-SKP1-FBXL17-KEAP1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CUL1-SKP1-FBXL17-KEAP1 complex
超分子 | 名称: CUL1-SKP1-FBXL17-KEAP1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: S-phase kinase-associated protein 1
分子 | 名称: S-phase kinase-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.679965 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MPSIKLQSSD GEIFEVDVEI AKQSVTIKTM LEDLGMDDEG DDDPVPLPNV NAAILKKVIQ WCTHHKDDPP PPEDDENKEK RTDDIPVWD QEFLKVDQGT LFELILAANY LDIKGLLDVT CKTVANMIKG KTPEEIRKTF NIKNDFTEEE EAQVRKENQW C EEK UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1 |
-分子 #2: F-box/LRR-repeat protein 17
分子 | 名称: F-box/LRR-repeat protein 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.970043 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GEFMCHREPP PETPDINQLP PSILLKIFSN LSLDERCLSA SLVCKYWRDL CLDFQFWKQL DLSSRQQVTD ELLEKIASRS QNIIEINIS DCRSMSDNGV CVLAFKCPGL LRYTAYRCKQ LSDTSIIAVA SHCPLLQKVH VGNQDKLTDE GLKQLGSKCR E LKDIHFGQ ...文字列: GEFMCHREPP PETPDINQLP PSILLKIFSN LSLDERCLSA SLVCKYWRDL CLDFQFWKQL DLSSRQQVTD ELLEKIASRS QNIIEINIS DCRSMSDNGV CVLAFKCPGL LRYTAYRCKQ LSDTSIIAVA SHCPLLQKVH VGNQDKLTDE GLKQLGSKCR E LKDIHFGQ CYKISDEGMI VIAKGCLKLQ RIYMQENKLV TDQSVKAFAE HCPELQYVGF MGCSVTSKGV IHLTKLRNLS SL DLRHITE LDNETVMEIV KRCKNLSSLN LCLNWIINDR CVEVIAKEGQ NLKELYLVSC KITDYALIAI GRYSMTIETV DVG WCKEIT DQGATLIAQS SKSLRYLGLM RCDKVNEVTV EQLVQQYPHI TFSTVLQDCK RTLERAYQMG WTPNMSAASS UniProtKB: F-box/LRR-repeat protein 17 |
-分子 #3: Kelch-like ECH-associated protein 1
分子 | 名称: Kelch-like ECH-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 70.173484 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GGGSGGSMQP DPRPSGAGAC CRFLPLQSQC PEGAGDAVMY ASTECKAEVT PSQHGNRTFS YTLEDHTKQA FGIMNELRLS QQLCDVTLQ VKYQDAPAAQ FMAHKVALAS SSPVFKAMFT NGLREQGMEV VSIEGIHPKV MERLIEFAYT ASISMGEKCV L HVMNGAVM ...文字列: GGGSGGSMQP DPRPSGAGAC CRFLPLQSQC PEGAGDAVMY ASTECKAEVT PSQHGNRTFS YTLEDHTKQA FGIMNELRLS QQLCDVTLQ VKYQDAPAAQ FMAHKVALAS SSPVFKAMFT NGLREQGMEV VSIEGIHPKV MERLIEFAYT ASISMGEKCV L HVMNGAVM YQIDSVVRAC SDFLVQQLDP SNAIGIANFA EQIGCVELHQ RAREYIYMHF GEVAKQEEFF NLSHCQLVTL IS RDDLNVR CESEVFHACI NWVKYDCEQR RFYVQALLRA VRCHSLTPNF LQMQLQKCEI LQSDSRCKDY LVKIFEELTL HKP TQVMPC RAPKVGRLIY TAGGYFRQSL SYLEAYNPSD GTWLRLADLQ VPRSGLAGCV VGGLLYAVGG RNNSPDGNTD SSAL DCYNP MTNQWSPCAP MSVPRNRIGV GVIDGHIYAV GGSHGCIHHN SVERYEPERD EWHLVAPMLT RRIGVGVAVL NRLLY AVGG FDGTNRLNSA ECYYPERNEW RMITAMNTIR SGAGVCVLHN CIYAAGGYDG QDQLNSVERY DVETETWTFV APMKHR RSA LGITVHQGRI YVLGGYDGHT FLDSVECYDP DTDTWSEVTR MTSGRSGVGV AVTMEPCRKQ IDQQNCTC UniProtKB: Kelch-like ECH-associated protein 1 |
-分子 #4: Cullin-1
分子 | 名称: Cullin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.92652 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSSTRSQNPH GLKQIGLDQI WDDLRAGIQQ VYTRQSMAKS RYMELYTHVY NYCTSVHQSN QARGAGVPPS KSKKGQTPGG AQFVGLELY KRLKEFLKNY LTNLLKDGED LMDESVLKFY TQQWEDYRFS SKVLNGICAY LNRHWVRREC DEGRKGIYEI Y SLALVTWR ...文字列: MSSTRSQNPH GLKQIGLDQI WDDLRAGIQQ VYTRQSMAKS RYMELYTHVY NYCTSVHQSN QARGAGVPPS KSKKGQTPGG AQFVGLELY KRLKEFLKNY LTNLLKDGED LMDESVLKFY TQQWEDYRFS SKVLNGICAY LNRHWVRREC DEGRKGIYEI Y SLALVTWR DCLFRPLNKQ VTNAVLKLIE KERNGETINT RLISGVVQSY VELGLNEDDA FAKGPTLTVY KESFESQFLA DT ERFYTRE STEFLQQNPV TEYMKKAEAR LLEEQRRVQV YLHESTQDEL ARKCEQVLIE KHLEIFHTEF QNLLDADKNE DLG RMYNLV SRIQDGLGEL KKLLETHIHN QGLAAIEKCG EAALNDPKMY VQTVLDVHKK YNALVMSAFN NDAGFVAALD KACG RFINN NAVTKMAQSS SKSPELLARY CDSLLKKSS UniProtKB: Cullin-1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製 #1
Preparation ID | 1 | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharge before deposition of graphene oxide. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Crosslinked with BS3 |
-試料調製 #2
Preparation ID | 2 | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - Film type ID: 1 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharge before deposition of graphene oxide. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Crosslinked with BS3 |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
撮影 | Image recording ID: 1 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Coordinates were fitted as rigid bodies or fragments in Chimera and subsequently geometry-optimized using PHENIX real space refinement. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER | ||||||
得られたモデル | PDB-6wcq: |