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万見
- EMDB-21600: Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinofuranosyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21600
タイトルSingle-Particle Cryo-EM Structure of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria, Mutant R1389S Class 1
マップデータSharpened map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Mutant R1389S Class 1 Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF3367 domain-containing protein
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性Alpha-(1->3)-arabinofuranosyltransferase / Alpha-(1->3)-arabinofuranosyltransferase / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / transferase activity / membrane / DUF3367 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tan YZ / Zhang L / Rodrigues J / Zheng RB / Giacometti SI / Rosario AL / Kloss B / Dandey VP / Wei H / Brunton R ...Tan YZ / Zhang L / Rodrigues J / Zheng RB / Giacometti SI / Rosario AL / Kloss B / Dandey VP / Wei H / Brunton R / Raczkowski AM / Athayde D / Catalao MJ / Pimentel M / Clarke OB / Lowary TL / Archer M / Niederweis M / Potter CS / Carragher B / Mancia F
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM132120 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111980 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM116799 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21 AI119672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103310 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structures and Regulation of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria.
著者: Yong Zi Tan / Lei Zhang / José Rodrigues / Ruixiang Blake Zheng / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Brian Kloss / Venkata P Dandey / Hui Wei / Richard Brunton / Ashleigh M Raczkowski / ...著者: Yong Zi Tan / Lei Zhang / José Rodrigues / Ruixiang Blake Zheng / Sabrina I Giacometti / Ana L Rosário / Brian Kloss / Venkata P Dandey / Hui Wei / Richard Brunton / Ashleigh M Raczkowski / Diogo Athayde / Maria João Catalão / Madalena Pimentel / Oliver B Clarke / Todd L Lowary / Margarida Archer / Michael Niederweis / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Filippo Mancia /
要旨: Mycobacterium tuberculosis causes tuberculosis, a disease that kills over 1 million people each year. Its cell envelope is a common antibiotic target and has a unique structure due, in part, to two ...Mycobacterium tuberculosis causes tuberculosis, a disease that kills over 1 million people each year. Its cell envelope is a common antibiotic target and has a unique structure due, in part, to two lipidated polysaccharides-arabinogalactan and lipoarabinomannan. Arabinofuranosyltransferase D (AftD) is an essential enzyme involved in assembling these glycolipids. We present the 2.9-Å resolution structure of M. abscessus AftD, determined by single-particle cryo-electron microscopy. AftD has a conserved GT-C glycosyltransferase fold and three carbohydrate-binding modules. Glycan array analysis shows that AftD binds complex arabinose glycans. Additionally, AftD is non-covalently complexed with an acyl carrier protein (ACP). 3.4- and 3.5-Å structures of a mutant with impaired ACP binding reveal a conformational change, suggesting that ACP may regulate AftD function. Mutagenesis experiments using a conditional knockout constructed in M. smegmatis confirm the essentiality of the putative active site and the ACP binding for AftD function.
履歴
登録2020年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2020年6月3日-
現状2020年6月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wbx
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21600.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.488 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.488 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.488 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0605 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-23.997215 - 44.810097
平均 (標準偏差)0.00000000001 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06051.06051.0605
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.488271.488271.488
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-23.99744.8100.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21600_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Raw map

ファイルemd_21600_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC

ファイルemd_21600_additional_2.map
注釈3DFSC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC - Thresholded

ファイルemd_21600_additional_3.map
注釈3DFSC - Thresholded
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3DFSC - Thresholded, Binarized

ファイルemd_21600_additional_4.map
注釈3DFSC - Thresholded, Binarized
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_21600_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_21600_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mutant R1389S Class 1 Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase A...

全体名称: Mutant R1389S Class 1 Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Mutant R1389S Class 1 Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein
    • タンパク質・ペプチド: DUF3367 domain-containing protein
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Mutant R1389S Class 1 Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase A...

超分子名称: Mutant R1389S Class 1 Mycobacterial Arabinofuranosyltransferase AftD Complexed with Acyl Carrier Protein
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
分子量理論値: 5 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DUF3367 domain-containing protein

分子名称: DUF3367 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacteroides abscessus (バクテリア)
分子量理論値: 152.818641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDYKDDDDKH HHHHHHHHHE NLYFQSYVMT YRLDSSALSR RWLAVAAAVS LLLTFSQSPG QISPDTKLDL AINPLRFAAR ALNLWSSDL PFGQAQNQAY GYLFPHGAFF SLGHLLGVPA WVTQRLWWAL LIVAGFWGLI RVAEALGIGT RGSRIIAAVA F ALSPRVLT ...文字列:
MDYKDDDDKH HHHHHHHHHE NLYFQSYVMT YRLDSSALSR RWLAVAAAVS LLLTFSQSPG QISPDTKLDL AINPLRFAAR ALNLWSSDL PFGQAQNQAY GYLFPHGAFF SLGHLLGVPA WVTQRLWWAL LIVAGFWGLI RVAEALGIGT RGSRIIAAVA F ALSPRVLT TLGAISSETL PMMLAPWVLL PLILTFQGRM SPRRAAALSA VAVALMGAVN AVATALACGV AVIWWLAHRP NR TWWRFTA WWIPCLALAS TWWIVALLIF GKISPKFLDF IESSGVTTQW TSLTEVLRGT DSWTPFVAPT ATAGSSLVTQ SAM VIATTM LAAAGMAGLA MRGMPARGRL VAVLLIGLVL LTAGYTGALG SPIAQQIQFF LDDGGTPLRN VHKLEPLIRL PLIL GLAHA LSRIPLPASV PVRQWLSALA RPERNRAVAF AIVLLVALAA STSLAWTGRL VPRGGFDAIP GYWNDTAHWL ADHDT GGRA LVVPGAPFAI QTWGLTRDEP LQALGQTPWG VRDSIPLTPP ETIRAIDSVQ QLFAAGRPSD GLADTLREQG ISYLVV RND LDPDTSRSAR PILVHHTIEG SPGLTKVAQF GDPVGAGAVE GFVADSDLRP QYPAVEIYAV GANDHDGEPY FTDIDTM PR VAGGPEALLR LNERRRQLNE PPLGPSLLAT DAAQAGLRPG PAVVTDTPLA RETDYGRVDD HSSAIRAPGD KRRTFNRV P DYPATGVPLV NGSWTGGTIT ASSSASDSTA LPNVAPGTST AAAIDRDNAT SWVSSSLEAA LGQWIRIDLD RPITNAILT VTPSATALGA QVRRLEVETD NGTTSVRFDE PGQPLNIALR PGETTWVKVT ATGTDDGTSG VQFGVTELSL TQYDAAGFAH TVDLRHSAT VPPPPAGDNP LGWDLGSPLQ GRSGCAPSPQ RLRCAATLSL APEEPGTFIR TLTVPQPVSL TPRLWVRARP G PQLRDLIQ QPGTTVATGD SDVIDPQGSS YAATDGDPGT VWTAPQDSVQ RLHLPSLVIK LPKPTAIGAI RLRPSRTEVP AH PKQVAIN LGDGPQLRSI DPKADVTELA LHPSITDTIT VTVTDWTDII DRTALGFDQL KPPGIAEVIA LDADHRPIAP ADN AANSKR KITIGCNRGP ILALAGRFVP MSITATVREL LDGTVIQATP CDTSPIATGA GIQDVTVNPS QQFIVDGVQL TAAA TEPAS ATMTVAPKGA WGPDRREVTA EPSAHERVLA VPESINPGWA ARDAQGHLLT PVRVNGWQQG WVLPAGDGGK ITLTF GLNT WYRAGLFGGL ALLPILACLA LLPARGRTTL PPVAPWCAGP AAGVAVLAAL TAISGISGMA VGLAALAFKV WTRWPL RAV TAAGVYLAGG SLLLAGAALS RHPWRSVGGY TGHSWWIQLL ALISVASVAL AAVSLPSRRC WKRRSASREG DSTSA

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClSodium Chloride

詳細: Solution was filtered and degassed.
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Protein was incorporated into lipid nanodiscs.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-90 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4886 / 平均露光時間: 13.05 sec. / 平均電子線量: 96.78 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Energy filter slit width of 15 eV was used during the collection and was aligned automatically every hour using Leginon.
粒子像選択選択した数: 226478
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 2.1), cisTEM (ver. 1), cryoSPARC (ver. 2))
詳細: CTF was estimated using GCTF and refined throughout the pipeline using cisTEM.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 37814
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC was used.
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 30196 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: RELION 3D Focused Classification after Signal Subtraction
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6w98


Chain - Chain ID: A
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6wbx:
Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinofuranosyltransferase AftD from Mycobacteria, Mutant R1389S Class 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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